Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | NC_008463 | 3,515,876 | 0 | T | A | 30.7% | 543.1 / 71.6 | 282 | intergenic (+630/+254) | PA14_RS16005/PA14_RS16010 | AAA family ATPase/DUF4354 family protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (48/139); new base A (82/1); total (142/140) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.31e-33 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 289 total aligned reads displayed.
CCTAAGCCATAGCCCTTCCCCATACCTGAACGGCACACCTATTGCCACCCGCAAAACCACAACCTCCCCCGCTGCTAACCGCAATAGCTGCGGCTTGAGTGTCGCGGATCGGTTTTTGGAATGTGGTGTTGG‑CCTTCACCCCAACCCTC‑TCCCGCACGCGGGAGAGGGGGCCGGGCGTGCCTTGTGGGTCGAGCGCCTCGCTCGGGCGCAGCC‑TGGAACGATGTCTACCCTCCCCTAGGCCCCGGGTATCTGGAATTCGGCCCCCAGCCCAGGCAACCAAAAGCACCGGAAACGCGC > NC_008463/3515729‑3516025 | ctAAGCCATAGCCCTTCCCCATACCTGAACGGCACACCTATTGCCACCCGCAAAACCACAACCTCCCCCGCTGCTAACCGCAATAGCTGCGGCTTGAGTGTCGCGGATCGGTTTTTGGAATGTGGTGTTGG‑CCCTCACCCCAACCCtc‑tc < 1:10354059/150‑1 (MQ=255) ctAAGCCATAGCCCTTCCCCATACCTGAACGGCACACCTATTGCCACCCGCAAAACCACAACCTCCCCCGCTGCTAACCGCAATAGCTGCGGCTTGAGTGTCGCGGATCGGTTTTTGGAATGTGGTGTTGG‑CCCTCACCCCAACCCtc‑tc < 2:8824197/150‑1 (MQ=255) tAAGCCATAGCCCTTCCCCATACCTGAACGGCACACCTATTGCCACCCGCAAAACCACAACCTCCCCCGCTGCTAACCGCAATAGCTGCGGCTTGAGTGTCGCGGATCGGTTTTTGGAATGTGGTGTTGG‑CCCACCCCCCAACCCAC‑Tcc > 2:7010899/1‑150 (MQ=255) 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ccccAACCCTC‑TCCCGCACGCGGGAGAGGGGGCCGGGCGTGCCTTGTGGGTCGAGCGCCTCGCTCGGGCGCAGCC‑TGGAACGATGTCTACCCTCCCCTAGGCCCCGGGTATCTGGAATTCGGCCCCCAGCCCAGGCAACCAAAAGCACCg > 2:2961624/1‑150 (MQ=255) ccAACCCTC‑TCCCGCACGCGGGAGAGGGGGCCGGGCGTGCCTTGTGGGTCGAGCGCCTCGCTCGGGCGCAGCC‑TGGAACGATGTCTACCCTCCCCTAGGCCCCGGGTATCTGGAATTCGGCCCCCAGCCCAGGCACCCAAAAGCACCGGa > 2:2786371/1‑150 (MQ=255) ccAACCCTC‑TCCCGCACGCGGGAGAGGGGGCCGGGCGTGCCTTGTGGGTCGAGCGCCTCGCTCGGGCGCAGCC‑TGGAACGATGTCTACCCTCCCCTAGGCCCCGGGTATCTGGAATTCGGCCCCCAGCCCAGGCAACCAAAAGCACCGGa > 1:4715429/1‑150 (MQ=255) cAACCCTC‑TCCCGCACGCGGGAGAGGGGGCCGGGCGTGCCTTGTGGGTCGAGCGCCTCGCTCGGGCGCAGCC‑TGGAACGATGTCTACCCTCCCCTAGGCCCCGGGTATCTGGAATTCGGCCCCCAGCCCAGGCAACCAAAAGCACCGGaa < 1:6924317/150‑1 (MQ=255) cccTC‑TCCCGCACGCGGGAGAGGGGGCCGGGCGTGCCTTGTGGGTCGAGCGCCTCGCTCGGGCGCAGCC‑TGGAACGATGTCTACCCTCCCCTCGGCCCCGGGTATCTGGAATTCGGCCCCCAGCCCAGGCAACCAAAAGCACCGGAAAcg < 2:10537767/150‑1 (MQ=255) cccTC‑TCCCGCACGCGGGAGAGGGGGCCGGGCGTGCCTTGTGGGTCGAGCGCCTCGCTCGGGCGCAGCC‑TGGAACGATGTCTACCCTCCCCTACGCCCCGGGTATCTGGAATTCGGCCCCCAGCCCAGGCAACCAAAAGCACCGGAAAcg < 2:2796836/150‑1 (MQ=255) cccTC‑TCCCGCACGCGGGAGAGGGGGCCGGGCGTGCCTGGTGGGTCGAGCGCCTCGCTCGGGCGCAGCC‑TGGAACGATGTCTACCCTCCCCTAGGCCCCGGGTCTCTGGAATTCGGCCCCCAGCCCAGGCAACCCAAAGCTCCGGAAAcg > 2:3175876/1‑150 (MQ=255) ccTC‑TCCCGCACGCGGGAGAGGGGGCCGGGCGTGCCTTGTGGGTCGAGCGCCTCGCTCGGGCGCAGCC‑TGGAACGATGTCTACCCTCCCCTAGGCCCCGGGTATCTGGAATTCGGCCCCCAGCCCAGGCAACCAAAAGCACCGGAAAcgc > 1:2184142/1‑150 (MQ=255) ccTC‑TCCCGCACGCGGGAGAGGGGGCCGGGCGTGCCTTGTGGGTCGAGCGCCTCGCTCGGGCGCAGCC‑TGGAACGATGTCTACCCTCCCCTAGGCCCCGGGTATCTGGAATTCGGCCCCCAGCCCAGGCAACCAAAAGCACCGGAAAcgc < 1:10488784/150‑1 (MQ=255) ccTC‑TCCCGCACGCGGGAGAGGGGGCCGGGCGTGCCTTGTGGGTCGAGCGCCTCGCTCGGGCGCAGCC‑TGGAACGATGTCTACCCTCCCCTAGGCCCCGGGTATCTGGAATTCGGCCCCCAGCCCAGGCAACCAAAAGCACCGGAAAcgc < 2:2576724/150‑1 (MQ=255) ctc‑tCCCGCACGCGGGAGAGGGGGCCGGGCGTGCCTTGTGGGTCGAGCGCCTCGCTCGGGCGCAGCC‑TGGAACGATGTCTACCCTCCCCTAGGCCCCGGGTATCTGGAATTCGGCCCCCAGCCCAGGCAACCAAAAGCACCGGAAAcgcg < 2:4231212/150‑1 (MQ=255) tc‑tcCCGCACGCGGGAGAGGGGGCCGGGCGTGCCTTGTGGGTCGAGCGCCTCGCTCGGGCGCAGCC‑TGGAACGATGTCTACCCTCCCCTAGGCCCCGGGTATCTGGAATTCGGCCCCCAGCCCAGGCAACCAAAAGCACCGGAAACgcgc < 1:895356/150‑1 (MQ=255) | CCTAAGCCATAGCCCTTCCCCATACCTGAACGGCACACCTATTGCCACCCGCAAAACCACAACCTCCCCCGCTGCTAACCGCAATAGCTGCGGCTTGAGTGTCGCGGATCGGTTTTTGGAATGTGGTGTTGG‑CCTTCACCCCAACCCTC‑TCCCGCACGCGGGAGAGGGGGCCGGGCGTGCCTTGTGGGTCGAGCGCCTCGCTCGGGCGCAGCC‑TGGAACGATGTCTACCCTCCCCTAGGCCCCGGGTATCTGGAATTCGGCCCCCAGCCCAGGCAACCAAAAGCACCGGAAACGCGC > NC_008463/3515729‑3516025 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |