| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002745 | 1,831,458 | 0 | T | A | 56.7% | 236.9 / inf | 497 | V107V (GTT→GTA) | arsB | arsenite efflux transporter membrane subunit ArsB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (107/108); new base A (128/154); total (235/262) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.65e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.80e-02 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 501 total aligned reads displayed.
GCATTAACTGGTGCCTTTATTGCTGTTATTACTGGTGTTGTAAGTTTTTCCGATGTTTTCGAAGTAACAGGTATTGTTTGGAATGCTACTTTGACTTTTGTCTCAGTCATTCTTATTTCATTAATATTAGATAAAGTTGGATTATTCGAATGGTCAGCTATTCACATGCTTCATGCTTCAAAAGGAAATGGTTTAAAAATGTTCGTTTATATCATATTATTGGGTGCCATTGTTGCTGCATTTTTCGCAAATGATGGCGCAGCGTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTTAAAAATATAGGTTTTAGTAAGCGGGCCATATTCCCTTTTATTATTGCGAGTGGTTTTATAGCTGACACAACTTCTTTACCTTTGATCGTGAGCAATCTAGTGAATATTATATCTGCTGATTATTTTCATGTAGGATTCGTTCGATATTTTAGTAGAATGATTATACC > NC_002745/1831225‑1831688 | gCATTAACTGGTGCCTTTATTGCTGTTATTACTGGTGTTGTAAGTTTTTCCGATGTTTTCGAAGTAACAGGTATTGTTTGGAATGCTACTTTGACTTTTGTCTCAGTCATTCTTATTTCATTAATATTAGATAAAGTTGGATTATTCGAATGGTCAGCTATTCACATGCTTCATGCTTCAAAAGGAAATGGTTTAAAAATGTTCGTTTATATCATATTATTGGGTGCCAttgtt > 1:1293936/1‑234 (MQ=255) ggTGCCTTTATTGCTGTTATTACTGGTGTTGTAAGTTTTTCCGATGTTTTCGAAGTAACAGGTATTGTTTGGAATGCTACTTTGACTTTTGTCTCAGTCATTCTTATTTCATTAATATTAGATAAAGTTGGATTATTCGAATGGTCAGCTATTCACATGCTTCATGCTTCAAAAGGAAATGGTTTAAAAATGTTCGTTTATATCATATTATTGGGTGCCATTGTTGCTGCAttt > 1:982833/1‑234 (MQ=255) gCCTTTATTGCTGTTATTACTGGTGTTGTAAGTTTTTCCGATGTTTTCGAAGTAACAGGTATTGTTTGGAATGCTACTTTGACTTTTGTCTCAGTCATTCTTATTTCATTAATATTAGATAAAGTTGGATTATTCGAATGGTCAGCTATTCACATGCTTCATGCTTCAAAAGGAAATGGTTTAAAAATGTTCGTTTATATCATATTATTGGGTGCCATTGTTGCTGCATTTTTc > 2:1239117/1‑234 (MQ=255) gCCTTTATTGCTGTTATTACTGGTGTTGTAAGTTTTTCCGATGTTTTCGAAGTAACAGGTATTGTTTGGAATGCTACTTTGACTTTTGTCTCAGTCATTCTTATTTCATTAATATTAGATAAAGTTGGATTATTCGAATGGTCAGCTATTCACATGCTTCATGCTTCAAAAGGAAATGGTTTAAAAATGTTCGTTTATATCATATTATTGGGTGCCATTGTTGCTGCATTTTTc > 1:15357/1‑234 (MQ=255) tttATTGCTGTTATTACTGGTGTTGTAAGTTTTTCCGATGTTTTCGAAGTAACAGGTATTGTTTGGAATGCTACTTTGACTTTTGTCTCAGTCATTCTTATTTCATTAATATTAGATAAAGTTGGATTATTCGAATGGTCAGCTATTCACATGCTTCATGCTTCAAAAGGAAATGGTTTAAAAATGTTCGTTTATATCATATTATTGGGTGCCATTGTTGCTGCATTTTTCGCa > 1:1149786/1‑234 (MQ=255) 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NC_002745/1831225‑1831688 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |