Predicted mutation | ||||||
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RA | NC_002745 | 1,831,488 | G→T | A117A (GCG→GCT) | arsB → | arsenite efflux transporter membrane subunit ArsB |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002745 | 1,831,488 | 0 | G | T | 79.8% | 2771.8 / inf | 1196 | A117A (GCG→GCT) | arsB | arsenite efflux transporter membrane subunit ArsB |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (109/133); new base T (450/504); total (559/637) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.65e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.10e-01 |
Only 100 of 1197 total aligned reads displayed.
ACTGGTGTTGTAAGTTTTTCCGATGTTTTCGAAGTAACAGGTATTGTTTGGAATGCTACTTTGACTTTTGTCTCAGTCATTCTTATTTCATTAATATTAGATAAAGTTGGATTATTCGAATGGTCAGCTATTCACATGCTTCATGCTTCAAAAGGAAATGGTTTAAAAATGTTCGTTTATATCATATTATTGGGTGCCATTGTTGCTGCATTTTTCGCAAATGATGGCGCAGCGTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTTAAAAATATAGGTTTTAGTAAGCGGGCCATATTCCCTTTTATTATTGCGAGTGGTTTTATAGCTGACACAACTTCTTTACCTTTGATCGTGAGCAATCTAGTGAATATTATATCTGCTGATTATTTTCATGTAGGATTCGTTCGATATTTTAGTAGAATGATTATACCTAATTTATTCTCGCTTTTAGCAAGTATTATAG > NC_002745/1831255‑1831720 | tAAGTTTTTCCGATGTTTTCGAAGTAACAGGTATTGTTTGGAATGCTACTTTGACTTTTGTCTCAGTCATTCTTATTTCATTAATATTAGATAAAGTTGGATTATTCGAATGGTCAGCTATTCACATGCTTCATGCTTCAAAAGGAAATGGTTTAAAAATGTTCGTTTATATCATATTATTGGGTGCCATTGTTGCTGCATTTTTCGCAAATGATGGCGCAGCGTTAATCTTaa > 1:1044693/1‑234 (MQ=255) gTTTTTCCGATGTTTTCGAAGTAACAGGTATTGTTTGGAATGCTACTTTGACTTTTGTCTCAGTCATTCTTATTTCATTAATATTAGATAAAGTTGGATTATTCGAATGGTCAGCTATTCACATGCTTCATGCTTCAAAAGGAAATGGTTTAAAAATGTTCGTTTATATCATATTATTGGGTGCCATTGTTGCTGCATTTTTCGCAAATGATGGCGCAGCGTTAATCTTAACGc < 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |