| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002745 | 81,624 | +C | intergenic (+218/+326) | SA_RS00500 → / ← SA_RS00505 | K(+)‑transporting ATPase subunit C/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002745 | 81,624 | 1 | . | C | 98.7% | 895.4 / 1.7 | 228 | intergenic (+218/+326) | SA_RS00500/SA_RS00505 | K(+)‑transporting ATPase subunit C/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/2); new base C (105/120); total (106/122) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
Only 100 of 238 total aligned reads displayed.
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NC_002745/81391‑81850 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |