| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NC_008463 | 5,536,163 | 0 | G | A | 45.6% | 376.7 / inf | 386 | intergenic (‑12/+132) | rrf/PA14_RS25360 | 5S ribosomal RNA/23S ribosomal RNA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (94/116); new base A (90/86); total (184/202) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.21e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.71e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 392 total aligned reads displayed.
ACTACCATCGGCGATGCGTCGTTTCACTTCTGAGTTCGGGAAGGGATCAGGTGGTTCCAACGCTCTATGATCGTCAAGCAATTCGGTTGGATATCCGTTCGCTTGGGCTTACGTCTATCCGGATTCAGGTATGTGATTTCAAGGTGTTTGCGGTTCATGCGAACTTTCGGTTCGTCGACTTCACCTTACAACACACAATCGTCAGATTGTTTGGGTGTTATATGGTCAAGCCTCACGGG > NC_008463/5536074‑5536312 | aCCATCGGCGATGCGTCGTTTCACTTCTGAGTTCGGGAAGGGATCAGGTGGTTCCAACGCTCTATGATCGTCAAGCAATTCGGTTGGATATCCGTTCGCTTGGGCTTACGTCTATCCGGATTCAGGTATGTGATTTCAAGGTGTTTGCgg > 2:1790642/1‑150 (MQ=32) aCCATCGGCGATGCGTCGTTTCACTTCTGAGTTCGGGAAGGGATCAGGTGGTTCCAACGCTCTATGATCGTCAAGCAATTCGGTTGGATATCCGTTCGCTTGGGCTTACGTCTATCCGGATTCAGGTATGTGATTTCAAGGTGTTTGCgg > 1:4779461/1‑150 (MQ=32) aCCATCGGCGATGCGTCGTTTCACTTCTGAGTTCGGGAAGGGATCAGGTGGTTCCAACGCTCTATGATCGTCAAGCAATTCGGTTGGATATCCGTTCGCTTGGGCTTACGTCTATCCGGATTCAGGTATGTGATTTCAAGGTGTTTGCgg < 1:7124708/150‑1 (MQ=32) ccATCGGCGATGCGTCGTTTCACTTCTGAGTTCGGGAAGGGATCAGGTGGTTCCAACGCTCTATGATCGTCAAGCAATTCGGTTGGATATCCGTTCGCTTGGGCTTACGTCTATCCGGATTCAGGTATGTGATTTCAAGGTGTTTGCGGt > 1:5115862/1‑150 (MQ=33) 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tGGATATCCGTTCGCTTGGGCTTACGTCTATCCGGATTCAGGTATGTGATTTCAAGGTGTTTGCGGTTCATGCGAACTTTCGGTTCGTCGACTTCACCTTACAACACACAATCGTCAGATTGTTTGGGTGTTATATGGTCAAGCCTCACg < 1:5263696/150‑1 (MQ=35) | ACTACCATCGGCGATGCGTCGTTTCACTTCTGAGTTCGGGAAGGGATCAGGTGGTTCCAACGCTCTATGATCGTCAAGCAATTCGGTTGGATATCCGTTCGCTTGGGCTTACGTCTATCCGGATTCAGGTATGTGATTTCAAGGTGTTTGCGGTTCATGCGAACTTTCGGTTCGTCGACTTCACCTTACAACACACAATCGTCAGATTGTTTGGGTGTTATATGGTCAAGCCTCACGGG > NC_008463/5536074‑5536312 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |