Predicted mutation | ||||||
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RA | NC_002745 | 2,561,821 | C→T | pseudogene (1997/4115 nt) | SA_RS14965 ← | E domain‑containing protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002745 | 2,561,821 | 0 | C | T | 97.3% | 407.9 / NA | 185 | pseudogene (1997/4115 nt) | SA_RS14965 | E domain‑containing protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (5/0); new base T (76/103); total (82/103) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.54e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 185 total aligned reads displayed.
TGTGATCTCTTCTTTCGATTCACCTTTACTAATAATTTCTCCAGTTAATGGATTTTTTAGTGTCGGTGTCGTTATTGTCTTCTCACCTTTTTGTCCTTCTCTTGTTACTTTTTCTGTCCCTGGTGCTAAATCAGGATTAAATTTACGTTCTTTCTCGAATGGAATCTCTTCTTTTTCTACAATCGAGTCTCCTTTTACAGGTCCATATTTTGTTACGCTATCGACCGGCGGCCTAACTACGTCTCCTGTTTCTGGATTCTTAATTCCTGGTTTACCTGGAACTTCTTCTTTCTCTCCTGTTGGTAACTTCGGATCAAATTCGTCTCGATGACCTGGCGCTATTGTTTCAGGTCCGTATTCTGTTAATTCATTAATCGGATCTTTTGTGATCTCTTCTTTCGATTCACCTTTACTAATAATTTCTCCAGTTAATGGATT > NC_002745/2561590‑2562027 | tgtgATCTCTTCTTTCGATTCACCTTTACTAATAATTTCTCCAGTTAATGGATTTTTTAGTGTCGGTGTCGTTATTGTCTTCTCACCTTTTTGTCCTTCTCTTGTTACTTTTTCTGTCCCTGGTGCTAAATCAGGATTAAATTTACGTTCTTTCTCGAATGGAATCTCTTCTTTTTCTACAATCGAGTCTCCTTTTACAGGTCCATATTTTGTTACGCTATCGACCGGCGGTCt < 1:101596/234‑1 (MQ=25) tctcTTCTTTCGATTCACCTTTACTAATAATTTCTCCAGTTAATGGATTTTTTAGTGTCGGTGTCGTTATTGTCTTCTCACCTTTTTGTCCTTCTCTTGTTACTTTTTCTGTCCCTGGTGCTAAATCAGGATTAAATTTACGTTCTTTCTCGAATGGAATCTCTTCTTTTTCTACAATCGAGTCTCCTTTTACAGGTCCATATTTTGTTACGCTATCGACCGGCGGTCTAACTa < 1:167652/234‑1 (MQ=21) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |