| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NC_002745 | 2,753,061 | T→C | M281V (ATG→GTG) | asp1 ← | accessory Sec system protein Asp1 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_002745 | 2,753,061 | 0 | T | C | 99.7% | 1442.1 / NA | 370 | M281V (ATG→GTG) | asp1 | accessory Sec system protein Asp1 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (194/175); minor base G (1/0); total (195/175) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 370 total aligned reads displayed.
CGGTAATAATCTTCCTGTGCGATATAATCCACAAGTCGTTGCATCATTTGTTGCAAATCAGCGTCACTCATACCATCTATCCATACACCTATAAATGTTTCCATCAATTGACTACTTATATTAGGTGATTGTCTCGTTTCAAATGGTGTGATTCGAATCATTGTATTCTCCCGCTGATACTTCTCTTGATGACTAATTAAATCACGTTCTAGTTGCATACTATCAACAATTAAATGGGCATTCTTTACGATAGATTGATATTCCTCATCTGACACAGTTTCATTTCTATTTTTAAAAAATGAATAACTTAACAATTTCGCTGGAATATGATTGGCTATTTGTCGATTGTGCCTAGCATCTGAAGCCACAATCACATGATCATCTTCATGTATTTGTTGTGCAATCATTGCTTGAAATTTTTCTTCAATTAGTTGAGCCATATTGTTAT > NC_002745/2752844‑2753291 | cGGTAATAATCTTCCTGTGCGATATAATCCACAAGTCGTTGCATCATTTGTTGCAAATCAGCGTCACTCATACCATCTATCCATACACCTATAAATGTTTCCATCAATTGACTACTTATATTAGGTGATTGTCTCGTTTCAAATGGTGTGATTCGAATCATTGTATTCTCCCGCTGATACTTCTCTTGATGACTAATTAAATCACGTTCTAGTTGCACACTATCAACAATTaaa > 2:457138/1‑234 (MQ=255) ggTAATAATCTTCCTGTGCGATATAATCCACAAGTCGTTGCATCATTTGTTGCAAATCAGCGTCACTCATACCATCTATCCATACACCTATAAATGTTTCCATCAATTGACTACTTATATTAGGTGATTGTCTCGTTTCAAATGGTGTGATTCGAATCATTGTATTCTCCCGCTGATACTTCTCTTGATGACTAATTAAATCACGTTCTAGTTGCACACTATCAACAATTAAAt > 1:1670263/1‑234 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |