Predicted mutation | ||||||
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RA | NC_008463 | 2,787,895 | Δ1 bp | pseudogene (973/3090 nt) | PA14_RS13085 → | CusA/CzcA family heavy metal efflux RND transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_008463 | 2,787,893 | 0 | C | . | 98.5% | 1593.4 / 10.2 | 332 | pseudogene (971/3090 nt) | PA14_RS13085 | CusA/CzcA family heavy metal efflux RND transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/4); new base . (154/173); total (155/177) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.77e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 357 total aligned reads displayed.
CTGATCGGCGAGAACAGCCGGGAAGTGGCCCACGCGGTCTGCCAGCGCCTGGAGGAGATCAACCGGACCCTG‑CCC‑AGGGGGTCACTGCGATCACCGTCTACGACCGCACCACCCTGCATGACTAGGACAGTGCCCAC‑GTGAAGAAGAACCCTGGTGGAAGGCGCGGCGCTGGTGATCGCGGTGCTCTTCCTGTTCCTCGGCAACATCCGCGCGGCGCTGATCACCGCCACCATCATCCCGCTGTCGATGCTGTTCACCTTCACCGGGATGGTCGGCAACAGGGTCAGCGCCAAC > NC_008463/2787745‑2788038 | cagATCGGCGAGAACAGCCGGGAAGTGGCCCAGGCGGTCGGCCAGCGCCTGGAGGAGATCAACCGGACCCTG‑CCCAAGGGGGTCAAGGCGATCACCGTCTACGACCGCACCACCCTGGTGGACAAGG‑CCGTGGCCACGGTGAAGAAGAAc > 2:1529074/3‑150 (MQ=255) cTGATCGGCGAGAACAGCCGGGAAGTGGCCCAGGCGGTCGGCCAGCGCCTGGAGGAGATCAACCGGACCCTG‑CCCAAGGGGGTCAAGGCGATCACCGTCTACGACCGCACCACCCTGGTGGACAAGG‑CCGTGGCCACGGTGAAGAAGAAc < 1:6097872/150‑1 (MQ=255) tGATCGGCGAGAACAGCCGGGAAGTGGCCCAGGCGGTCGGCCAGCGCCTGGAGGAGATCAACCGGACCCTG‑CCCAAGGGGGTCAAGGCGATCACCGTCTACGACCGCACCACCCTGGTGGACAAGG‑CCGTGGCCACGGTGAAGAAGAAcc < 1:7527251/150‑1 (MQ=255) tGATCGGCGAGAACAGCCGGGAAGTGGCCCAGGCGGTCGGCCAGCGCCTGGAGGAGATCAACCGGACCCTG‑CCCAAGGGGGTCAAGGCGATCACCGTCTACGACCGCACCACCCTGGTGGACAAGG‑CCGTGGCCACGGTGAAGAAGAAcc > 2:4215519/1‑150 (MQ=255) gATCGGCGAGAACAGCCGGGAAGTGGCCCAGGCGGTCGGCCAGCGCCTGGAGGAGATCAACCGGACCCTG‑CCCAAGGGGGTCAAGGCGATCACCGTCTACGACCGCACCACCCTGGTGGACAAGG‑CCGTGGCCACGGTGAAGAAGAAcct > 2:7501707/1‑149 (MQ=255) ctCGGCGAGAACAGCCGGGAAGTGGCCCAGGCGGTCGGCCAGCGCCTGGAGGAGATCAACCGGACCCTG‑CCCAAGGGGGTCAAGGCGATCACCGTCTACGACCGCACCACCCTGGTGGACAAGG‑CCGTGGCCACGGTGAAGAAGAAcctg < 1:7332361/149‑3 (MQ=255) tCGGCGAGAACAGCCGGGAAGTGGCCCAGGCGGTCGGCCAGCGCCTGGAGGAGATCAACCGGACCCTG‑CCCAAGGGGGTCAAGGCGATCACCGTCTACGACCGCACCACCCTGGTGGACAAGG‑CCGTGGCCACGGTGAAGAAGAAcctgg < 2:175731/150‑4 (MQ=255) tCGGCGAGAACAGCCGGGAAGTGGCCCAGGCGGTCGGCCAGCGCCTGGAGGAGATCAACCGGACCCTG‑CCCAAGGGGGTCAAGGCGATCACCGTCTACGACCGCACCACCCTGGTGGACAAGG‑CCGTGGCCACGGTGAAGAAGAAcctgg < 1:1470220/150‑4 (MQ=255) 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gcccaaGGGGGTCAAGGCGATCACCGTCTACGACCGCACCACCCTGGTGGACAAGG‑CCGTGGCCACGGTGAAGAAGAA‑CCTGGTGGAAGGCGCGGCGCTGGTGATCGCGGTGCTCTTCCTGTTCCTCGGCAACATCCGCGCGGCGCTGAt < 2:7107641/145‑1 (MQ=255) gcccaaGGGGGTCAAGGCGATCACCGTCTACGACCGCACCACCCTGGTGGACAAGG‑CCGTGGCCACGGTGAAGAAGAA‑CCTGGTGGAAGGCGCGGCGCTGGTGATCGCGGTGCTCTTCCTGTTCCTCGGCAACATCCGCGCGGCGCTGAt < 1:6594604/145‑1 (MQ=255) aaGGGGGTCAAGGCGATCACCGTCTACGACCGCACCACCCTGGTGGACAAGG‑CCGTGGCCACGGTGAAGAAGAA‑CCTGGTGGAAGGCGCGGCGCTGGTGATCGCGGTGCTCTTCCTGTTCCTCGGCAACATCCGCGCGGCGCTGATCAcc < 2:6872168/149‑1 (MQ=255) aGGGGGTCAAGGCGATCACCGTCTACGACCGCACCACCCTGGTGGACAAGG‑CCGTGGCCACGGTGAAGAAGAA‑CCTGGTGGAAGGCGCGGCGCTGGTGATCGCGGTGCTCTTCCTGTTCCTCGGCAACATCCGCGCGGCGCTGATCACCg < 1:893615/150‑1 (MQ=255) aGGGGGTCAAGGCGATCACCGTCTACGACCGCACCACCCTGGTGGACAAGG‑CCGTGGCCACGGTGAAGAAGAA‑CCTGGTGGAAGGCGCGGCGCTGGTGATCGCGGTGCTCTTCCTGTTCCTCGGCAACATCCGCGCGGCGCTGATCACCg < 1:7127666/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |