| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_008463 | 5,395,470 | Δ1 bp | intergenic (‑103/+50) | PA14_RS24730 ← / ← PA14_RS24735 | hypothetical protein/ATP‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_008463 | 5,395,467 | 0 | G | . | 96.3% | 1558.2 / 67.2 | 373 | intergenic (‑100/+53) | PA14_RS24730/PA14_RS24735 | hypothetical protein/ATP‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/7); major base . (184/158); minor base T (1/12); total (185/188) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.05e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 397 total aligned reads displayed.
CGCGTGGTCAGCCCCAGACAAGGGCGGATGAGGCAGAGGTTACGCGGCATGGCGGCATCCTCACGGGGGTTCCCAGTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGAGGGGCGGGGGCTTTCCAGCCCCGCCCTCGGCAGGTTCCGGCAACGCGCCGGACTCAGTCCTTCTTCGCCGCGGCCTTGTCCTTCGCCGCGACGGTCTCTTTCTCCGCCGGCTTGTCCTTTTCCTTGTCGTCCTCTTCCATGCCGAG > NC_008463/5395318‑5395612 | cgcgTGGTCAGCCCCAGACAAGGGCGGATGAGGCAGAGGTTACGCGGCATGGCGGCATCCTCACGGGGGTTCCCAGTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGAg < 2:6345714/150‑1 (MQ=255) tGGTCAGCCCCAGACAAGGGCGGATGAGGCAGAGGTTACGCGGCATGGCGGCATCCTCACGGGGGTTCCCAGTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGAgggcg > 1:1373177/1‑148 (MQ=255) gTCAGCCCCAGACAAGGGCGGATGAGGCAGAGGTTACGCGGCATGGCGGCATCCTCACGGGGGTTCCCAGTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGAgggcggg > 2:5741595/1‑146 (MQ=255) aGCCCCAGACAAGGGCGGATGAGGCAGAGGTTACGCGGCATGGCGGCATCCTCACGGGGGTTCCCAGTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGCggggct > 2:5627062/1‑148 (MQ=255) ccccAGACAAGGGCGGATGAGGCAGAGGTTACGCGGCATGGCGGCATCCTCACGGGGGTTCCCAGTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGCggggcttt < 1:1000864/150‑5 (MQ=255) cccAGACAAGGGCGGATGAGGCAGAGGTTACGCGGCATGGCGGCATCCTCACGGGGGTTCCCAGTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTc > 2:8047534/1‑150 (MQ=255) ccAGACAAGGGCGGATGAGGCAGAGGTTACGCGGCATGGCGGCATCCTCACGGGGGTTCCCAGTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTcc > 2:9813108/1‑150 (MQ=255) ccAGACAAGGGCGGATGAGGCAGAGGTTACGCGGCATGGCGGCATCCTCACGGGGGTTCCCAGTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTcc < 1:9208000/150‑1 (MQ=255) ccAGACAAGGGCGGATGAGGCAGAGGTTACGCGGCATGGCGGCATCCTCACGGGGGTTCCCAGTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTcc < 2:7205174/150‑1 (MQ=255) cAGACAAGGGCGGATGAGGCAGAGGTTACGCGGCATGGCGGCATCCTCACGGGGGTTCCCAGTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCa > 2:2175414/1‑150 (MQ=255) aCAAGGGCGGATGAGGCAGAGGTTACGCGGCATGGCGGCATCCTCACGGGGGTTCCCAGTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCAGcc < 2:9610300/150‑1 (MQ=255) ccaGGGCGGATGAGGCAGAGGTTACGCGGCATGGCGGCATCCTCACGGGGGTTCCCAGGTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCAGAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCAGccc > 2:3218847/3‑150 (MQ=255) aaGGGCGGATGAGTCAGAGGTTACGCGGCATGGCGGCATCATCACGGGGGTTCCCAGTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCAAAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCAGcccc > 2:595866/1‑150 (MQ=255) aaGGGCGGATGAGGCAGAGGTTACGCGGCATGGCGGCATCCTCACGGGGGTTCCCAGTGTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCAGcccc > 2:2623999/1‑150 (MQ=255) aTGAGGCAGAGGTTACGCGGCATGGCGGCATCCTCACGGGGGTTCCCAGTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCAGCCCCGCCCTCgg > 1:3513018/1‑150 (MQ=255) gAGGCAGAGGTTACGCGGCATGGCGGCATCCTCACGGGGGTTCCCAGTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCAGCCCCGCCCTCGGCa > 1:2340197/1‑150 (MQ=255) gAGGCAGAGGTTACGCGGCATGGCGGCATCCTCACGGGGGTTCCCAGTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCAGCCCCGCCCTCGGCa > 1:6663028/1‑150 (MQ=255) cAGAGGTTACGCGGCATGGCGGCATCCTCACGGGGGTTCCCCGTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCAGCCCCGCCCTCGGCAGGtt < 2:7880820/150‑1 (MQ=255) cAGAGGTTACGCGGCATGGCGGCATCCTCACGGGGGTTCCCAGTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCAGCCCCGCCCTCGGCAGGtt > 1:1669027/1‑150 (MQ=255) agagGTTACGCGGCATGGCGGCATCCTCCCGGGGGTTCCCAGTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCAGCCCCGCCCTCGGCAGGTTc < 2:6529131/150‑1 (MQ=255) gcggTCACGCGGCATGGCGGCATCCTCACGGGGGTTCCCAGTTTTGAGCCTACCCCTCCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCCCAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCAGCCCCGCCCTCGGCAGGTTcc < 2:1019292/148‑1 (MQ=255) gagGTTACGCGGCATGGCGGCATCCTCACGGGGGTTCCCAGTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCAGCCCCGCCCTCGGCAGGTTcc > 1:114820/1‑150 (MQ=255) ggTTCCGCGGCATGGCGGCAACCTCACGGGGGTTCCATGTTTTGAGCCAACACCTGCCGCCTGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCAGCCCCGCCCTCGGCAGGTTCCgg < 1:8491188/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |