| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002745 | 1,831,440 | 0 | A | G | 55.6% | 235.2 / inf | 448 | I101M (ATA→ATG) | arsB | arsenite efflux transporter membrane subunit ArsB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (101/97); new base G (118/130); total (220/228) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.05e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 457 total aligned reads displayed.
AGATATTGGCATTACCGCATTAACTGGTGCCTTTATTGCTGTTATTACTGGTGTTGTAAGTTTTTCCGATGTTTTCGAAGTAACAGGTATTGTTTGGAATGCTACTTTGACTTTTGTCTCAGTCATTCTTATTTCATTAATATTAGATAAAGTTGGATTATTCGAATGGTCAGCTATTCACATGCTTCATGCTTCAAAAGGAAATGGTTTAAAAATGTTCGTTTATATCATATTATTGGGTGCCATTGTTGCTGCATTTTTCGCAAATGATGGCGCAGCGTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTTAAAAATATAGGTTTTAGTAAGCGGGCCATATTCCCTTTTATTATTGCGAGTGGTTTTATAGCTGACACAACTTCTTTACCTTTGATCGTGAGCAATCTAGTGAATATTATATCTGCTGATTATTTTCATGTAGGATTCGTTCGATATTTTAG > NC_002745/1831209‑1831673 | ccttACCGCCTTCACTGGTGCCTTTATTGCAGCTATTACTGGTGTTGTAAGTTTTTCCGATGTTTTCGACGTAACAGGTATTGTTTGGAATGCTACTTTGACCTCTGTCTCAGTCATTCTTATTTCATTAATCTTAGATCAAGCTGGATTATTCGAATGGGCAGCCACTCACATGCTTCCTGCTCCAACAGGACATGGCTTATAACTGTTCGTTTCTATCATACTATTggcagc > 2:949034/3‑230 (MQ=255) ccGCATTAACTGGTGCCTCTATTGCTGTTTTTACTGGTGTTGATAGTTTTTCCGATGCTCTCGAAGTAACAGGTATTGTTTGGAATGCTACTTTGACTTTTGTCTCAGTCATTCTTATTTTATTAATATTAGATAATGTTGGATTATACGAATGGACAGCTATTTACATGCTTCTTGCTTCAAAAGGAAATGGTCTAAACATGACTGTTTATATCATCTTATTGTGTGCCAttg > 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cTGTTATTACTGGTGTTGTAAGTTTTTCCGATGTTTTCGAAGTAACAGGTATTGTTTGGAATGCTACTTTGACTTTTGTCTCAGTCATTCTTATTTCATTAATATTAGATAAAGTTGGATTATTCGAATGGTCAGCTATTCACATGCTTCATGCTTCAAAAGGAAATGGTTTAAAAATGTTCGTTTATATCATATTATTGGGTGCCATTGTTGCTGCATTTTTCGCAAatgatg < 2:1229728/234‑1 (MQ=255) cTGTTATTACTGGTGTTGTAAGTTTTTCCGATGTTTTCGAAGTAACAGGTATTGTTTGGAATGCTACTTTGACTTTTGTCTCAGTCATTCTTATTTCATTAATATTAGATAAAGTTGGATTATTCGAATGGTCAGCTATTCACATGCTTCATGCTTCAAAAGGAAATGGTTTAAAAATGTTCGTTTATATCATATTATTGGGTGCCATTGTTGCTGCATTTTTCGCAAatgatg < 1:1082807/234‑1 (MQ=255) cTGTTATTACTGGTGCTGTAAGTTTTTCCGATGTTTTCGAAGTAACAGGTATTGTTTGGAATGCTACTTTGACTTTTGTCTCAGTCATTCTTATTTCATTAATATTAGATAAAGTTGGATTATTCGAATGGTCAGCTATTCACATGCTTCATGCTTCAAAAGGAAATGGTTTAAAAATGTTCGTTTATATCATATTATTGGGTGCCATTGTTGCTGCATTTTTCGCAAatgatg < 2:298430/234‑1 (MQ=255) 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NC_002745/1831209‑1831673 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |