| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NC_002745 | 2,561,821 | C→T | pseudogene (1997/4115 nt) | SA_RS14965 ← | E domain‑containing protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_002745 | 2,561,821 | 0 | C | T | 98.4% | 295.7 / NA | 130 | pseudogene (1997/4115 nt) | SA_RS14965 | E domain‑containing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/0); new base T (56/70); total (60/70) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.03e-01 | |||||||||||
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Only 100 of 130 total aligned reads displayed.
TGTGATCTCTTCTTTCGATTCACCTTTACTAATAATTTCTCCAGTTAATGGATTTTTTAGTGTCGGTGTCGTTATTGTCTTCTCACCTTTTTGTCCTTCTCTTGTTACTTTTTCTGTCCCTGGTGCTAAATCAGGATTAAATTTACGTTCTTTCTCGAATGGAATCTCTTCTTTTTCTACAATCGAGTCTCCTTTTACAGGTCCATATTTTGTTACGCTATCGACCGGCGGCCTAACTACGTCTCCTGTTTCTGGATTCTTAATTCCTGGTTTACCTGGAACTTCTTCTTTCTCTCCTGTTGGTAACTTCGGATCAAATTCGTCTCGATGACCTGGCGCTATTGTTTCAGGTCCGTATTCTGTTAATTCATTAATCGGATCTTTTGTGATCTCTTCTTTCGATTCACCTTTACTAATAATTTCTCCAGTTAATGGA > NC_002745/2561590‑2562025 | tgtgATCTCTTCTTTCGATTCACCTTTACTAATAATTTCTCCAGTTAATGGATTTTTTAGTGTCGGTGTCGTTATTGTCTTCTCACCTTTTTGTCCTTCTCTTGTTACTTTTTCTGTCCCTGGTGCTAAATCAGGATTAAATTTACGTTCTTTCTCGAATGGAATCTCTTCTTTTTCTACAATCGAGTCTCCTTTTACAGGTCCATATTTTGTTACGCTATCGACCGGCGGTCt < 1:415182/234‑1 (MQ=25)tgtgATCTCTTCTTTCGATTCACCTTTACTAATAATTTCTCCAGTTAATGGATTTTTTAGTGTCGGTGTCGTTATTGTCTTCTCACCTTTTTGTCCTTCTCTTGTTACTTTTTCTGTCCCTGGTGCTAAATCAGGATTAAATTTACGTTCTTTCTCGAATGGAATCTCTTCTTTTTCTACAATCGAGTCTCCTTTTACAGGTCCATATTTTGTTACGCTATCGACCGGCGGTCt < 1:210994/234‑1 (MQ=25) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |