| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 2,298,159 | T→C | 7.9% | intergenic (+287/+428) | eco → / ← mqo | ecotin, a serine protease inhibitor/malate dehydrogenase, FAD/NAD(P)‑binding domain |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,298,159 | 0 | T | C | 7.9% | 476.0 / 13.7 | 175 | intergenic (+287/+428) | eco/mqo | ecotin, a serine protease inhibitor/malate dehydrogenase, FAD/NAD(P)‑binding domain |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (40/115); new base C (2/11); total (44/131) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.21e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 186 total aligned reads displayed.
TAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGC > CP009273/2298010‑2298308 | tAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCt < 1:985922/150‑1 (MQ=255)tAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCt < 1:3606343/150‑1 (MQ=255)tAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCt < 2:916128/150‑1 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aTCCGACATCTAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCg < 1:2100824/150‑1 (MQ=37) aTCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCg < 1:4731587/150‑1 (MQ=37) aTCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGACCGAGCCGGTTGCCTGATGCg > 1:3286528/1‑150 (MQ=21) ccGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGAGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGAc < 2:3662898/150‑1 (MQ=37) cGACATCTATCGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACg < 2:2970690/150‑1 (MQ=37) 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tAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGgcgc > 2:2038434/1‑150 (MQ=37) | TAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGC > CP009273/2298010‑2298308 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |