Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002745 | 1,856,533 | 0 | A | C | 67.9% | 860.0 / inf | 449 | intergenic (‑143/‑2) | SA_RS14770/pepA1 | IS3 family transposase/type I toxin‑antitoxin system Fst family toxin PepA1 |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (62/82); new base C (197/108); total (259/190) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.47e-05 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.67e-01 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 450 total aligned reads displayed.
TTATCCATTTTCCTAACGTCAAAGGTGTTAAATCATACTCGCGTATAATTTCATTTCTTGGCTTACCATTTTCATATAATCTAACCATTTATAACTTAAACTCTGAACTAAATGTTCTTCTTTCTTAAATTAACAAAATCTACTCTCATAGAATTTGTCCAATTAGATGATATAATAGTAGAGTCGCCTATCTCTCAGGCGTCAATTTAGACGCAGAGAGGAGGTGTA‑TAAGGTGATGCTTATTTTCGTTCACATCATAGCACCAGTCATCAGTGGCTGTGCCATTGCGTTTTTTTCTTATTGGCTAAGTAGACG‑‑‑C‑A‑‑ATACAA‑‑AATAGGTGAC‑ATAT‑AGCC‑GCACCAATAAAAATCCCCTCACTACCGCAAATAGTGAGGGGATTGGTGTATAAGTAAATACTTATTTTCGTTATCTCAATTATACTGCTAATCTTTCTCTTTGTAAAATATGCAAGGTTTTA > NC_002745/1856303‑1856765 | ttATCCATTTTCCTAACGTCAAAGGTGTTAAATCATACTCGCGTATAATTTCATTTCTTGGCTTACCATTTTCATATAATCTAACCATTTATAACTTAAACTCTGAACTAAATGTTCTTCTTTCTTAAATTAACAAAATCTACTCTCATAGAATTTGTCCAATTAGATGATATAATAGTAGAGTCGCCTATCTCTCAGGCGTCAATTTAGACGCAGAGAGGAGGTGTA‑TAAGGt > 1:680218/1‑234 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |