Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | NC_008463 | 3,281,477 | G→C | intergenic (‑25/+44) | katE ← / ← PA14_RS14985 | catalase HPII/general stress protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_008463 | 3,281,477 | 0 | G | C | 99.7% | 1530.0 / NA | 389 | intergenic (‑25/+44) | katE/PA14_RS14985 | catalase HPII/general stress protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (192/196); minor base A (1/0); total (193/196) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.96e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 392 total aligned reads displayed.
GGCGTCCTCGCGATAGGCCTCCAGCTGTTCCAGCTTGGCGTTGCTGTTGCCACGGTCGACGGTGTCGGTGCCGGCCGCCTGGCTGCGCTGCTCGTTGTTCTGCTCGCTCATCGGTTTCCTCTCCTCATCCTGGGCATGAAAATGGGGGGGATGCCTCCCTGCTCCGCCCCATTCACTTCACTGCGCGGTTATCAGTTCCCGCCGTGGCTGCGCTGGCCACCTTTCTTGCCAGCCTCGGAGGCCCGCTGCGGATCGTTCTTGAAGTTGCCGCCGCTGGCCTGGCCGCCCTTCTTG > NC_008463/3281330‑3281623 | ggCGTCCTCGCGATAGGCCTCCAGCTGTTCCAGCTTGGCGTTGCTGTTGCCACGGTCGACGGTGTCGGTGCCGGCCGCCTGGCTGCGCTGCTCGTTGTTCTGCTCGCTCATCGGTTTCCTCTCCTCATCCTGGGCATGAAAATggggcgg < 2:3046499/150‑1 (MQ=255) gTCCTCGCGATAGGCCTCCAGCTGTTCCAGCTTGGCGTTGCTGTTGCCACGGTCGACGGTGTCGGTGCCGGCCGCCTGGCTGCGCTGCTCGTTGTTCTGCTCGCTCATCGGTTTCCTCTCCTCATCCTGGGCATGAAAATGGGGCGGATg < 2:909418/150‑1 (MQ=255) ccTCGCGATAGGCCTCCAGCTGTTCCAGCTTGGCGTTGCTGTTGCCACGGTCGACGGTGTCGGTGCCGGCCGCCTGGCTGCGCTGCTCGTTGTTCTGCTCGCTCATCGGTTTCCTCTCCTCATCCTGGGCATGAAAATGGGGCGGATGcc > 1:10458480/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |