Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | NC_008463 | 5,395,470 | Δ1 bp | intergenic (‑103/+50) | PA14_RS24730 ← / ← PA14_RS24735 | hypothetical protein/ATP‑binding protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_008463 | 5,395,467 | 0 | G | . | 96.0% | 1626.5 / 81.6 | 394 | intergenic (‑100/+53) | PA14_RS24730/PA14_RS24735 | hypothetical protein/ATP‑binding protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/8); major base . (190/169); minor base T (0/15); total (191/203) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.77e-05 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 429 total aligned reads displayed.
TCGCGTGGTCAGCCCCAGACAAGGGCGGATGAGGCAGAGGTTACGCGGCATGGCGGCATCCTCACGGGGGTTCCCAGTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGAGGGGCGGGGGCTTTCCAGCCCCGCCCTCGGCAGGTTCCGGCAACGCGCCGGACTCAGTCCTTCTTCGCCGCGGCCTTGTCCTTCGCCGCGACGGTCTCTTTCTCCGCCGGCTTGTCCTTTTCCTTGTCGTCCTCTTCCATGCCGAGT > NC_008463/5395317‑5395613 | gcgTGGTCAGCCCCAGACAAGGGCGGATGAGGCAGAGGTTACGCGGCATGGCGGCATCCTCACGGGGGTTCCCAGTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGAggg > 2:10698036/1‑151 (MQ=255) cgTGGTCAGCCCCAGACAAGGGCGGATGAGGCAGAGGTTACGCGGCATGGCGGCATCCTCACGGGGGTTCCCAGTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGAgggc < 2:2685431/151‑2 (MQ=255) ggTCAGCCCCAGACAAGGGCGGATGAGGCAGAGGTTACGCGGCATGGCGGCATCCTCACGGGGGTTCCCAGTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGAgggcggg > 1:9869510/1‑147 (MQ=255) tCAGCCCCAGACAAGGGCGGATGAGGCAGAGGTTACGCGGCATGGCGGCATCCTCACGGGGGTTCCCAGTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGCggggc < 2:9516192/151‑2 (MQ=255) gCCCCAGACAAGGGCGGATGAGGCAGAGGTTACGCGGCATGGCGGCATCCTCACGGGGGTTCCCAGTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGCggggcttt > 1:10509068/1‑147 (MQ=255) ccccAGACAAGGGCGGATGAGGCAGAGGTTACGCGGCATGGCGGCATCCTCACGGGGGTTCCCAGTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTc > 1:6048083/1‑151 (MQ=255) ccAGACAAGGGCGGATGAGGCAGAGGTTACGCGGCATGGCGGCATCCTCACGGGGGTTCCCAGTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCa > 1:7549604/1‑151 (MQ=255) cAGACAAGGGCGGATGAGGCAGAGGTTACGCGGCATGGCGGCATCCTCACGGGGGTTCCCAGTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCAg < 1:3756753/151‑1 (MQ=255) 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agagGTTACGCGGCATGGCGGCATCCTCACGGGGGTTCCCAGTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCAGCCCCGCCCTCGGCAGGTTcc > 1:2757044/1‑151 (MQ=255) agagGTTACGCGGCATGGCGGCATCCTCACGGGGGTTCCCAGTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGACCACCGGGCTTAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCAGCCCCGCCCTCGGCAGGTTcc < 2:9420625/151‑1 (MQ=255) gagGTTACGCGGCATGGCGGCATCCTCACGGGGGTTCCCAGTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCAGCCCCGCCCTCGGCAGGTTCCg > 2:3954585/1‑151 (MQ=255) cggTTACGCGGCATGGCGGCAACCTCACGGGGGTACCCTGTTTGGCGCCTACACCTGCCGCCTGGTTCCGAATAGCGCCGGCGGTAACTTGTCCACTGGGCTTAACCGCACGAGGG‑‑GGGGGCTTTCCCGCCCCGCCCTCGGCAGGTTCCgg < 1:7006067/150‑1 (MQ=255) ggTTACGCGGCATGGCGGCATCCTCACGGGGGTTCCCAGTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCAGCCCCGCCCTCGGCAGGTTCCGGc > 1:1496469/1‑151 (MQ=255) 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tGGCGGCATCCTCACGGGGGTTCCCTGTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACG‑CGGGC‑GGGGCTTTCCAGCCCCGCCCTCGGCAGGTTCCGGCAACGCGCCGGAc < 1:7965248/151‑1 (MQ=255) cggcATCCTCACGGGGGTTCCCAGTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCAGCCCCGCCCTCGGCAGGTTCCGGCAACGCGCCGGACTCa > 2:1827239/1‑151 (MQ=255) gcATCCTCACGGGGGTTCCCAGTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCAGCCCCGCCCTCGGCAGGTTCCGGCAACGCGCCGGACTCAgg > 1:4295254/1‑150 (MQ=255) gcATCCTCACGGGGGTTCCCAGTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCAGCCCCGCCCTCGGCAGGTTCCGGCAACGCGCCGGACTCAGt > 1:5399255/1‑151 (MQ=255) cccTCACGGGGTTCCCAAGTTTTGAGCCCACCCCTCCCGCCTGGTTCCGCATCGCGCGGGCGGTAACTTGTCCACCGGGCTTAAACGCCCG‑TGGGC‑GGGGCTTTCCCGCCCCGCCCTCGGCAGGTTCCGGCAACGCGCCGGACTCAGTCct < 1:4040540/150‑1 (MQ=255) ccTCACGGGGGTTCCCAGTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCAGCCCCGCCCTCGGCAGGTTCCGGCAACGCGCCGGACTCAGTCctt > 2:3201383/1‑151 (MQ=255) cTCACGGGGGTTCCCAGTTTTGAGCCTACCCCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCAGCCCCGCCCTCGGCAGGTTCCGGCAACGCGCCGGACTCAGTCcttc < 2:8942521/151‑1 (MQ=255) cACGGGGGTTCCCAGTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGACCATGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCAGCCCCGCCCTCGGCAGGTTCCGGCAACGCGCCGGACTCAGTCcttctg > 1:6302421/1‑150 (MQ=255) cACGGGGGTTCCCAGTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCAGCCCCGCCCTCGGCAGGTTCCGGCAACGCGCCGGACTCAGTCcttctt > 2:7763573/1‑151 (MQ=255) aCGGGGGTTCCCAGTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCAGCCCCGCCCTCGGCAGGTTCCGGCAACGCGCCGGACTCAGTCCttcttc < 2:4294620/151‑1 (MQ=255) 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ggggTTCCCAGTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCAGCCCCGCCCTCGGCAGGTTCCGGCAACGCGCCGGACTCAGTCCTTCTTcgcc > 2:4383011/1‑151 (MQ=255) ggggTTCCCAGTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCAGCCCCGCCCTCGGCAGGTTCCGGCAACGCGCCGGACTCAGTCCTTCTTcgcc < 2:6066219/151‑1 (MQ=255) gggTTCCCAGTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAATCGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCAGCCCCGCCCTCGGCAGGTTCCGGCAACGCGCCGGACTCAGTCCTTCTTcgccg < 2:6818132/151‑1 (MQ=255) ggTTCCCAGTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCAGCCCCGCCCTCGGCAGGTTCCGGCAACGCGCCGGACTCAGTCCTTCTTcgccgc > 2:9241874/1‑151 (MQ=255) cccAGTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCAGCCCCGCCCTCGGCAGGTTCCGGCAACGCGCCGGACTCAGTCCTTCTTCGCCGCGGcc > 1:5785826/1‑151 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |