| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002745 | 1,831,458 | T→A | V107V (GTT→GTA) | arsB → | arsenite efflux transporter membrane subunit ArsB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002745 | 1,831,458 | 0 | T | A | 77.9% | 2350.4 / inf | 1059 | V107V (GTT→GTA) | arsB | arsenite efflux transporter membrane subunit ArsB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (121/113); new base A (401/424); total (522/537) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.16e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.54e-04 | |||||||||||
Only 100 of 1073 total aligned reads displayed.
GCATTAACTGGTGCCTTTATTGCTGTTATTACTGGTGTTGTAAGTTTTTCCGATGTTTTCGAAGTAACAGGTATTGTTTGGAATGCTACTTTGACTTTTGTCTCAGTCATTCTTATTTCATTAATATTAGATAAAGTTGGATTATTCGAATGGTCAGCTATTCACATGCTTCATGCTTCAAAAGGAAATGGTTTAAAAATGTTCGTTTATATCATATTATTGGGTGCCATTGTTGCTGCATTTTTCGCAAATGATGGCGCAGCGTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTTAAAAATATAGGTTTTAGTAAGCGGGCCATATTCCCTTTTATTATTGCGAGTGGTTTTATAGCTGACACAACTTCTTTACCTTTGATCGTGAGCAATCTAGTGAATATTATATCTGCTGATTATTTTCATGTAGGATTCGTTCGATATTTTAGTAGAATGATTATACC > NC_002745/1831225‑1831688 | gCATTAACTGGTGCCTTTATTGCTGTTATTACTGGTGTTGTAAGTTTTTCCGATGTTTTCGAAGTAACAGGTATTGTTTGGAATGCTACTTTGACTTTTGTCTCAGTCATTCTTATTTCATTAATATTAGATAAAGTTGGATTATTCGAATGGTCAGCTATTCACATGCTTCATGCTTCAAAAGGAAATGGTTTAAAAATGTTCGTTTATATCATATTATTGGGTGCCAttgtt > 2:1617351/1‑234 (MQ=255)gCATTAACTGGTGCCTTTATTGCTGTTATTACTGGTGTTGTAAGTTTTTCCGATGTTTTCGAAGTAACAGGTATTGTTTGGAATGCTACTTTGACTTTTGTCTCAGTCATTCTTATTTCATTAATATTAGATAAAGTTGGATTATTCGAATGGTCAGCTATTCACATGCTTCATGCTTCAAAAGGAAATGGTTTAAAAATGTTCGTTTATATCATATTATTGGGTGCCAttgtt > 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |