Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_002745 | 1,831,533 | T→A | G132G (GGT→GGA) | arsB → | arsenite efflux transporter membrane subunit ArsB |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002745 | 1,831,533 | 0 | T | A | 78.5% | 2603.8 / inf | 1120 | G132G (GGT→GGA) | arsB | arsenite efflux transporter membrane subunit ArsB |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (121/119); new base A (408/469); total (532/588) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.07e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.48e-01 |
Only 100 of 1139 total aligned reads displayed.
GTTTGGAATGCTACTTTGACTTTTGTCTCAGTCATTCTTATTTCATTAATATTAGATAAAGTTGGATTATTCGAATGGTCAGCTATTCACATGCTTCATGCTTCAAAAGGAAATGGTTTAAAAATGTTCGTTTATATCATATTATTGGGTGCCATTGTTGCTGCATTTTTCGCAAATGATGGCGCAGCGTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTTAAAAATATAGGTTTTAGTAAGCGGGCCATATTCCCTTTTATTATTGCGAGTGGTTTTATAGCTGACACAACTTCTTTACCTTTGATCGTGAGCAATCTAGTGAATATTATATCTGCTGATTATTTTCATGTAGGATTCGTTCGATATTTTAGTAGAATGATTATACCTAATTTATTCTCGCTTTTAGCAAGTATTATAGTATTGTGGTTATATTTTAGAAAGGCGATACCTAAAACGTTTGATGA > NC_002745/1831300‑1831766 | ttGGAATGCAACTTTAACTTTTGTGGCTGTTATTCTTATTTCATTAATATTAGATGAAATTGGTTTTTTTGAATGGTCTGCGATACATATGGTCAAGGCTTCAAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGatt > 1:501797/1‑234 (MQ=255) aaCTTTAACTTTTGTGGCTGTTATTCTTATTTCATTAATATTAGATGAAATTGGTTTTTTTGAATGGTCTGCGATACATATGGTCAAGGCTTCAAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTaatcaaaa > 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NC_002745/1831300‑1831766 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |