Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002745 | 1,831,623 | 0 | G | T | 71.2% | 1252.2 / inf | 778 | V162V (GTG→GTT) | arsB | arsenite efflux transporter membrane subunit ArsB |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (107/117); new base T (291/262); total (399/379) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.35e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 778 total aligned reads displayed.
CTTCATGCTTCAAAAGGAAATGGTTTAAAAATGTTCGTTTATATCATATTATTGGGTGCCATTGTTGCTGCATTTTTCGCAAATGATGGCGCAGCGTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTTAAAAATATAGGTTTTAGTAAGCGGGCCATATTCCCTTTTATTATTGCGAGTGGTTTTATAGCTGACACAACTTCTTTACCTTTGATCGTGAGCAATCTAGTGAATATTATATCTGCTGATTATTTTCATGTAGGATTCGTTCGATATTTTAGTAGAATGATTATACCTAATTTATTCTCGCTTTTAGCAAGTATTATAGTATTGTGGTTATATTTTAGAAAGGCGATACCTAAAACGTTTGATGATAATAATATAAAGCATCCTAAAGATGCCATTAATGATTTAAAGCTATTTAAAATTTCATGGATTGTTCTAGTTATATTACTTTTCG > NC_002745/1831393‑1831852 | caaggcttcaAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGTTTTATTGCTGATACTACATCACTTCCCTTAATTGTAAGTAACTTAGTTAatat > 1:638358/5‑234 (MQ=255) caaggcttcaAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGTTTTATTGCTGATACTACATCACTTCCCTTAATTGTAAGTAACTTAGTTAatat > 2:1164726/5‑234 (MQ=255) caaggcttcaAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGTTTTATTGCTGATACTACATCACTTCCCTTAATTGTAAGTAACTTAGTTAatat > 2:1297016/5‑234 (MQ=255) caaggcttcaAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGTTTTATTGCTGATACTACATCACTTCCCTTAATTGTAAGTAACTTAGTTAatat > 2:1596074/5‑234 (MQ=255) caaggcttcaAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGTTTTATTGCTGATACTACATCACTTCCCTTAATTGTAAGTAACTTAGTTAatat > 2:1495006/5‑234 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |