| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002745 | 2,753,061 | T→C | M281V (ATG→GTG) | asp1 ← | accessory Sec system protein Asp1 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002745 | 2,753,061 | 0 | T | C | 99.7% | 1285.6 / NA | 323 | M281V (ATG→GTG) | asp1 | accessory Sec system protein Asp1 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (168/154); minor base G (0/1); total (168/155) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.80e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
Only 100 of 323 total aligned reads displayed.
TAATAAAATTAAACGGTAATAATCTTCCTGTGCGATATAATCCACAAGTCGTTGCATCATTTGTTGCAAATCAGCGTCACTCATACCATCTATCCATACACCTATAAATGTTTCCATCAATTGACTACTTATATTAGGTGATTGTCTCGTTTCAAATGGTGTGATTCGAATCATTGTATTCTCCCGCTGATACTTCTCTTGATGACTAATTAAATCACGTTCTAGTTGCATACTATCAACAATTAAATGGGCATTCTTTACGATAGATTGATATTCCTCATCTGACACAGTTTCATTTCTATTTTTAAAAAATGAATAACTTAACAATTTCGCTGGAATATGATTGGCTATTTGTCGATTGTGCCTAGCATCTGAAGCCACAATCACATGATCATCTTCATGTATTTGTTGTGCAATCATTGCTTGAAATTTTTCTTCAATTAGTTGAGCCATATTGTTA > NC_002745/2752831‑2753290 | taataaAATTAAACGGTAATAATCTTCCTGTGCGATATAATCCACAAGTCGTTGCATCATTTGTTGCAAATCAGCGTCACTCATACCATCTATCCATACACCTATAAATGTTTCCATCAATTGACTACTTATATTAGGTGATTGTCTCGTTTCAAATGGTGTGATTCGAATCATTGTATTCTCCCGCTGATACTTCTCTTGATGACTAATTAAATCACGTTCTAGTTGCACACt < 2:424904/234‑1 (MQ=255) ggTAATAATCTTCCTGTGCGATATAATCCACAAGTCGTTGCATCATTTGTTGCAAATCAGCGTCACTCATACCATCTATCCATACACCTATAAATGTTTCCATCAATTGACTACTTATATTAGGTGATTGTCTCGTTTCAAATGGTGTGATTCGAATCATTGTATTCTCCCGCTGATACTTCTCTTGATGACTAATTAAATCACGTTCTAGTTGCACACTATCAACAATTAAAt > 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> 2:1056324/1‑234 (MQ=255) cTAGTTGCACACTATCAACAATTAAATGGGCATTCTTTACGATAGATTGATATTCCTCATCTGACACAGTTTCATTTCTATTTTTAAAAAATGAATAACTTAACAATTTCGCTGCAATATGATTGGCTATTTGTCGATTGTGCCTAGCATCTGAAGCCACAATCACATGATCATCTTCATGTATTTGTTGTGCAATCATTGCTTGAAATTTTTCTTCAGTTAGTTGAGCCatat > 2:489656/1‑234 (MQ=255) | TAATAAAATTAAACGGTAATAATCTTCCTGTGCGATATAATCCACAAGTCGTTGCATCATTTGTTGCAAATCAGCGTCACTCATACCATCTATCCATACACCTATAAATGTTTCCATCAATTGACTACTTATATTAGGTGATTGTCTCGTTTCAAATGGTGTGATTCGAATCATTGTATTCTCCCGCTGATACTTCTCTTGATGACTAATTAAATCACGTTCTAGTTGCATACTATCAACAATTAAATGGGCATTCTTTACGATAGATTGATATTCCTCATCTGACACAGTTTCATTTCTATTTTTAAAAAATGAATAACTTAACAATTTCGCTGGAATATGATTGGCTATTTGTCGATTGTGCCTAGCATCTGAAGCCACAATCACATGATCATCTTCATGTATTTGTTGTGCAATCATTGCTTGAAATTTTTCTTCAATTAGTTGAGCCATATTGTTA > NC_002745/2752831‑2753290 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |