Predicted mutation | ||||||
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RA | NC_008463 | 2,807,266 | G→C | V137L (GTG→CTG) | PA14_RS13175 → | leucine‑rich repeat‑containing protein kinase family protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_008463 | 2,807,266 | 0 | G | C | 99.8% | 2226.9 / NA | 565 | V137L (GTG→CTG) | PA14_RS13175 | leucine‑rich repeat‑containing protein kinase family protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (285/279); total (286/279) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 580 total aligned reads displayed.
GGCCGACTCCCTGGAGGTGCTCAACCTCAGCGGCAACGCCCTGGACAGCCTGCCGGACGACCTCGGCCGGCTGCATCGTCTCAAGGTGCTGTTCTGTTCCGCCAACGACTTCGCCGAATTGCCGGCGGCGGTGGGCGACTGTCCGGCGGTGAGCATGGTCGGCTTCAAGTCCAACCGCATCGAGCGGGTGCCGGCCGCGGCCCTGCCGCCGGCGTTGCGCTGGCTGATCCTCACCGACAACCGGATTGCCACGCTGCCCGAGGAACTGGGTCGCCGGCCGTTGCAGAAGCTGATGC > NC_008463/2807118‑2807413 | ccGACTCCCTGGAGGTGCTCAACCTCAGCGGCAACGCCCTGGACAGCCTGCCGGACGACCTCGGCCGGCTGCATCGTCTCAAGGTGCTGTTCTGTTCCGCCAACGACTTCGCCGAATTGCCGGCGGCGGTGGGCGACTGTCCGGCGCTGAg > 1:8626952/1‑151 (MQ=255) cGACTCCCTGGAGGTGCTCAACCTCAGCGGCAACGCCCTGGACAGCCTGCCGGACGACCTCGGCCGGCTGCATCGTCTCAAGGTGCTGTTCTGTTCCGCCAACGACTTCGCCGAATTGCCGGCGGCGGTGGGCGACTGTCCGGCGCTGAGc > 2:4966933/1‑151 (MQ=255) gACTCCCTGGAGGTGCTCAACCTCAGCGGCAACGCCCTGGACAGCCTGCCGGACGACCTCGGCCGGCTGCATCGTCTCAAGGTGCTGTTCTGTTCCGCCAACGACTTCGCCGAATTGCCGGCGGCGGTGGGCGACTGTCCGGCGCTGAGCa > 1:9765785/1‑151 (MQ=255) aCTCCCTGGAGGTGCTCAACCTCAGCGGCAACGCCCTGGACAGCCTGCCGGACGACCTCGGCCGGCTGCATCGTCTCAAGGTGCTGTTCTGTTCCGCCAACGACTTCGCCGAATTGCCGGCGGCGGTGGGCGACTGTCCGGCGCTGAGCAt > 2:10076673/1‑151 (MQ=255) cTCCCTGGAGGTGCTCAACCTCAGCGGCAACGCCCTGGACAGCCTGCCGGACGACCTCGGCCGGCTGCATCGTCTCAAGGTGCTGTTCTGTTCCGCCAACGACTTCGCCGAATTGCCGGCGGCGGTGGGCGACTGTCCGGCGCTGAGCATg < 2:11318079/151‑1 (MQ=255) cTCCCTGGAGGTGCTCAACCTCAGCGGCAACGCCCTGGACAGCCTGCCGGACGACCTCGGCCGGCTGCATCGTCTCAAGGTGCTGTTCTGTTCCGCCAACGACTTCGCCGAATTGCCGGCGGCGGTGGGCGACTGTCCGGCGCTGAGCATg > 1:2533226/1‑151 (MQ=255) cccTGGAGGTGCTCAACCTCAGCGGCAACGCCCTGGACAGCCTGCCGGACGACCTCGGCCGGCTGCATCGTCTCAAGGTGCTGTTCTGTTCCGCCAACGACTTCGCCGAATTGCCGGCGGCGGTGGGCGACTGTCCGGCGCTGAGCATGGt < 1:10000286/151‑1 (MQ=255) cccTGGAGGTGCTCAACCTCAGCGGCAACGCCCTGGACAGCCTGCCGGACGACCTCGGCCGGCTGCATCGTCTCAAGGTGCTGTTCTGTTCCGCCAACGACTTCGCCGAATTGCCGGCGGCGGTGGGCGACTGTCCGGCGCTGAGCATGGt > 2:10238686/1‑151 (MQ=255) ccTGGAGGTGCTCAACCTCAGCGGCAACGCCCTGGACAGCCTGCCGGACGACCTCGGCCGGCTGCATCGTCTCAAGGTGCTGTTCTGTTCCGCCAACGACTTCGCCGAATTGCCGGCGGCGGTGGGCGACTGTCCGGCGCTGAGCCTGGTc > 2:6665739/1‑151 (MQ=255) ggAGGTGCTCAACCTCAGCGGCAACGCCCTGGACAGCCTGCCGGACGACCTCGGCCGGCTGCATCGTCTCAAGGTGCTGTTCTGTTCCGCCAACGACTTCGCCGAATTGCCGGCGGCGGTGGGCGACTGTCCGGCGCTGAGCATGGTCGGc > 2:8392901/1‑151 (MQ=255) gAGGTGCTCAACCTCAGCGGCAACGCCCTGGACAGCCTGCCGGACGACCTCGGCCGGCTGCATCGTCTCAAGGTGCTGTTCTGTTCCGCCAACGACTTCGCCGAATTGCCGGCGGCGGTGGGCGACTGTCCGGCGCTGAGCATGGTCGGCt < 2:6971635/151‑1 (MQ=255) ggTGCTCAACCTCAGCGGCAACGCCCTGGACAGCCTGCCGGACGACCTCGGCCGGCTGCATCGTCTCAAGGTGCTGTTCTGTTCCGCCAACGACTTCGCCGAATTGCCGGCGGCGGTGGGCGACTGTCCGGCGCTGAGCATGGTCGGCTTc < 2:7648158/151‑1 (MQ=255) gTGCTCAACCTCAGCGGCAACGCCCTGGACAGCCTGCCGGACGACCTCGGCCGGCTGCATCGTCTCAAGGTGCTGTTCTGTTCCGCCAACGACTTCGCCGAATTGCCGGCGGCGGTGGGCGACTGTCCGGCGCTGAGCATGGTCGGCTTCa < 2:210829/151‑1 (MQ=255) tGCTCAACCTCAGCGGCAACGCCCTGGACAGCCTGCCGGACGACCTCGGCCGGCTGCATCGTCTCAAGGTGCTGTTCTGTTCCGCCAACGACTTCGCCGAATTGCCGGCGGCGGTGGGCGACTGTCCGGCGCTGAGCATGGTCGGCTTCaa < 2:8102565/151‑1 (MQ=255) tGCTCAACCTCAGCGGCAACGCCCTGGACAGCCTGCCGGACGACCTCGGCCGGCTGCATCGTCTCAAGGTGCTGTTCTGTTCCGCCAACGACTTCGCCGAATTGCCGGCGGCGGTGGGCGACTGTCCGGCGCTGAGCATGGTCGGCTTCaa > 1:7195092/1‑151 (MQ=255) cTCAACCTCAGCGGCAACGCCCTGGACAGCCTGCCGGACGACCTCGGCCGGCTGCATCGTCTCAAGGTGCTGTTCTGTTCCGCCAACGACTTCGCCGAATTGCCGGCGGCGGTGGGCGACTGTCCGGCGCTGAGCATGGTCGGCTTCAAGt < 1:4077846/151‑1 (MQ=255) tCAACCTCAGCGGCAACGCCCTGGACAGCCTGCCGGACGACCTCGGCCGGCTGCATCGTCTCAAGGTGCTGTTCTGTTCCGCCAACGACTTCGCCGAATTGCCGGCGGCGGTGGGCGACTGTCCGGCGCTGAGCATGGTCGGCTTCAAGTc > 1:5026652/1‑151 (MQ=255) cAACCTCAGCGGCAACGCCCTGGACAGCCTGCCGGACGACCTCGGCCGGCTGCATCGTCTCAAGGTGCTGTTCTGTTCCGCCAACGACTTCGCCGAATTGCCGGCGGCGGTGGGCGACTGTCCGGCGCTGAGCCTGGTCGGCTTCAAGTcc > 2:9437981/1‑151 (MQ=255) 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ggACAGCCTGCCGGACGACCTCGGCCGGCTGCATCGTCTCAAGGTGCTGTTCTGTTCCGCCAACGACTTCGCCGAATTGCCGGCGGCGGTGGGCGACTGTCCGGCGCTGAGCATGGTCGGCTTCAAGTCCAACCGCATCGAGCGGGTgccg > 1:9338183/1‑151 (MQ=255) cAGCCTGCCGGACGACCTCGGCCGGCTGCATCGTCTCAAGGTGCTGTTCTGTTCCGCCAACGACTTCGCCGAATTGCCGGCGGCGGTGGGCGACTGTCCGGCGCTGAGCATGGTCGGCTTCAAGTCCAACCGCATCGAGCGGGTgccggcc < 1:4345359/151‑1 (MQ=255) aGCCTGCCGGACGACCTCGGCCGGCTGCATCGTCTCAAGGTGCTGTTCTGTTCCGCCAACGACTTCGCCGAATTGCCGGCGGCGGTGGGCGACTGTCCGGCGCTGAGCATGGTCGGCTTCAAGTCCAACCGCATCGAGCGGGTgccggccg > 1:8971045/1‑151 (MQ=255) aGCCTGCCGGACGACCTCGGCCGGCTGCATCGTCTCAAGGTGCTGTTCTGTTCCGCCAACGACTTCGCCGAATTGCCGGCGGCGGTGGGCGACTGTCCGGCGCTGAGCATGGTCGGCTTCAAGTCCAACCGCATCGAGCGGGTgccggccg < 2:8797782/151‑1 (MQ=255) cTGCCGGACGACCTCGGCCGGCTGCATCGTCTCAAGGTGCTGTTCTGTTCCGCCAACGACTTCGCCGAATTGCCGGCGGCGGTGGGCGACTGTCCGGCGCTGAGCATGGTCGGCTTCAAGTCCAACCGCATCGAGCGGGTGCCGGCCGCgg < 2:2507367/151‑1 (MQ=255) 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ttGCCGGCGGCGGTGGGCGACTGTCCGGCGCTGAGCATGGTCGGCTTCAAGTCCAACCGCATCGAGCGGGTGCCGGCCGCGGCCCTGCCGCCGGCGTTGCGCTGGCTGATCCTCACCGACAACCGGATTGCCACGCTGCCCGAGGAACTgg < 2:7851230/151‑1 (MQ=255) gCCGGCGGCGGTGGGCGACTGTCCGGCGCTGAGCATGGTCGGCTTCAAGTCCAACCGCATCGAGCGGGTGCCGGCCGCGGCCCTGCCGCCGGCGTTGCGCTGGCTGATCCTCACCGACAACCGGATTGCCACGCTGCCCGAGGAACTGGGt < 2:5075356/151‑1 (MQ=255) ccGGCGGCGGTGGGCGACTGTCCGGCGCTGAGCATGGTCGGCTTCAAGTCCAACCGCATCGAGCGGGTGCCGGCCGCGGCCCTGCCGCCGGCGTTGCGCTGGCTGATCCTCACCGACAACCGGATTGCCACGCTGCCCGAGGAACTGGGTc < 1:879451/151‑1 (MQ=255) ccGGCGGCGGTGGGCGACTGTCCGGCGCTGAGCATGGTCGGCTTCAAGTCCAACCGCATCGAGCGGGTGCCGGCCGCGGCCCTGCCGCCGGCGTTGCGCTGGCTGATCCTCACCGACAACCGGATTGCCACGCTGCCCGAGGAACTGGGTc < 2:2771709/151‑1 (MQ=255) ggcggcggTGGGCGACTGTCCGGCGCTGAGCATGGTCGGCTTCAAGTCCAACCGCATCGAGCGGGTGCCGGCCGCGGCCCTGCCGCCGGCGTTGCGCTGGCTGATCCTCACCGACAACCGGATTGCCACGCTGCCCGAGGAACTGGGTCgc > 1:6346747/1‑151 (MQ=255) ggcggTGGGCGACTGTCCGGCGCTGAGCATGGTCGGCTTCAAGTCCAACCGCATCGAGCGGGTGCCGGCCGCGGCCCTGCCGCCGGCGTTGCGCTGGCTGATCCTCACCGACAACCGGATTGCCACGCTGCCCGAGGAACTGGGTCgccgg < 2:5757807/151‑1 (MQ=255) gcggTGGGCGACTGTCCGGCGCTGAGCATGGTCGGCTTCAAGTCCAACCGCATCGAGCGGGTGCCGGCCGCGGCCCTGCCGCCGGCGTTGCGCTGGCTGATCCTCACCGACAACCGGATTGCCACGCTGCCCGAGGAACTGGGTCgccggc > 2:2678879/1‑151 (MQ=255) cggTGGGCGACTGTCCGGCGCTGAGCATGGTCGGCTTCAAGTCCAACCGCATCGAGCGGGTGCCGGCCGCGGCCCTGCCGCCGGCGTTGCGCTGGCTGATCCTCACCGACAACCGGATTGCCACGCTGCCCGAGGAACTGGGTCgccggcc > 1:5394674/1‑151 (MQ=255) ggTGGGCGACTGTCCGGCGCTGAGCATGGTCGGCTTCAAGTCCTACCGCATCGAGCGGGTGCCGGCCGCGGCCCTGCCGCCGGCGTTGCGCTGGCTGATCCTCACCGACAACCGGATTGCCACGCTGCCCGAGGAACTGGGTCgccggccg < 1:7739537/151‑1 (MQ=255) cGACTGTCCGGCGCTGAGCATGGTCGGCTTCAAGTCCAACCGCATCGAGCGGGTGCCGGCCGCGGCCCTGCCGCCGGCGTTGCGCTGGCTGATCCTCACCGACAACCGGATTGCCACGCTGCCCGAGGAACTGGGTCGCCGGCCGTTGCAg < 1:2959297/151‑1 (MQ=255) cTGTCCGGCGCTGAGCATGGTCGGCTTCAAGTCCAACCGCATCGAGCGGGTGCCGGCCGCGGCCCTGCCGCCGGCGTTGCGCTGGCTGATCCTCACCGACAACCGGATTGCCACGCTGCCCGAGGAACTGGGTCGCCGGCCGTTGCAGAAg > 1:4592711/1‑151 (MQ=255) tGTCCGGCGCTGAGCATGGTCGGCTTCAAGTCCAACCGCATCGAGCGGGTGCCGGCCGCGGCCCTGCCGCCGGCGTTGCGCTGGCTGATCCTCACCGACAACCGGATTGCCACGCTGCCCGAGGAACTGGGTCGCCGGCCGTTGCAGAAGc > 1:1491054/1‑151 (MQ=255) gTCCGGCGCTGAGCATGGTCGGCTTCAAGTCCAACCGCATCGAGCGGGTGCCGGCCGCGGCCCTGCCGCCGGCGTTGCGCTGGCTGATCCTCACCGACAACCGGATTGCCACGCTGCCCGAGGAACTGGGTCGCCGGCCGTTGCAGAAGCt > 1:3720861/1‑151 (MQ=255) gTCCGGCGCTGAGCATGGTCGGCTTCAAGTCCAACCGCATCGAGCGGGTGCCGGCCGCGGCCCTGCCGCCGGCGTTGCGCTGGCTGATCCTCACCGACAACCGGATTGCCACGCTGCCCGAGGAACTGGGTCGCCGGCCGTTGCAGAAGCt > 1:3180224/1‑151 (MQ=255) cggcgcTGAGCATGGTCGGCTTCAAGTCCAACCGCATCGAGCGGGTGCCGGCCGCGGCCCTGCCGCCGGCGTTGCGCTGGCTGATCCTCACCGACAACCGGATTGCCACGCTGCCCGAGGAACTGGGTCGCCGGCCGTTGCAGAAGCTGAt < 2:2876041/151‑1 (MQ=255) 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gcgcTGAGCATGGTCGGCTTCAAGTCCAACCGCATCGAGCGGGTGCCGGCCGCGGCCCTGCCGCCGGCGTTGCGCTGGCTGATCCTCACCGACAACCGGATTGCCACGCTGCCCGAGGAACTGGGTCGCCGGCCGTTGCAGAAGCTGATGc > 1:10607086/1‑151 (MQ=255) gcgcTGAGCATGGTCGGCTTAAAGTCCAACCGCATCGAGCGGGTGCCGGCCGCGGCCCTGCCGCCGGCGTTGCGCTGGATGATCCTCACCGACAACCGGATTGCCACGCTGCCCGAGGAACTGGGTCGCCGGCCGTTGCAGAAGCTGATGc < 2:7309307/151‑1 (MQ=255) | GGCCGACTCCCTGGAGGTGCTCAACCTCAGCGGCAACGCCCTGGACAGCCTGCCGGACGACCTCGGCCGGCTGCATCGTCTCAAGGTGCTGTTCTGTTCCGCCAACGACTTCGCCGAATTGCCGGCGGCGGTGGGCGACTGTCCGGCGGTGAGCATGGTCGGCTTCAAGTCCAACCGCATCGAGCGGGTGCCGGCCGCGGCCCTGCCGCCGGCGTTGCGCTGGCTGATCCTCACCGACAACCGGATTGCCACGCTGCCCGAGGAACTGGGTCGCCGGCCGTTGCAGAAGCTGATGC > NC_008463/2807118‑2807413 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |