| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 119,120 | T→C | 33.3% | V181A (GTC→GCC) | pdhR → | pyruvate dehydrogenase complex repressor; autorepressor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 119,120 | 0 | T | C | 33.3% | 536.4 / inf | 405 | V181A (GTC→GCC) | pdhR | pyruvate dehydrogenase complex repressor; autorepressor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (138/132); new base C (54/81); total (192/213) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.56e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
Only 100 of 407 total aligned reads displayed.
CCACGCCATAGAGCTGGCGCAGCAGTCTGGCGATCTGGACGCGGAATCAAACGCCGTACTCCAGTATCAGATTGCCGTCACCGAAGCGGCCCACAATGTGGTTCTGCTTCATCTGCTAAGGTGTATGGAGCCGATGTTGGCCCAGAATGTCCGCCAGAACTTCGAATTGCTCTATTCGCGTCGCGAGATGCTGCCGCTGGTGAGTAGTCACCGCACCCGCATATTTGAAGCGATTATGGCCGGTAAGCCGGAAGAAGCGCGCGAAGCATCGCATCGCCATCTGGCCTTTATCGAAGAA > CP009273/118971‑119268 | ccacGCCATAGAGCTGGCGCAGCAGTCTGGCGATCTGGACGCGGAATCAAACGCCGTACTCCAGTATCAGATTGCCGTCACCGAAGCGGCCCACAATGTGGTTCTGCTTCATCTGCTAAGGTGTATGGAGCCGATGTTGGCCCAGAATGt > 2:4578245/1‑150 (MQ=255) cGCCATAGAGCTGGCGCAGCAGTCTGGCGATCTGGACGCGGAATCAAACGCCGTACTCCAGTATCAGATTGCCGTCACCGAAGCGGCCCACAATGTGGTTCTGCTTCATCTGCTAAGGTGTATGGAGCCGATGTTGGCCCAGAATGTCCg > 2:3302677/1‑150 (MQ=255) agCTGGCGCAGCAGTCTGGCGATCTGGACGCGGAATCAAACGCCGTACTCCAGTATCAGATTGCCGTCACCGAAGCGGCCCACAATGTGGTTCTGCTTCATCTGCTAAGGTGTATGGAGCCGATGTTGGCCCAGAATGCCCGCCAGAACt < 1:3897539/150‑1 (MQ=255) 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agcagTCTGGCGATCTGGACGCGGAATCAAACGCCGTACTCCAGTATCAGATTGCCGTCACCGAAGCGGCCCACAATGTGGTTCTGCTTCATCTGCTAAGGTGTATGGAGCCGATGTTGGCCCAGAATGTCCGCCAGAACTTCGAATTGc > 2:1062538/1‑150 (MQ=255) agcagTCTGGCGATCTGGACGCGGAATCAAACGCCGTACTCCAGTATCAGATTGCCGTCACCGAAGCGGCCCACAATGTGGTTCTGCTTCATCTGCTAAGGTGTATGGAGCCGATGTTGGCCCAGAATGTCCGCCAGAACTTCGAATTGc < 1:3201977/150‑1 (MQ=255) agcagTCTGGCGATCTGGACGCGGAATCAAACGCCGTACTCCAGTATCAGATTGCCGTCACCGAAGCGGCCCACAATGTGGTTCTGCTTCATCTGCTAAGGTGTATGGAGCCGATGTTGGCCCAGAATGTCCGCCAGAACTTCGAATTGc > 1:1542159/1‑150 (MQ=255) agcagTCTGGCGATCTGGACGCGGAATCAAACGCCGTACTCCAGTATCAGATTGCCGTCACCGAAGCGGCCCACAATGTGGTTCTGCTTCATCTGCTAAGGTGTATGGAGCCGATGTTGGCCCAGAATGTCCGCCAGAACTTCGAATTGc > 1:1811161/1‑150 (MQ=255) gcagTCTGGCGATCTGGACGCGGAATCAAACGCCGTACTCCAGTATCAGATTGCCGTCACCGAAGCGGCCCACAATGTGGTTCTGCTTCATCTTCTAAGGTGTATGGAGCCGATGTTGGCCCAGAATGTCCGCCAGAACTTCGAATTGct < 1:1347917/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |