Predicted mutation | ||||||
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RA | NC_008463 | 2,730,678 | C→T | intergenic (+16/+99) | PA14_RS12860 → / ← ctpH | anti‑virulence regulator CigR family protein/methyl‑accepting chemotaxis protein CtpH |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_008463 | 2,730,678 | 0 | C | T | 99.5% | 1559.1 / NA | 376 | intergenic (+16/+99) | PA14_RS12860/ctpH | anti‑virulence regulator CigR family protein/methyl‑accepting chemotaxis protein CtpH |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.11e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 381 total aligned reads displayed.
TCGACGGCCGCCTGCTAGGCCGGCTGCCGCACTACGACGGCTACGAGTGGATGCAGGCCGGCACCGACCTGCTGCTGGTGGCGGTGGCGACCGGGCTGATCTACGAAGTGCTGGACAACGCTCTCGACTGAGCGGGCCAGGGCGGGCAGGCCCATAGGCGCTATCCGCCAGGCCCCGTTGGAGTGGCGGATAACCGTGTTGCGCTTGTCCGCCCTACCTCGTGGAAGTCCTTTTCTTACCCCAGGTCAGGCCCGCAGGCGTTGCAGGGCATCGCCCAGTTGCGCGGAGA > NC_008463/2730532‑2730820 | aCGGCCGCCTGCTAGGCCGGCTGCCGCACTACGACGGCTACGAGTGGATGCAGGCCGGCACCGACCTGCTGCTGGTGGCGGTGGCGACCGGGCTGATCTACGAAGTGCTGGACAACGCTCTCGACTGAGCGGGCCAGGGCGGGTAgcgcc < 2:9424353/150‑5 (MQ=255) aCGGCCGCCTGCTAGGCCGGCTGCCGCACTACGACGGCTACGAGTGGATGCAGGCCGGCACCGACCTGCTGCTGGTGGCGGTGGCGACCGGGCTGATCTACGAAGTGCTGGACAACGCTCTCGACTGAGCGGGCCAGGGCGGGTAgcgcc > 1:4130465/1‑146 (MQ=255) ggCCGCCTGCTAGGCCGGCTGCCGCACTACGACGGCTACGAGTGGATGCAGGCCGGCACCGACCTGCTGCTGGTGGCGGTGGCGACCGGGCTGATCTACGAAGTGCTGGACAACGCTCTCGACTGAGCGGGCCAGGGCGGGTAGCGCCAt < 2:9763046/150‑1 (MQ=255) 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aCGCTCTCGACTGAGCGGGCCAGGGCGGGTAGCGCCATAGGCGCTATCCGCCAGGCCCCGTTGGAGTGGCGGATAACCGTGTTGCGCTTGTCCGCCCTACCTCGTGGAAGTCCTTTTCTTACCCCAGGTCAGGCCCGCAGGCGTTGCAgg > 2:4474395/1‑150 (MQ=255) cGCTCTCGACTGAGCGGGCCAGGGCGGGTAGCGCCATAGGCGCTATCCGCCAGGCCCCGTTGGAGTGGCGGATAACCGTGTTGCGCTTGTCCGCCCTACCTCGTGGAAGTCCTTTTCTTACCCCAGGTCAGGCCCGCAGGCGTTGCAggg < 2:8854420/150‑1 (MQ=255) gCTCTCGACTGAGCGGGCCAGGGCGGGTAGCGCCATAGGCGCTATCCGCCAGGCCCCGTTGGAGTGGCGGATAACCGTGTTGCGCTTGTCCGCCCTACCTCGTGGAAGTCCTGTTCTTACCCCAGGTCAGGCCCGCAGGCGTTGCTGGGc > 1:8571226/1‑150 (MQ=255) ctctCGACTGAGCGGGCCAGGGCGGGTAGCGCCATAGGCGCTATCCGCCAGGCCCCGTTGGAGTGGCGGATAACCGTGTTGCGCTTGTCCGCCCTACCTCGTGGAAGTCCTTTTCTTACCCCAGGTCAGGCCCGCAGGCGTTGCAGGGCa > 2:1122273/1‑150 (MQ=255) tctcGACTGAGCGGGCCAGGGCGGGTAGCGCCATAGGCGCTATCCGCCAGGCCCCGTTGGAGTGGCGGATAACCGTGTTGCGCTTGTCCGCCCTACCTCGTGGAAGTCCTTTTCTTACCCCAGGTCAGGCCCGCAGGCGTTGCAGGGCAt > 2:7256189/1‑150 (MQ=255) cGACTGAGCGGGCCAGGGCGGGTAGCGCCATAGGCGCTATCCGCCAGGCCCCGTTGGAGTGGCGGATAACCGTGTTGCGCTTGTCCGCCCTACCTCGTGGAAGTCCTTTTCTTACCCCAGGTCAGGCCCGCAGGCGTTGCAGGGCCTCGc > 2:7348370/1‑150 (MQ=255) aCTGAGCGGGCCAGGGCGGGTAGCGCCATAGGCGCTATCCGCCAGGCCCCGTTGGAGTGGCGGATAACCGTGTTGCGCTTGTCCGCCCTACCTCGTGGAAGTCCTTTTCTTACCCCAGGTCAGGCCCGCAGGCGTTGCAGGGCATCGccc > 1:4919315/1‑150 (MQ=255) cTGAGCGGGCCAGGGCGGGTAGCGCCATAGGCGCTATCCGCCAGGCCCCGTTGGAGTGGCGGATAACCGTGTTGCGCTTGTCCGCCCTACCTCGTGGAAGTCCTTTTCTGACCCCAGGTCAGGCCCGCAGGCGTTGCAGGGCATCGCCCa < 1:4245398/150‑1 (MQ=255) tGAGCGGGCCAGGGCGGGTAGCGCCATAGGCGCTATCCGCCAGGCCCCGTTGGAGTGGCGGATAACCGTGTTGCGCTTGTCCGCCCTACCTCGTGGAAGTCCTTTTCTTACCCCAGGTCAGGCCCGCAGGCGTTGCAGGGCATCGCCCAg < 1:7287629/150‑1 (MQ=255) gAGCGGGCCAGGGCGGGTAGCGCCATAGGCGCTATCCGCCAGGCCCCGTTGGAGTGGCGGATAACCGTGTTGCGCTTGTCCGCCCTACCTCGTGGAAGTCCTTTTCTTACCCCAGGTCAGGCCCGCAGGCGTTGCAGGGCATCGCCCAGt < 1:3677416/150‑1 (MQ=255) gCGGGCCAGGGCGGGTAGCGCCATAGGCGCTATCCGCCAGGCCCCGTTGGAGTGGCGGATAACCGTGTTGCGCTTGTCCGCCCTACCTCGTGGAAGTCCTTTTCTTACCCCAGGTCAGGCCCGCAGGCGTTGCAGGGCATCGCCCAGTTg > 2:839858/1‑150 (MQ=255) gggCCAGGGCGGGTAGCGCCATAGGCGCTATCCGCCAGGCCCCGTTGGAGTGGCGGATAACCGTGTTGCGCTTGTCCGCCCTACCTCGTGGAAGTCCTTTTCTTACCCCAGGTCAGGCCCGCAGGCGTTGCAGGGCATCGCCCAGTTgcg > 2:9022937/1‑150 (MQ=255) ggCCAGGGCGGGTAGCGCCATAGGCGCTATCCGCCAGGCCCCGTTGGAGTGGCGGATAACCGTGTTGCGCTTGTCCGCCCTACCTCGTGGAAGTCCTTTTCTTACCCCAGGTCAGGCCCGCAGGCGTTGCAGGGCATCGCCCAGTTgcgc > 2:10946191/1‑150 (MQ=255) gCCAGGGCGGGGAGCGCCATAGGCGCTATCCGCCAGGCCCCGTTGGAGTGGCGCATAACCGTGTTGCGCTTGTCCGCCCTACCTCGTGGAAGTCCCTTTCTTACCCCAGGTCAGGCCCGCAGGCGTTGCAGGGCATCGCCCAGTTGcgcg < 2:5475388/150‑1 (MQ=255) ccAGGGCGGGTAGCGCCATAGGCGCTATCCGCCAGGCCCCGTTGGAGTGGCGGATAACCGTGTTGCGCTTGTCCGCCCTACCTCGTGGAAGTCCTTTTCTTACCCCAGGTCAGGCCCGCAGGCGTTGCAGGGCATCGCCCAGTTGCGCgg < 1:2683073/150‑1 (MQ=255) ccAGGGCGGGTAGCGCCATAGGCGCTATCCGCCAGGCCCCGTTGGAGTGGCGGATAACCGTGTTGCGCTTGTCCGCCCTACCTCGTGGAAGTCCTTTTCTTACCCCAGGTCAGGCCCGCAGGCGTTGCAGGGCATCGCCCAGTTGCGCgg < 1:2748381/150‑1 (MQ=255) aGGGCGGGTAGCGCCATAGGCGCTATCCGCCAGGCCCCGTTGGAGTGGCGGATAACCGTGTTGCGCTTGTCCGCCCTACCTCGTGGAAGTCCTTTTCTTACCCCAGGTCAGGCCCGCAGGCGTTGCAGGGCATCGCCCAGTTGCGCGgag < 1:1099429/150‑1 (MQ=255) | TCGACGGCCGCCTGCTAGGCCGGCTGCCGCACTACGACGGCTACGAGTGGATGCAGGCCGGCACCGACCTGCTGCTGGTGGCGGTGGCGACCGGGCTGATCTACGAAGTGCTGGACAACGCTCTCGACTGAGCGGGCCAGGGCGGGCAGGCCCATAGGCGCTATCCGCCAGGCCCCGTTGGAGTGGCGGATAACCGTGTTGCGCTTGTCCGCCCTACCTCGTGGAAGTCCTTTTCTTACCCCAGGTCAGGCCCGCAGGCGTTGCAGGGCATCGCCCAGTTGCGCGGAGA > NC_008463/2730532‑2730820 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |