| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_008463 | 96,350 | T→C | pseudogene (284/723 nt) | tagH ← | type VI secretion system‑associated FHA domain protein TagH |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_008463 | 96,350 | 0 | T | C | 99.8% | 2271.7 / NA | 583 | pseudogene (284/723 nt) | tagH | type VI secretion system‑associated FHA domain protein TagH |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (265/317); minor base A (1/0); total (266/317) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.56e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 583 total aligned reads displayed.
GCCACCGCGCGATCCGGCGCCATGAACGCCTGGTTGTCGCGGCGCAGCAGGAGCAGCATGGCTTCGTCGACGTTCGGCGCGAACTTCAGCGGGTTGTTCTGCACAGGCTGGATCATGGTCTGCGCCATGCGGAACTCGCCCTTCAGGTTGTCCAGCGTGCGCAGCACGTCCACCAGTCCTTCCACCAGACAGCGATAGGTGCGTCGGATGGCTTCCATCTGCGCTTCGGCGCCGGCCGGGTCGACCTTC‑ACTGGGTCATGCCGGCGCCGCGCAGGAACGCCTGCAGCAGGTCG > NC_008463/96203‑96495 | ccACCGCGCGATCCGGCGCCATGAACGCCTGGTTGTCGCGGCGCAGCAGGAGCAGCATGGCTTCGTCGACGTTCGGCGCGAACTTCAGCGGGTTGTTCTGCACCGGCTGGATCATGGTCTGCGCCATGCGGAACTCGCCCTTCAGGCTgg > 1:7459474/1‑149 (MQ=255) cACCGCGCGATCCGGCGCCATGAACGCCTGGTTGTCGCGGCGCAGCAGGAGCAGCATGGCTTCGTCGACGTTCGGCGCGAACTTCAGCGGGTTGTTCTGCACCGGCTGGATCATGGTCTGCGCCATGCGGAACTCGCCCTTCAGGCTggc > 1:289855/1‑148 (MQ=255) gcgATCCGGCGCCATGAACGCCTGGTTGTCGCGGCGCAGCAGGAGCAGCATGGCTTCGTCGACGTTCGGCGCGAACTTCAGCGGGTTGTTCTGCACCGGCTGGATCATGGTCTGCGCCATGCGGAACTCGCCCTTCAGGCTGGCCcgcgc < 1:1606037/150‑2 (MQ=255) aTCCGGCGCCATGAACGCCTGGTTGTCGCGGCGCAGCAGGAGCAGCATGGCTTCGTCGACGTTCGGCGCGAACTTCAGCGGGTTGTTCTGCACCGGCTGGATCATGGTCTGCGCCATGCGGAACTCGCCCTTCAGGCTGGCCcgcgcgcg > 2:9374757/1‑150 (MQ=255) tCCGGCGCCATGAACGCCTGGTTGTCGCGGCGCAGCAGGAGCAGCATGGCTTCGTCGACGTTCGGCGCGAACTTCAGCGGGTTGTTCTGCACCGGCTGGATCATGGTCTGCGCCATGCGGAACTCGCCCTTCAGGCTGGCCCgcgcgcgc > 1:3384283/1‑150 (MQ=255) ccGGCGCCATGAACGCCTGGTTGTCGCGGCGCAGCAGGAGCAGCATGGCTTCGTCGACGTTCGGCGCGAACTTCAGCGGGTTGTTCTGCACCGGCTGGATCATGGTCTGCGCCATGCGGAACTCGCCCTTCAGGCTGGCCCGCGCGCgca < 1:6012285/150‑1 (MQ=255) cGGCGCCATGAACGCCTGGTTGTCGCGGCGCAGCAGGAGCAGCATGGCTTCGTCGACGTTCGGCGCGAACTTCAGCGGGTTGTTCTGCACCGGCTGGATCATGGTCTGCGCCATGCGGACCTCGCCCTTCAGGCTGGCCCGCGCGCgcag > 2:7177183/1‑150 (MQ=255) cGGCGCCATGAACGCCTGGTTGTCGCGGCGCAGCAGGAGCAGCATGGCTTCGTCGACGTTCGGCGCGAACTTCAGCGGGTTGTTCTGCACCGGCTGGATCATGGTCTGCGCCATGCGGAACTCGCCCTTCAGGCTGGCCCGCGCGCgcag < 2:5174799/150‑1 (MQ=255) cGGCGCCATGAACGCCTGGTTGTCGCGGCGCAGCAGGAGCAGCATGGCTTCGTCGACGTTCGGCGCGAACTTCAGCGGGTTGTTCTGCACCGGCTGGATCATGGTCTGCGCCATGCGGAACTCGCCCTTCAGGCTGGCCCGCGCGCgcag > 2:9240066/1‑150 (MQ=255) cgcCATGAACGCCTGGTTGTCGCGGCGCAGCAGGAGCAGCATGGCTTCGTCGACGTTCGGCGCGAACTTCAGCGGGTTGTTCTGCACCGGCTGGATCATGGTCTGCGCCATGCGGAACTCGCCCTTCAGGCTGGCCCGCGCGCGCAGCAc < 2:8732295/150‑1 (MQ=255) aaCGCCTGGTTGTCGCGGCGCAGCAGGAGCAGCATGGCTTCGTCGACGTTCGGCGCGAACTTCAGCGGGTTGTTCTGCACCGGCTGGATCATGGTCTGCGCCATGCGGAACTCGCCCTTCAGGCTGGCCCGCGCGCGCAGCACGTccacc > 1:6959724/1‑150 (MQ=255) aCGCCTGGTTGTCGCGGCGCAGCAGGAGCAGCATGGCTTCGTCGACGTTCGGCGCGAACTTCAGCGGGTTGTTCTGCACCGGCTGGATCATGGTCTGCGCCATGCGGAACTCGCCCTTCAGGCTGGCCCGCGCGCGCAGCACGTccacca < 1:8117212/150‑1 (MQ=255) aCGCCTGGTTGTCGCGGCGCAGCAGGAGCAGCATGGCTTCGTCGACGTTCGGCGCGAACTTCAGCGGGTTGTTCTGCACCGGCTGGATCATGGTCTGCGCCATGCGGAACTCGCCCTTCAGGCTGGCCCGCGCGCGCAGCACGTccacca < 2:5907112/150‑1 (MQ=255) cGCCTGGTTGTCGCGGCGCAGCAGGAGCAGCATGGCTTCGTCGACGTTCGGCGCGAACTTCAGCGGGTTGTTCTGCACCGGCTGGATCATGGTCTGCGCCATGCGGAACTCGCCCTTCAGGCTGGCCCGCGCGCGCAGCACGTccacccg > 2:2019223/1‑148 (MQ=255) ccTGGTTGTCGCGGCGCAGCAGGAGCAGCATGGCTTCGTCGACGTTCGGCGCGAACTTCAGCGGGTTGTTCTGCACCGGCTGGATCATGGTCTGCGCCATGCGGAACTCGCCCTTCAGGCTGGCCCGCGCGCGCAGCACGTCCACCAGTc > 1:8856708/1‑150 (MQ=255) ccTGGTTGTCGCGGCGCAGCAGGAGCAGCATGGCTTCGTCGACGTTCGGCGCGAACTTCAGCGGGTTGTTCTGCACCGGCTGGATCATGGTCTGCGCCATGCGGAACTCGCCCTTCAGGCTGGCCCGCGCGCGCAGCACGTCCACCAGTc > 1:2643379/1‑150 (MQ=255) ggTTTTCGCGGAGCAGCAGGAGCAGCATGGCTTCGTCGACGTTCGGCGCGAACTTCAGCGGGTTGTACTGCACCGGCTGGATCATGGTCTGCGCCATGCGGAACTCGCCCTTCAGGCTGGCCCGCGCGCGCAGCACGTCAACCAGTCCtt > 2:7830408/1‑150 (MQ=255) ggTTGTCGCGGCGCAGCAGTAGCATCTTGGATTCGTCTAAGTTCTGCGAGAACTTCAGAGTGTTTTTCTGCACCGGCTGGATCATGGTCTGCGCCATGCGGAACTCGCCCTTCAGGCTGGCCCGCGCGCGCAGCACGTCCACCAGTCCtt < 2:1159885/150‑1 (MQ=255) gTTGTCGCGGCGCAGCAGGAGCAGCATGGCTTCGTCGACGTTCGGCGCGAACTTCAGCGGGTTGTTCTGCACCGGCTGGATCATGGTCTGCGCCATGCGGAACTCGCCCTTCAGGCTGGCCCGCGCGCGCAGCACGTCCACCAGTCCTTc > 1:73637/1‑150 (MQ=255) ttGTCGCGGCGCAGCAGGAGCAGCATGGCTTCGTCGACGTTCGGCGCGAACTTCAGCGGGTTGTTCTGCACCGGCTGGATCATGGTCTGCGCCATGCGGAACTCGCCCTTCAGGCTGGCCCGCGCGCGCAGCACGTCCACCAGTCCTTcc < 1:4474851/150‑1 (MQ=255) tGTCGCGGCGCAGCAGGAGCAGCATGGCTTCGTCGACGTTCGGCGCGAACTTCAGCGGGTTGTTCTGCACCGGCTGGATCATGGTCTGCGCCATGCGGAACTCGCCCTTCAGGCTGGCCCGCGCGCGCAGCACGTCCACCAGTCCTTcca < 1:8630878/150‑1 (MQ=255) tCGCGGCGCAGCAGGAGCAGCATGGCTTCGTCGACGTTCGGCGCGAACTTCAGCGGGTTGTTCTGCACCGGCTGGATCATGGTCTGCGCCATGCGGAACTCGCCCTTCAGGCTGGCCCGCGCGCGCAGCACGTCCACCAGTCCTTccacc > 2:8085716/1‑150 (MQ=255) gcggcgCAGCAGGAGCAGCATGGCTTCGTCGACGTTCGGCGCGAACTTCAGCGGGTTGTTCTGCACCGGCTGGATCATGGTCTGCGCCATGCGGAACTCGCCCTTCAGGCTGGCCCGCGCGCGCAGCACGTCCACCAGTCCTTccacctg > 2:3441466/1‑148 (MQ=255) 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tcgACGTTCGGCGCGAACTTCAGCGGGTTGTTCTGCACCGGCTGGATCATGGTCTGCGCCATGCGGAACTCGCCCTTCAGGCTGGCCCGCGCGCGCAGCACGTCCACCAGTCCTTCCACCAGGCCGCGATAGCTGCGGCCGATGGCTTcc < 2:10312769/150‑1 (MQ=255) aCGTTCGGCGCGAACTTCAGCGGGTTGTTCTGCACCGGCTGGATCATGGTCTGCGCCATGCGGAACTCGCCCTTCAGGCTGGCCCGCGCGCGCAGCACGTCCACCAGTCCTTCCACCAGGCCGCGATAGCTGCGGCCGATGGCTTCCATc > 1:10209214/1‑150 (MQ=255) aCGTTCGGCGCGAACTTCAGCGGGTTGTTCTGCACCGGCTGGATCATGGTCTGCGCCATGAGGAACTCGCCCTTCAGGCTGGCCCGCGCGCGCAGCACGTCCACCAGTCCTTCCACCAGGCCGCGATAGCTGCGGCCGATGGCTTCCATc > 2:5828397/1‑150 (MQ=255) gTTCGGCGCGAACTTCAGCGGGTTGTTCTGCACCGGCTGGATCATGGTCTGCGCCATGCGGAACTCGCCCTTCAGGCTGGCCCGCGCGCGCAGCACGTCCACCAGTCCTTCCACCAGGCCGCGATAGCTGCGGCCGATGGCTTCCATCTg < 1:9641623/150‑1 (MQ=255) cGGCGCGAACTTCAGCGGGTTGTTCTGCACCGGCTGGATCATGGTCTGCGCCATGCGGAACTCGCCCTTCAGGCTGGCCCGCGCGCGCAGCACGTCCACCAGTCCTTCCACCAGGCCGCGATAGCTGCGGCCGATGGCTTCCATCTgcgc > 1:7042/1‑150 (MQ=255) 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cccTTCAGGCTGGCCCGCGCGCGCAGCACGTCCACCAGTCCTTCCACCAGGCCGCGATAGCTGCGGCCGATGGCTTCCATCTGCGCTTCGGCGCCGGCCGGGTCGACCTTCAACTGGGTCATGCCGGCGCCGCGCAGGAACGCCTgcagc > 1:5652193/1‑150 (MQ=255) cTTCAGGCTGGCCCGCGCGCGCAGCACGTCCACCAGTCCTTCCACCAGGCCGCGATAGCTGCGGCCGATGGCTTCCATCTGCGCTTCGGCGCCGGCCGGGTCGACCTTCAACTGGGTCATGCCGGCGCCGCGCAGGAACGCCTGcagcag > 1:8958510/1‑150 (MQ=255) ttCAGGCTGGCCCGCGCGCGCAGCACGTCCACCAGTCCGTCCACCAGGCCGCGATAGCTGCGGCCGATGGCTTCCATCTGCGCTTCGGCGCCGGCCGGGTCGACCTTCAACTGGGTCATGCCGGCGCCGCGCAGGAACGCCTGCAGCAgg < 2:8330782/150‑1 (MQ=255) tCAGGCTGGCCCGCGCGCGCAGCACGTCCACCAGTCCTTCCACCAGGCCGCGATAGCTGCGGCCGATGGCTTCCATCTGCGCTTCGGCGCCGGCCGGGTCGACCTTCAACTGGGTCATGCCGGCGCCGCGCAGGAACGCCTGCAGCAGGt < 1:2060590/150‑1 (MQ=255) tCAGGCTGGCCCGCGCGCGCAGCACGTCCACCAGTCCTTCCACCAGGCCGCGATAGCTGCGGCCGATGGCTTCCATCTGCGCTTCGGCGCCGGCCGGGTCGACCTTCAACTGGGTCATGCCGGCGCCGCGCAGGAACGCCTGCAGCAGGt < 2:6150846/150‑1 (MQ=255) cAGGCTGGCCCGCGCGCGCAGCACGTCCACCAGTCCTTCCACCAGGCCGCGATAGCTGCGGCCGATGGCTTCCATCTGCGCTTCGGCGCCGGCCGGGTCGACCTTCAACTGGGTCATGCCGGCGCCGCGCAGGAACGCCTGCAGCAGGTc < 2:1879725/150‑1 (MQ=255) aGGCTGGCCCGCGCGCGCAGCACGTCCACCAGTCCTTCCACCAGGCCGCGATAGCTGCGGCCGATGGCTTCCATCTGCGCTTCGGCGCCGGCCGGGTCGACCTTCAACTGGGTCATGCCGGCGCCGCGCAGGAACGCCTGCAGCAGGTcg > 2:1060997/1‑150 (MQ=255) | GCCACCGCGCGATCCGGCGCCATGAACGCCTGGTTGTCGCGGCGCAGCAGGAGCAGCATGGCTTCGTCGACGTTCGGCGCGAACTTCAGCGGGTTGTTCTGCACAGGCTGGATCATGGTCTGCGCCATGCGGAACTCGCCCTTCAGGTTGTCCAGCGTGCGCAGCACGTCCACCAGTCCTTCCACCAGACAGCGATAGGTGCGTCGGATGGCTTCCATCTGCGCTTCGGCGCCGGCCGGGTCGACCTTC‑ACTGGGTCATGCCGGCGCCGCGCAGGAACGCCTGCAGCAGGTCG > NC_008463/96203‑96495 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |