Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_002745 | 1,831,538 | G→A | S134N (AGT→AAT) | arsB → | arsenite efflux transporter membrane subunit ArsB |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002745 | 1,831,538 | 0 | G | A | 76.8% | 2165.8 / inf | 1083 | S134N (AGT→AAT) | arsB | arsenite efflux transporter membrane subunit ArsB |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (122/129); new base A (372/459); total (494/589) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.11e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.37e-01 |
Only 100 of 1084 total aligned reads displayed.
AATGCTACTTTGACTTTTGTCTCAGTCATTCTTATTTCATTAATATTAGATAAAGTTGGATTATTCGAATGGTCAGCTATTCACATGCTTCATGCTTCAAAAGGAAATGGTTTAAAAATGTTCGTTTATATCATATTATTGGGTGCCATTGTTGCTGCATTTTTCGCAAATGATGGCGCAGCGTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTTAAAAATATAGGTTTTAGTAAGCGGGCCATATTCCCTTTTATTATTGCGAGTGGTTTTATAGCTGACACAACTTCTTTACCTTTGATCGTGAGCAATCTAGTGAATATTATATCTGCTGATTATTTTCATGTAGGATTCGTTCGATATTTTAGTAGAATGATTATACCTAATTTATTCTCGCTTTTAGCAAGTATTATAGTATTGTGGTTATATTTTAGAAAGGCGATACCTAAAACGTTTGATGATAATA > NC_002745/1831306‑1831771 | cTACTTTGACTTTTGTCTCAGTCATTCTTATTTCATTAATATTAGATAAAGTTGGATTATTCGAATGGTCAGCTATTCACATGCTTCATGCTTCAAAAGGAAATGGTTTAAAAATGTTCGTTTATATCATATTATTGGGTGCCATTGTTGCTGCATTTTTCGCAAATGATGGCGCAGCGTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTTAAAAATATAGGTTTTAGTAAGc < 1:608958/234‑1 (MQ=255) tttGTCTCAGTCATTCTTATTTCATTAATATTAGATAAAGTTGGATTATTCGAATGGTCAGCTATTCACATGCTTCATGCTTCAAAAGGAAATGGTTTAAAAATGTTCGTTTATATCATATTATTGGGTGCCATTGTTGCTGCATTTTTCGCAAATGATGGCGCAGCGTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTTAAAAATATAGGTTTTAGTAAGCGGGCCATATTc > 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NC_002745/1831306‑1831771 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |