Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 2,423,366 | C→A | 10.0% | E118* (GAA→TAA) | purF ← | amidophosphoribosyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 2,423,366 | 0 | C | A | 10.0% | 654.7 / 2.6 | 242 | E118* (GAA→TAA) | purF | amidophosphoribosyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (59/136); new base A (31/3); total (103/139) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.35e-11 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 261 total aligned reads displayed.
CGCGCCGCGGATTAAGCGGTTTGTGGCAGCAATGGCAGCGAAAATATTGTCGGCTTCCAGCGGGTAGTGGCGGAAGTTGTCCAGCTCGCTGGCGAAGATATTAAGCAGAATTTCCGAGTCGGAAGTGGTGTTGATGTGGCGGCGTTTTTCTTCAAACAGTTTTTTACGCAACTCGTGAGCGTTGGTCAGATTGCCGTTGTGGGCAAGCGTAATGCCATACGGGGAGTTAACGTAAAACGGCTGCGCTTCAGAGGCGCTGGAGCTGCCAGCCGTGGGGTAACGCACATGACCAATGCCCA > CP009273/2423217‑2423515 | cgcgCCGCGGATTAAGCGGTTTGTGGCAGCAATGGCAGCGAAAATATTGTCGGCTTCCAGCGGGTAGTGGCGGAAGTTGTCCAGCTCGCTGGCGAAGATATTAAGCAGAATTTCCGAGTCGGAAGTGGTGTTGATGTGGCGGCGTTTttc > 1:1455630/1‑150 (MQ=255) cgccgcGGATGAAGCGGTTTGTGGCAGCAATGGCAGCGAAAATATTGTCGGCTTCCAGCGGGTAGTGGCGGAAGTTGTCCAGCTCGCTGGCGAAGATATTAAGCAGAATTTCCGAGTCGGAAGTGGTGTTGATGTGGCGGCGTTTttctt < 2:2864895/150‑1 (MQ=255) ggATTAAGCGGTTTGTGGCAGCAATGGCAGCGAAAATATTGTCGGCTTCCAGCGGGTAGTGGCGGAAGTTGTCCAGCTCGCTGGCGAAGATATTAAGCAGAATTTCCGAGTCGGAAGTGGTGTTGATGTGGCGGCGTTTTTCTTCAAACa > 2:1523065/1‑150 (MQ=255) 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ggTTTGTGGCAGCAATGGCAGCGAAAATATTGTCGGCTTCCAGCGGGTAGTGGCGGAAGTTGTCCAGCTCGCTGGCGAAGATATTAAGCAGAATTTCCGAGTCGGAAGTGGTGTTGATGTGGCGGCGTGTTTATTAAAAAAATTTTTTaa > 1:5028430/1‑149 (MQ=255) ttGTGGCAGCAATGGCAGCGAAAATATTGTCGGCTTCCAGCGGGTAGTGGCGGAAGTTGTCCAGCTCGCTGGCGAAGATATTAAGCAGAATTTCCGAGTCGGAAGTGGTGTTGATGTGGCGGCGTTTTTCTTCAAACAGTTTTTTACGCa < 1:1027118/150‑1 (MQ=255) gtgGCAGCAATGGCAGCGAAAATATTGTCGGCTTCCAGCGGGTAGTGGCGGAAGTTGTCCAGCTCGCTGGCGAAGATATTAAGCAGAATTTCCGAGTCGGAAGTGGTGTTGATGTGGCGGCGTTTTTCTTCAAACAGTTTTTTACGCAAc < 1:4617489/150‑1 (MQ=255) tgGCAGCAATGGCAGCGAAAATATTGTCGGCTTCCAGCGGGTAGTGGCGGAAGTTGTCCAGCTCGCTGGCGAAGATATTAAGCAGAATTTCCGAGTCGGAAGTGGTGTTGATGTGGCGGCGTTTTTCTTCAAACAGTTTTTTACGCAACt < 2:2706384/150‑1 (MQ=255) cagcaATGGCAGCGAAAATATTGTCGGCTTCCAGCGGGTAGTGGCGGAAGTTGTCCAGCTCGCTGGCCAAGATATTAAGCAGAATTTCCGAGTCGGAAGTGGTGTTGATGTGGCGGCGTTTTTCTTCAAACAGTTTTTTACGCAACTCGt > 2:4714340/1‑150 (MQ=255) 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gATGTGGCGGCGTTTTTCTTCAAACAGTTTTTTACGCAACTCGTGAGCGTTGGTCAGATTGCCGTTGTGGGCAAGCGTAATGCCATACGGGGAGTTAACGTAAAACGGCTGCGCTTCAGAGGCGCTGGAGCTGCCAGCCGTGGGGTAACg < 1:3404334/150‑1 (MQ=255) cggcgTTTTTCTTCAAACAGTTTTTTACGCAACTCGTGAGCGTTGGTCAGATTGCCGTTGTGGGCCAGCGTAATGCCATACGGGGAGTTAACGTAAAACGGCTGCGCTTCAGAGGCGCTGGAGCTGCCAGCCGTGGGGTAACGCACATGa > 2:3457370/1‑150 (MQ=255) ggcgTTTTTCTTCAAACAGTTTTTTACGCAACTCGTGAGCGTTGGTCAGATTGCCGTTGTGGGCAAGCGTAATGCCATACGGGGAGTTAACGTAAAACGGCTGCGCTTCAGAGGCGCTGGAGCTGCCAGCCGTGGGGTAACGCACATGAc < 1:4056566/150‑1 (MQ=255) ggcgTTTTTCTTCAAACAGTTTTTTACGCAACTCGTGAGCGTTGGTCAGATTGCCGTTGTGGGCAAGCGTAATGCCATACGGGGAGTTAACGTAAAACGGCTGCGCTTCAGAGGCGCTGGAGCTGCCAGCCGTGGGGTAACGCACATGAc > 1:371197/1‑150 (MQ=255) ggcgTTTTTCTTCAAACAGTTTTTTACGCAACTCGTGAGCGTTGGTCAGATTGCCGTTGTGGGCAAGCGTAATGCCATACGGGGAGTTAACGTAAAACGGCTGCGCTTCAGAGGCGCTGGAGCTGCCAGCCGTGGGGTAACGCACATGAc > 2:1902471/1‑150 (MQ=255) gcgTTTTTCTTCAAACAGTTTTTTCCGCAACTCGTGAGCGTTGGTCAGTTTGCCGTTGTGGGCAAGCGTAATGCCATACGGGGAGTTAACGTAAAACGGCTGCGCTTCAGAGGCGCTGGAGCTGCCAGCCGTGGGGTAACGCACATGAcc < 2:2213601/150‑1 (MQ=255) ttttttATTAAAAAAGTTTTTTACGCAAGTCGTGTGGTTTGGTCATTTTGCGGTTGTGGGCAAGCTTAATGCCATAGGGGGTGTTAACTTAAAACGGCTGCGCTTCAGAGGCGCTGGAGCTGCCAGCCGTGGGGTAACGCACATGACCaa < 1:2651662/149‑1 (MQ=255) tttCTTCAAACAGTTTTTTACGCAACTCGTGAGCGTTGGTCAGATTGCCGTTGTGGGCAAGCGTAATGCCATACGGGGAGTTAACGTAAAACGGCTGCGCTTCAGAGGCGCTGGAGCTGCCAGCCGTGGGGTAACGCACATGACCAATGc > 1:4813758/1‑150 (MQ=255) ttcttcAAACAGTTTTTTACGCAACTCGTGAGCGTTGGTCAGATTGCCGTTGTGGGCAAGCGTAATGCCATACGGGGAGTTAACGTAAAACGGCTGCGCTTCAGAGGCGCTGGAGCTGCCAGCCGTGGGGTAACGCACATGACCAATGcc > 2:1911629/1‑150 (MQ=255) tcttcAAACAGTTTTTTACGCAACTCGTGAGCGTTGGTCAGATTGCCGTTGTGGGCAAGCGTAATGCCATACGGGGAGTTAACGTAAAACGGCTGCGCTTCAGAGGCGCTGGAGCTGCCAGCCGTGGGGTAACGCACATGACCAATGccc < 1:246628/150‑1 (MQ=255) cttcAAACAGTTTTTTACGCAACTCGTGAGCGTTGGTCAGATTGCCGTTGTGGGCAAGCGTAATGCCATACGGGGAGTTAACGTAAAACGGCTGCGCTTCAGAGGCGCTGGAGCTGCCAGCCGTGGGGTAACGCACATGACCAATGCCCa > 1:454383/1‑150 (MQ=255) cttcAAACAGTTTTTTACGCAACTCGTGAGCGTTGGTCAGATTGCCGTTGTGGGCAAGCGTAATGCCATACGGGGAGTTAACGTAAAACGGCTGCGCTTCAGAGGCGCTGGAGCTGCCAGCCGTGGGGTAACGCACATGACCAATGCCCa > 1:534229/1‑150 (MQ=255) | CGCGCCGCGGATTAAGCGGTTTGTGGCAGCAATGGCAGCGAAAATATTGTCGGCTTCCAGCGGGTAGTGGCGGAAGTTGTCCAGCTCGCTGGCGAAGATATTAAGCAGAATTTCCGAGTCGGAAGTGGTGTTGATGTGGCGGCGTTTTTCTTCAAACAGTTTTTTACGCAACTCGTGAGCGTTGGTCAGATTGCCGTTGTGGGCAAGCGTAATGCCATACGGGGAGTTAACGTAAAACGGCTGCGCTTCAGAGGCGCTGGAGCTGCCAGCCGTGGGGTAACGCACATGACCAATGCCCA > CP009273/2423217‑2423515 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |