Predicted mutation | ||||||
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RA | NC_008463 | 3,711,749 | T→C | L37L (TTG→CTG) | cobA → | uroporphyrinogen‑III C‑methyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_008463 | 3,711,749 | 0 | T | C | 99.8% | 1903.4 / NA | 483 | L37L (TTG→CTG) | cobA | uroporphyrinogen‑III C‑methyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (294/188); minor base A (0/1); total (294/189) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.91e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 483 total aligned reads displayed.
CCCCCGGCCCATGGCGGCGAATGCCTGAGGAGAACGACGATGAGCGGTAAGGTCTGGCTGGTGGGTGCGGGTCCCGGCGATCCGGAACTGTTGACCCTGAAGGCAGTTCGCGCCCTGCAGGACGCGGATGTGGTGATGGTCGACGATTTGGTCAACCCGAGCATACTGGAGCACTGTCCGTCCGCCCGGGTGGTCCGGGTCGGCAAACGCGGCGGCTGCCGCTCCACACCGCAGGACTTCATCCAGCGCCTGATGCTGCGGCATGCCCGCCAGGGACGCAGCGTGGTGCGCCTG > NC_008463/3711602‑3711895 | ccGGCCCATGGCGGCGAATGCCTGAGGAGAACGACGATGAGCGGTAAGGTCTGGCTGGTGGGTGCGGGTCCCGGCGATCCGGAACTGTTGACCCTGAAGGCAGTTCGCGCCCTGCAGGACGCGGATGTGGTGATGGTCGACGATCTGGTc < 2:1863602/150‑1 (MQ=255) ggCCCATGGCGGCGAATGCCTGAGGAGAACGACGATGAGCGGTAAGGTCTGGCTGGTGGGTGCGGGTCCCGGCGATCCGGAACTGTTGACCCTGAAGGCAGTTCGCGCCCTGCAGGACGCGGATGTGGTGATGGTCGACGATCTGGTCaa > 2:7224370/1‑150 (MQ=255) cccATGGCGGCGAATGCCTGAGGAGAACGACGATGAGCGGTAAGGTCTGGCTGGTGGGTGCGGGTCCCGGCGATCCGGAACTGTTGACCCTGAAGGCAGTTCGCGCCCTGCAGGACGCGGATGTGGTGATGGTCGACGATCTGGTCAAcc < 1:516680/150‑1 (MQ=255) cccATGGCGGCGAATGCCTGAGGAGAACGACGATGAGCGGTAAGGTCTGGCTGGTGGGTGCGGGTCCCGGCGATCCGGAACTGTTGACCCTGAAGGCAGTTCGCGCCCTGCAGGACGCGGATGTGGTGATGGTCGACGATCTGGTCAAcc > 2:4664265/1‑150 (MQ=255) cATGGCGGCGAATGCCTGAGGAGAACGACGATGAGCGGTAAGGTCTGGCTGGTGGGTGCGGGTCCCGGCGATCCGGAACTGTTGACCCTGAAGGCAGTTCGCGCCCTGCAGGACGCGGATGTGGTGATGGTCGACGATCTGGTCAACCCg > 2:5721027/1‑150 (MQ=255) tGGCGGCGAATGCCTGAGGAGAACGACGATGAGCGGTAAGGTCTGGCTGGTGGGTGCGGGTCCCGGCGATCCGGAACTGTTGACCCTGAAGGCAGTTCGCGCCCTGCAGGACGCGGATGTGGTGATGGTCGACGATCTGGTCAACCCGAg > 2:2024858/1‑150 (MQ=255) ggcggcGAATGCCTGAGGAGAACGACGATGAGCGGTAAGGTCTGGCTGGTGGGTGCGGGTCCCGGCGATCCGGAACTGTTGACCCTGAAGGCAGTTCGCGCCCTGCAGGACGCGGATGTGGTGATGGTCGACGATCTGGTCAACCCGAGc > 1:5036001/1‑150 (MQ=255) cggcgAATGCCTGAGGAGAACGACGATGAGCGGTAAGGTCTGGCTGGTGGGTGCGGGTCCCGGCGATCCGGAACTGTTGACCCTGAAGGCAGTTCGCGCCCTGCAGGACGCGGATGTGGTGATGGTCGACGATCTGGTCAACCCGAGCAt < 1:2031239/150‑1 (MQ=255) 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tgATGGTCGACGATCTGGTCAACCCGAGCATACTGGAGCACTGTCCGTCCGCCCGGCTGGTCCGGGTCGGCAAACGCGGCGGCTGCCGCTCCACACCGCAGGACTTCATCCAGCGCCTGATGCTGCGGCATGCCCGCCAGGGACGCAGCg > 1:5711444/1‑150 (MQ=255) gATGGTCGACGATCTGGTCAACCCGAGCATACTGGAGCACTGTCCGTCCGCCCGGCTGGTCCGGGTCGGCAAACGCGGCGGCTGCCGCTCCACACCGCAGGACTTCATCCAGCGCCTGATGCTGCGGCATGCCCGCCAGGGACGCAGCgt < 2:10689520/150‑1 (MQ=255) ggTCGACGATCTGGTCAACCCGAGCATACTGGAGCACTGTCCGTCCGCCCGGCTGGTCCGGGTCGGCAAACGCGGCGGCTGCCGCTCCACACCGCAGGACTTCATCCAGCGCCTGATGCTGCGGCATGCCCGCCAGGGACGCAGCgtggt > 2:8685776/1‑150 (MQ=255) tCGACGATCTGGTCAACCCGAGCATACTGGAGCACTGTCCGTCCGCCCGGCTGGTCCGGGTCGGCAACCGCGGCGGCTGCCGCTCCACACCGCAGGACTTCATCCAGCGCCTGATGCTGCGGCATGCCCGCCAGGGACGCAGCGTGGTgc < 2:2506372/150‑1 (MQ=255) gacgaTCTGGTCAACCCGAGCATACTGGAGCACTGTCCGTCCGCCCGGCTGGTCCGGGTCGGCAAACGCGGCGGCTGCCGCTCCACACCGCAGGACTTCATCCAGCGCCTGATGCTGCGGCATGCCCGCCAGGGACGCAGCGTGGTgcgc < 2:10015895/150‑1 (MQ=255) 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gaTCTGGTCAACCCGAGCATACTGGAGCACTGTCCGTCCGCCCGGCTGGTCCGGGTCGGCAAACGCGGCGGCTGCCGCTCCACACCGCAGGACTTCATCCAGCGCCTGATGCTGCGGCATGCCCGCCAGGGACGCAGCGTGGTGCGCCTg > 1:7148470/1‑150 (MQ=255) gaTCTGGTCAACCCGAGCATACTGGAGCACTGTCCGTCCGCCCGGCTGGTCCGGGTCGGCAAACGCGGCGGCTGCCGCTCCACACCGCAGGACTTCATCCAGCGCCTGATGCTGCGGCATGCCCGCCAGGGACGCAGCGTGGTGCGCCTg > 1:3245939/1‑150 (MQ=255) | CCCCCGGCCCATGGCGGCGAATGCCTGAGGAGAACGACGATGAGCGGTAAGGTCTGGCTGGTGGGTGCGGGTCCCGGCGATCCGGAACTGTTGACCCTGAAGGCAGTTCGCGCCCTGCAGGACGCGGATGTGGTGATGGTCGACGATTTGGTCAACCCGAGCATACTGGAGCACTGTCCGTCCGCCCGGGTGGTCCGGGTCGGCAAACGCGGCGGCTGCCGCTCCACACCGCAGGACTTCATCCAGCGCCTGATGCTGCGGCATGCCCGCCAGGGACGCAGCGTGGTGCGCCTG > NC_008463/3711602‑3711895 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |