| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_008463 | 5,461,009 | 0 | A | G | 31.8% | 793.9 / inf | 431 | N1282N (AAT→AAC) | PA14_RS25000 | MBG domain‑containing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (151/128); new base G (70/60); total (223/208) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.40e-02 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 432 total aligned reads displayed.
GGATCGGCGTCGCCATAGACCTTGGTCTTGGCATCGGCGATCACATTCAGCAGCGCCTTGGTGATGGTCAGGTTATTGCCCTGGTAGCTCAGGTCGTAGTTCGCGCTGACCAGGCCCAGTCCACCCTGGTTGATGCCGTACACGCCGACATTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCACCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGGTAAGTCAGGCTCGGGTCGGCATCGCCGTAGACCTTGGTCTTGGCATCGGCGATCACATTCAGCAGTG > NC_008463/5460860‑5461157 | gTCACCGTAGACCTTGGTCTTGGCATCGGCGATCACATTCAGCAGCGCCTTGGTGATGGTCAGGTTATTGCCCTGGTAGCTCAGGTCGTAGTTCGCGCTGACCAGGCCCAGTCCACCCTGGTTGATGCCGTACACGCCGACATTCTCgcc < 1:4840355/150‑1 (MQ=17) tCGCCCTAGACCTTGGTCTTGGCATCGGCGATCACATTCAGCAGCGCCTTGGTGATGGTCAGGTTATTGCCCTGGTAGCTCAGGTCGTAGTTCGCGCTGACCAGGCCCAGTCCACCCTGGTTGATGCCGTACACGCCGACATTCTCgcca < 1:5588315/150‑1 (MQ=255) tCGCCATAGACCTTGGTCTTGGCATCGGCGATCACATTCAGCAGCGCCTTGGTGATGGTCAGGTTATTGCCCTGGTAGCTCAGGTCGTAGTTCGCGCTGACCAGTCCCAGTCCACCCTGGTTGATGCCCTACACGCCCACATTCTCgcca > 2:9672623/1‑150 (MQ=255) ccTTGGTCTTGGCATCGGCGATCACATTCAGCAGCGCCTTGGTGATGGTCAGGTTTTTGCCCTGGTAGCTCAGGTCGTAGTTCGCGCTGACCAGGCCCAGTCCACCCTGGTTGATGCCGTACACGCCGACATTCTCGCCAGCCACGCGGc < 1:2231690/150‑1 (MQ=21) ccTTGGTCTTGGCATCGGCGATCACATTCAGCAGCGCCTTGGTGATGGTCAGGTTATTGCCCTGGTAGCTCAGGTCGTAGTTCGCGCTGACCAGGCCCAGTCCACCCTGGTTGATGCCGTACACGCCGACATTCTCGCCAGCCAcgcgac > 2:339361/1‑148 (MQ=37) ggTCTTGGCATCGGCGATCACATTCAGCAGCGCCTTGGTGATGGTCAGGTTATTGCCCTGGTAGCTCAGGTCGTAGTTCGCGCTGACCAGGCCCAGTCCACCCTGGTTGATGCCGTACACGCCGACATTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAg < 1:9051300/150‑1 (MQ=37) tgccgtCGGCGATCACATTCAGCAGCGCCTTGGTGATGGTCAGGTTATTGCCCTGGTAGCTCAGGTCGTAGTTCGCGCTGACCAGGCCCAGTCCACCCTGGTTGATGCCGTACACGCCGACATTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGc > 2:1106059/6‑150 (MQ=37) aTCGGCGATCACATTCAGCAGCGCCTTGGTGATGGTCAGGTTATTGCCCTGGTAGCTCAGGTCGTAGTTCGCGCTGACCAGGCCCAGTCCACCCTGGTTGATGCCGTACTCGCCGACATTCTCGCCAGCCACGCGGCGCAGGCAGCCAcc > 2:1728345/1‑150 (MQ=255) tCGGCGATCACATTCAGCAGCGCCTTGGTGATGGTCAGGTTATTGCCCTGGTAGCTCAGGTCGTAGTTCGCGCTGACCAGGCCCAGTCCACCCTGGTTTATGCCGTACACGCCGACATTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCAGCCACCg > 1:867135/1‑150 (MQ=255) cGGCGATCACATTCAGCAGCGCCTTGGAGCTGGTCAGGTTATTGCCCCGGTAGCTCAGGTCGTAGTTCGCGCTGACCAGGCCCAGTCCACCCTGGTTGATGCCGTACACGCCGACATTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCACCGt < 1:4552179/150‑1 (MQ=255) gCGATCACATTCAGCAGCGCCTTGGTGATGGTCAGGTTTTTGCCCTGGTAGCTCAGGTCGTAGTTCGCGCTGACCAGGCCCAGTCCACCCTGGTTGATGCCGTACACGCCGACATTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCACCGTTg < 1:5372932/150‑1 (MQ=37) gCGATCACATTCAGCAGCGCCTTGGTGATGGTCAGGTTGTTGCCGTGGTAGCTCAGGTCGTAGTTCGCGCTGACCAGGCCCAGTCCACCCTGGTTGATGCCGTACACGCCGACATTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCACCGTTg > 2:5024516/1‑150 (MQ=17) gCGATCACATTCAGCAGCGCCTTGGTAATGGTCAGGTTATTGCCATGGTAGCTCAGATCGTAGTTCCCGCTGAACAGGCCCAGTCCACCCTGGTTGATGCCGTACACGCCGACGTTCTCGCCAGCCACGCGGATCAGCCTGCCAcagatg > 2:2718783/1‑145 (MQ=11) aTCACATTCAGCAGCGCCTTGGTGATGGTCAGGTTATTGCCCTGGTAGCTCAGGTCGTAGTTCGCGCTGACCAGGCCCAGTCCACCCTGGTTGATGCCGTACACGCCGACATTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCACCGTTGAGc > 2:8871521/1‑150 (MQ=39) cacaTTCAGCAGCGCCTTGGTGATGGTCAGGTTATTGCCCTGGTAGCTCAGGTCGTAGTTCGCGCTGACCAGGCCCAGTCCACCCTGGTTGATGCCGTACACGCCGACATTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCACCGTTGAGCAc < 2:5965124/150‑1 (MQ=39) acaTTCAGCAGCGCCTTGGTGATGGTCAGGTTATTGCCCTGGTAGCTCAGGTCGTAGTTCGCGCTGACCAGGCCCAGTCCACCCTGGTTGATGCCGTACACGCCGACATTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCACCGTTGAGCACg > 2:2666831/1‑150 (MQ=39) cagcGCCTTGGTGATGGTCAGGTTATTGCCCTGGTAGCTCAGGTCGTAGTTCGCGCTGACCAGGCCCAGTCCACCCTGGTTGATGCCGTACACGCCGACATTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCACCGTTGAGCACGGCACcggc < 1:1102180/150‑1 (MQ=39) gcCTTGGTGATGGTCAGGTTATTGCCCTGGTAGCTCAGGTCGTAGTTCGCGCTGACCAGGCCCAGTCCACCCTGGTTGATGCCGTACACGCCGACATTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCACCGTTGAGCACGGCACCGGCGgtg > 1:615959/1‑150 (MQ=40) ccTTGGTGATGGTCAGGTTATTGCCCTGGTAGCTCAGGTCGTAGTTCGCGCTGACCAGGCCCAGTCCACCCTGGTTGATGCCGTACACGCCGACATTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCACCGTTGAGCACGGCACCGGCGgtgt > 1:6587241/1‑150 (MQ=40) ccTTGGTGATGGTCAGGTTATTGCCCTGGTAGCTCAGGTCGTAGTTCGCGCTGACCAGGCCCAGTCCACCCTGGTTGATGCCGAACACGCCGACAATCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCACCGTTGAGCACGGCACCGGCGgtgt > 1:1552175/1‑150 (MQ=255) tGGTGATGGTCAGGTTATTGCCCTGGTAGCTCAGGTCGTAGTTCGCGCTGACCAGGCCCAGTCCACCCTGGTTGATGCCGTACACGCCGACATTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCACCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGc < 1:8487841/150‑1 (MQ=255) aTGGTCAGGTTTTTGCCCTGGTAGCTCAGGTCGTAGTTCGCGCTGACCAGGCCCAGTCCACCCTGGTTGATGCCGTACACGCCGACATTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCACCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGttc < 1:5877967/150‑1 (MQ=255) gTCAGGTTATTGCCCTGGTAGCTCAGGTCGTAGTTCGCGCTGACCAGGCCCAGTCCACCCTGGTTGATGCCGTACACGCCGACATTCTCGCCAGCCACGCGACTCAGGCTGCCACCGTTAAGCACCGCGCCAGCGGTATCGCCGttcttc > 2:4952342/1‑150 (MQ=11) cAGGTTATTGCCCTGGTAGCTCAGGTCGTAGTTCGCGCTGACCAGGCCCAGTCCACCCTGGTTGATGCCGTACACGCCGACATTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCACCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAg > 2:4314255/1‑150 (MQ=255) ggTTGTTGCCTTGGTAGCTCAGGTCGTAGTTCGCGCTGACCAGGCCCAGTCCACCCTGGTTGATGCCGTACACGCCGACATTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCACCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGc < 1:1937784/150‑1 (MQ=18) ggTTATTGCCCTGGTAGCTCAGGTCGTAGTTCGCGCTGACCAGGCCCAGTCCACCCTGGTTGATGCCGTACACGCCGACATTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCACCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGc > 1:9774206/1‑150 (MQ=255) tgttGCCTTGGTAGCTCAGGTCGTAGTTCGCGCTGACCAGGCCCAGTCCACCCTGGTTGATGCCGTACACGCCGACATTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCACCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCGc < 2:7738210/148‑1 (MQ=25) ccttGGTAGCTCAGGTCGTAGTTCGCGCTGACCAGGCCCAGTCCACCCTGGTTGATGCCGTACACGCCGACATTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCACCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGAcc < 1:3730781/147‑1 (MQ=255) cccTGGTAGCTCAGGTCGTAGTTCGCGCTTACCACGACCTGGCCTCCCTGGAAGATGCAGTACACGCCGACATTCAAGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGACACCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCGTCAGGCCGCTGAcg > 2:5294809/1‑149 (MQ=14) cccTGGTAGCTCAGGTCGTAGTTCGCGCTGACCAGGCCCAGTCCACCCTGGTTGATGCCGTACACGCCGACATTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCACCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGAcc > 2:4408807/1‑150 (MQ=255) cttGGTAGCTCAGGTCGTAGTTCGCGCTGACCAGGCCCAGTCCACCCTGGTTGATGCCGTACACGCCGACATTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCACCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCt > 1:3336059/3‑150 (MQ=255) aGCTCAGGTCGTAGTTCGCGCAGGCCAGGCCCAGTCCACCCTCGTTGATGCCGTACACGACGACATACACGCCAGCCACGCTGCTCAGGCTGCCACCGGTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGGTCAg > 2:10314844/1‑150 (MQ=14) tCAGGTCGTAGTTCGCGCTGACCAGGCCCAGTCCACCCTGGTTGATGCCGTACACGCCGACATTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCACCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGGTAAGTCa > 2:10031415/1‑150 (MQ=255) 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acacGCCGACATTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCACCGTTGAGCACCGCACCGGCGGTATCGCCGTTCTACAGGCCACTGACATGGTAAGTCAGGCTCGGAACGGCATCGCCATAGACCTTGGTCTTGGCATCGGCGATCACAt > 1:828650/1‑150 (MQ=11) cacGCCGACATTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCACCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGGTAAGTCAGGCTCGGGTCGGCATCGCCGTAGACCTTGGTCTTGGCGTCGGCGATCACAtt > 2:800939/1‑150 (MQ=255) cGCCGACATTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCACCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGGTAAGTCAGGCTCGGGTCGGCATCGCCGTAGACCTTGGTCTTGGCGTCGGCGATCACATTca > 1:2808183/1‑150 (MQ=255) ccGACTTTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCTCCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGGTAAGTCAGGCTCGGGTCGGCATCGCCGTAGACCTTGGTCTTGGCGTCGGCGATCACATTcagc < 1:1737761/150‑1 (MQ=255) ccGACATTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCACCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGGTAAGTCAGGCTCGGGTCGGCATCGCCGTAGACCTTGGTCTTGGCGTCGGCGATCACATTcagc > 2:7322162/1‑150 (MQ=255) 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GGATCGGCGTCGCCATAGACCTTGGTCTTGGCATCGGCGATCACATTCAGCAGCGCCTTGGTGATGGTCAGGTTATTGCCCTGGTAGCTCAGGTCGTAGTTCGCGCTGACCAGGCCCAGTCCACCCTGGTTGATGCCGTACACGCCGACATTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCACCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGGTAAGTCAGGCTCGGGTCGGCATCGCCGTAGACCTTGGTCTTGGCATCGGCGATCACATTCAGCAGTG > NC_008463/5460860‑5461157 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |