| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_008463 | 5,461,009 | 0 | A | G | 28.4% | 1007.7 / inf | 504 | N1282N (AAT→AAC) | PA14_RS25000 | MBG domain‑containing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (199/146); new base G (68/69); total (272/232) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.28e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.31e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 504 total aligned reads displayed.
ATCGGCGTCGCCATAGACCTTGGTCTTGGCATCGGCGATCACATTCAGCAGCGCCTTGGTGATGGTCAGGTTATTGCCCTGGTAGCTCAGGTCGTAGTTCGCGCTGACCAGGCCCAGTCCACCCTGGTTGATGCCGTACACGCCGACATTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCACCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGGTAAGTCAGGCTCGGGTCGGCATCGCCGTAGACCTTGGTCTTGGCATCGGCGATCACATTCAGCAGT > NC_008463/5460862‑5461156 | cGGCGTCGCCATAGACCTTGGTCTTGGCATCGGCGATCACATTCAGCAGCGCCTTGGTGATGGTCAGGTTATTGCCCTGGTAGCTCAGGTCGTAGTTCGCGCTGACCAGGCCCAGTCCACCCTGGTTGATGCCGTACACGCCGACATtctc > 1:3327052/1‑151 (MQ=40) cGGCGTCGCCATAGACCTTGGTCTTGGCATCGGCGATCACATTCAGCAGCGCCTTGGTGATGGTCAGGTTATTGCCCTGGTAGCTCAGGTCGTAGTTCGCGCTGACCAGGCCCAGTCCACCCTGGTTGATGCCGTACACGCCGACATtctc < 2:10244685/151‑1 (MQ=40) ggCGTCGCCATAGACCTTGGTCTTGGCATCGGCGATCACATTCAGCAGCGCCTTGGTGATGGTCAGGTTATTGCCCTGGTAGCTCAGGTCGTAGTTCGCGCTGACCAGGCCCAGTCCACCCTGGTTGATGCCGTACACGCCGACATTCTCg < 2:858717/151‑1 (MQ=40) ccgtAGACCTTGGTCTTGGCATCGGCGATCACAGTCAGCAGCGCCTTGGTGATGGTCAGGTTTTTGCCGTGGTAGCTCAGGTCGTAGGTCGCGCTGACCAGGCCCAGTCCACCCTGGTTGATGCCGTACACGCCGACATTCTCgccagcca < 2:3410209/148‑1 (MQ=0) cATAGACCTTGGTCTTGGCATCGGCGATCACATTCAGCAGCGCCTTGGTGATGGTCAGGTTATTGCCCTGGTAGCTCAGGTCGTAGTTCGCGCTGACCAGGCCCAGTCCACCCTGGTTGATGCCGTACACGCCGACATTCTCGCCAGacac > 2:5912563/1‑151 (MQ=38) aGACCTTGGTCTTGGCATCGGCGATCACATTCAGCAGCGCCTTGGTGATGGTCAGGTTATTGCCCTGGTAGCACAGGTCGTAGTTAGCGCTGACCAGGCCCAGTCCACCCTGCTTGATCGCTTACAAGCCGACATTCTCGCCAGACAcgcg > 2:6425684/1‑151 (MQ=11) aCCTTGGTCTTGCCGTCGGCGATCACATTCAGCAGCGCCTTGGTAATGGTCAGGTTATTGCCCTGGTAGCTCAGATCGTAGTTCGCGCTGACCAGGCCCAGTCCACCCTGGTTGATGCCGTACACGCCGACATTCTCGCCAGCCACGCGGc > 1:6031002/1‑151 (MQ=255) ttGGTCTTGGCATCGGCGATCACATTCAGCAGCGCCTTGGTGATGGTCAGGTTATTGCCCTGGTAGCTCAGGTCGTAGTTCGCGCTGACCAGGCCCAGTCCACCCTGCTTGATGCCGTACACGCCGACAGTCTCGCCAGCCACGCGGCTCa > 2:685990/1‑151 (MQ=25) tCTTGGCATCGGCGATCACATTCAGCAGCGCCTTGGTGATGGTCAGGTTGTTGCCCTGGTAGCTCAGGTCGTAGTTCGCGCGGACCAGGCCCAGTCCACCCTGGTTGATGCCGTACACGCCGACATTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCt < 1:3133719/151‑1 (MQ=14) tCTTGGCATCGGCGATCACATTCAGCAGCGCCTTGGTGATGGTCAGGTTATGGCCCTGGTAGCTCAGGTCGTAGTTCGCGCTGACCAGGCCCAGTCCACCCTGGTTGATGCCGTACACGCCGACATTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCt < 1:9816045/151‑1 (MQ=25) cTTGGCATCGGCGATCACATTCAGCAGCGCCTTGGTGATGGTCAGGTTGTTGCCCTGGTAGCTCAGGTCGTAGTTCGCGCTGACCAGGCCCAGTCCACCCTGGTTGATGCCGTACACGCCGACATTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTg < 1:4269570/151‑1 (MQ=14) cTTGGCATCGGCGATCACATTCAGCAGCGCCTTGGTGATGGTCAGGTTATTGCCCTGGTAGCTCAGGTCGTAGTTCGCGCTGACCAGGCCCAGTCCACCCTGGTTGATGCCGTACACGCCGACATTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTg > 1:9048809/1‑151 (MQ=35) ggCATCGGCGATCACATTCAGCAGCGCCTTGGTGATGGTCAGGTTTTTGCCCTGGTAGCTCAGGTCGTAGTTCGCGCTGACCAGGCCCAGTCCACCCTGGTTGATGCCGTACACGCCGACATTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCa < 1:5870297/151‑1 (MQ=21) 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ttCAGCAGCGCCTTGGTGATGGTCAGGTTATTGCCCTGGTAGCTCAGGTCGTAGTTCGCGCTGACCAGGCCCAGTCCACCCTGGTTGATGCCGTACACGCCGACATTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCACCGTTGAGCACGGCAc > 2:753316/1‑151 (MQ=38) tCAGCAGCGCCTTGGTGATGGTCAGGTTATTGCCCTGGTAGCTCAGGTCGTAGTTCGCGCTGACCAGGCCCAGTCCACCCTGGTTGATGCCGTACAAGCCGACGTTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCTCCGTTGAGCACGGCAcc > 2:6800026/1‑151 (MQ=9) agcagcGCCTTGGTGATGGTCAGGTTATTGCCCTGGTAGCTCAGGTCGTAGTTCGCGCTGACCAGGCCCAGTCCACCCTGGTTGATGCCGTACACGCCGACATTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCACCGTTGAGCACGGCACcgg > 2:415190/1‑151 (MQ=38) agcagcGCCTTGGTGATGGTCAGGTTATTGCCCTGGTAGCTCAGGTCGTAGTTCGCGCTGACCAGGCCCAGTCCACCCTGGTTGATGCCGTACACGCCGACATTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCACCGTTGAGCACGGCACcgg > 1:410286/1‑151 (MQ=38) cagcGCCTTGGTGATGGTCAGGTTATTGCCCTGGTAGCTCAGGTCGTAGTTCGCGCTGACCAGGCCCAGTCCACCCTGGTTGATGCCGTACACGCCGACATTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCACCGTTGAGCACGGCACcggcg > 1:124785/1‑151 (MQ=38) gcgcCTTGGTGATGGTCAGGTTATTGCCCTGGTAGCTCAGGTCGTAGTTCGCGCTGACCAGGCCCAGTCCACCCTGGTTGATGCCGTACACGCCGACATTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCACCGTTGAGCACGGCACCGGCGgt > 1:10020542/1‑151 (MQ=38) cgcCTTGGTGATGGTCAGGTTATTGCCCTGGTAGCTCAGGTCGTAGTTCGCGCTGACCAGGCCCAGTCCACCCTGGTTGATGCCGTACACGCCGACATTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCACCGTTGAGCACGGCACCGGCGgtg < 1:1715725/151‑1 (MQ=39) cgcCTTGGTGATGGTCAGGTTATTGCCCTGGTAGCTCAGGTCGTAGTTCGCGCTGACCAGGCCCAGTCCACCCTGGTTGATGCCGTACACGCCGACATTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCACCGTTGAGCACGGCACCGGCGgtg < 1:10681731/151‑1 (MQ=39) gcCTTGGTGCTGGTCAGGGTCTTGCCCTGGTAGCTCAGGTCGTAGTTCGCGCTGACCAGGCCCAGTCCCCCCTGGTTGATGCCGTACACGCCGACAATCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCACCGTTGAGCACGGCACCGGCGgtgt < 1:8002752/151‑1 (MQ=255) ttGGTGATGGTCAGGTTATTGCCCTGGTAGCTCAGGTCGTAGTTCGCGCTGACCAGGCCCAGTCCACCCTGGTTGATGCCGTACACGCCGACATTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCACCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGc > 2:286395/1‑151 (MQ=40) 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aGGTCGTAGTTCGCGCTGACCAGGCCCAGTCCACCCTGGTTGATGCCGTACACGCCGACATTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCACCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGGTAGGTCAGGc > 1:5128559/1‑151 (MQ=255) gTCGTAGTTCGCGCTGACCAGGCCCAGTCCACCCTTGTTGATGCCGTACACGCCGACATTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCACCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGATCTTCACGCCGCTGACCTGGAGTGTCAGGCTc > 1:1100955/1‑151 (MQ=14) cGTAGTTCGCGCTGACCAGGCCCAGTCCACCCTGGTTGATGCCGTACACGCCGACTTTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCACCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTc < 2:700704/112‑1 (MQ=25) cGTAGTTCGCGCTGACCAGGCCCAGTCCACCCTGGTTGATGCCGTACACGCCGACATTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCACCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGGTAAGTCAGGCTCgg > 1:3037469/1‑151 (MQ=255) tAGTTCGCGCTGACCAGGCCCAGTCCACCCTGGTTGATGCCGTACACGCCGACATTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCGCCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGGTAAGTCAGGCTCGGGt < 2:2452825/151‑1 (MQ=255) 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ccACCCTGGTTGATGCCGTACACGCCGACGTTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCGCCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTTTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGGTAAGTCAGGCTCGGGTCGGCATCGCCGTAGACCTTGGTCt < 2:2116555/151‑1 (MQ=255) ggTTGATGCCGTACACGCCCACGTTCTCGCCAGCCACGCGTCTCAGGCTGCCGCCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGGTAAGTCAGGCTCGGGTCGGCATCGCCGTAGACCTTGGTCTTGGCATc < 2:1724521/151‑1 (MQ=255) gTTGATGCCGTACACGCCGACGTTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCGCCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGGTAAGTCAGGCTCGGGTCGGCATCGCCGTAGACCTTGGTCTTGGCATCg < 1:1825015/151‑1 (MQ=18) gATGCCTTACACGCCGACGTTCTCGCCAGCCACGCGTCTCAGGCTGCCGCCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGGTAAGTCAGGCTCGGGTCGGCATCGCCGTAGACCTTGGTCTTGGCATCGGCg < 2:1532862/151‑1 (MQ=255) gATGCCGTACACGCCGACGTTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCGCCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGGTAAGTCAGGCTCGGGTCGGCATCGCCGTAGACCTTGGTCTTGGCATCGGCg < 1:686957/151‑1 (MQ=18) 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ATCGGCGTCGCCATAGACCTTGGTCTTGGCATCGGCGATCACATTCAGCAGCGCCTTGGTGATGGTCAGGTTATTGCCCTGGTAGCTCAGGTCGTAGTTCGCGCTGACCAGGCCCAGTCCACCCTGGTTGATGCCGTACACGCCGACATTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCACCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGGTAAGTCAGGCTCGGGTCGGCATCGCCGTAGACCTTGGTCTTGGCATCGGCGATCACATTCAGCAGT > NC_008463/5460862‑5461156 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |