Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 3,049,716 | A→T | 6.4% | V39V (GTA→GTT) | fau → | 5‑formyltetrahydrofolate cyclo‑ligase family protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 3,049,716 | 0 | A | T | 6.4% | 1052.8 / 6.4 | 337 | V39V (GTA→GTT) | fau | 5‑formyltetrahydrofolate cyclo‑ligase family protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (105/194); new base T (17/2); total (141/196) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.12e-06 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 342 total aligned reads displayed.
CCACTGACATTATCCCGACAAGAAATCCGCAAAATGATTCGGCAACGTCGTCGTGCGTTAACGCCGGAACAACAGCAGGAAATGGGTCAACAAGCCGCTACCCGGATGATGACTTATCCCCCGGTGGTGATGGCACATACGGTCGCTGTATTCCTCTCTTTTGATGGCGAACTCGACACCCAGCCACTCATAGAACAACTCTGGCGCGCCGGTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTGAATTACCATCCGCAAAGCGAACTGGTGAT > CP009273/3049567‑3049865 | aCATTATCCCGACAAGAAATCCGCAAAATGATTCGGCAACGTCGTCGTGCGTTAACGCCGGAACAACAGCAGGAAATGGGTCAACAAGCCGCTACCCGGATGATGACTTATCCCCCGGTGGTGATGGCACATACGGTCGCTGTATTCctc < 1:1241747/150‑1 (MQ=255) cATTATCCCGACAAGAAATCCGCAAAATGATTCGGCAACGTCGTCGTGCGTTAACGCCGGAACAACAGCAGGAAATGGGTCAACAAGCCGCTACCCGGATGATGACTTATCCCCCGGTGGTGATGGCACATACGGTCGCGGGATTCctgg > 1:2653284/1‑148 (MQ=255) cATTATCCCGACAAGAAATCCGCAAAATGATTCGGCAACGTCGTCGTGCGTTAACGCCGGAACAACAGCAGGAAATGGGTCAACAAGCCGCTACCCGGATGAGGACTTATCCCCCGGTGGTGATGGCACATACGGTCGCTGTATTCctct < 2:4730410/150‑1 (MQ=255) tATCCCGACAAGAAATCCGCAAAATGATTCGGCAACGTCGTCGTGCGTTAACGCCGGAACAACAGCAGGAAATGGGTCAACAAGCCGCTACCCGGATGATGACTTATCCCCCGGTGGTGATGGCACATACGGTCGCTGTATTCCTCTCtt < 2:31515/150‑1 (MQ=255) aTCCCGACAAGAAATCCGCAAAATGATTCGGCAACGTCGTCGTGCGTTAACGCCGGAACAACAGCAGGAAATGGGTCAACAAGCCGCTACCCGGATGATGACTTATCCCCCGGTGGTGATGGCACATACGGTCGCTGTATTCCTCTCttt < 1:204524/150‑1 (MQ=255) aTCCCGACAAGAAATCCGCAAAATGATTCGGCAACGTCGTCGTGCGTTAACGCCGGAACAACAGCAGGAAATGGGTCAACAAGCCGCTACCCGGATGATGACTTATCCCCCGGTGGTGATGGCACATACGGTCGCTGTATTCCTCTCttt < 1:2825456/150‑1 (MQ=255) aTCCCGACAAGAAATCCGCAAAATGATTCGGCAACGTCGTCGTGCGTTAACGCCGGAACAACAGCAGGAAATGGGTCAACAAGCCGCTACCCGGATGATGACTTATCCCCCGGTGGTGATGGCACATACGGTCGCGGTGTTccgcgcgtt > 2:888116/1‑143 (MQ=255) aTCCCGACAAGAAATCCGCAAAATGATTCGGCAACGTCGTCGTGCGTTAACGCCGGAACAACAGCAGGAAATGGGTCAACAAGCCGCTACCCGGATGATGACTTATCCCCCGGTGGTGATGGCACATACGGTCGCGGTGGTCCTCTCgtt > 1:3156242/1‑150 (MQ=255) 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gatgaCTTATCCCCCGGTGGTGATGGCACATACGGTCGCTGTATTCCTCTCTTTTGATGGCGAACTCGACACCCAGCCACTCATAGAACAACTCTGGCGCGCCGGTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTaa < 2:3578731/150‑1 (MQ=255) gatgaCTTATCCCCCGGTGGTGATGGCACATACGGTCGCGGTTTTCCTCTCTTTTGATGGCGGACGCGACACCCACCCACACATATAAAAACACTGGCGCGCCGGTAAGCGCGGATATCTTACACTTTTGCATACCGGTAGTGGCGGGaa > 1:1622297/1‑150 (MQ=255) ttATCCCCCGGTGGTGATGGCACATACGGTCGCTGGGTTCCTCTCTTTTGATGGGGAACTCGACACCCAGCCACTCATAGAACCACGCTGGCGCGCCGGTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGGAATTTGCt > 2:2427625/1‑150 (MQ=255) tATCCCCCGGTGGTGATGGCACATACGGTCGCTGTATTCCTCTCTTTTGATGGCGAACTCGACACCCAGCCACTCATAGAACAACTCTGGCGCGCCGGTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTg < 2:3961947/150‑1 (MQ=255) tATCCCCCGGTGGTGATGGCACATACGGTCGCTGTATTCCTCTCTTTTGATGGCGAACTCGACACCCAGCCACTCATAGAACAACTCTGGCGCGCCGGTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTg < 2:213460/150‑1 (MQ=255) ccGGTGGTGATGGCACATACGGTCGCTGTATTCCTCTCTTTTGATGGCGAACTCGACACCCAGCCACTCATAGAACAACTCTGGCGCGCCGGTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTg < 2:5134210/150‑1 (MQ=255) ccGGTGGTGATGGCACATACGGTCGCTGTATTCCTCTCTTTTGATGGCGAACTCGACACCCAGCCACTCATAGAACAACTCTGGCGCGCCGGTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTg < 1:2877414/150‑1 (MQ=255) ggtggtGATGGCACATACGGTCGCTGTATTCCTCTCTTTTGATGGCGAACTCGACACCCAGCCACACATAGAACAACTCGGGCGCGCCGGGAAGCGCGGATATCTTCCAGGTTTGCATCCCATTAGTGCCGGTAATTTTCTGTTCCTGaa > 2:2927786/1‑150 (MQ=255) gtggtgATGGCACATACGGTCGCGGGTTTCCTCTCATTTTTTGGGGCACTCGACACCCACCCACACAAAGAAAAAAACGGGCGCGCCGGTAAGCGCGTATATATTCCACGTTTGGATCCCGTTAGTTCCGGGACTTTGCTGTTGCTGAAt > 2:3511585/1‑150 (MQ=255) gtgATGGCACATACGGTCGCTGTATTCCTCTCTTTTGATGGCGAACTCGACACCCAGCCACTCATAGAACAACTCTGGCGCGCCGGTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTGAATTAc < 1:561026/150‑1 (MQ=255) gtgATGGCACATACGGTCGCTGTATTCCTCTCTTTTGATGGCGAACTCGACACCCAGCCACTCATAGAACAACTCTGGCGCGCCGGTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTGAATTAc < 1:1480327/150‑1 (MQ=255) gCACATACGGTCGCTGTATTCCTCTCTTTTGATGGCGAACTCGACACCCAGCCACTCATAGAACAACTCTGGCGCGCCGGTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTGAATTACCATcca < 2:71518/150‑2 (MQ=255) aCGGTCGCTGTATTCCTCTCTTTTGATGGCGAACTCGACACCCAGCCACTCATAGAACAACTCTGGCGCGCCGGTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTGAATTACCATCCGCAAAGc < 2:4254761/150‑1 (MQ=255) aCGGTCGCTGTATTCCTCTCTTTTGATGGCGAACTCGACACCCAGCCACTCATAGAACAACTCTGGCGCGCCGGTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTGAATTACCATCCGCAAAGc < 2:7986/150‑1 (MQ=255) cGGTCGCTGTATTCCTCTCTTTTGATGGCGAACTCGACACCCAGCCACTCATAGAACAACTCTGGCGCGCCGGTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTGAATTACCATCCGCAAAGCg < 2:4115677/150‑1 (MQ=255) 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tATTCCTCTCTTTTGATGGCGAACTCGACACCCAGCCACTCATAGAACAACTCTGGCGCGCCGGTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTCATTTGCTGTTCCTGAATTACCATCCGCAAAGCGAACTGGtga > 1:3868847/1‑150 (MQ=255) aTTCCTCTCTTTTGATGGCGAACTCGACACCCAGCCACTCATAGAACAACTCTGGCGCGCCGGTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTGAATTACCATCCGCAAAGCGAACTGGtgat > 1:4848173/1‑150 (MQ=255) | CCACTGACATTATCCCGACAAGAAATCCGCAAAATGATTCGGCAACGTCGTCGTGCGTTAACGCCGGAACAACAGCAGGAAATGGGTCAACAAGCCGCTACCCGGATGATGACTTATCCCCCGGTGGTGATGGCACATACGGTCGCTGTATTCCTCTCTTTTGATGGCGAACTCGACACCCAGCCACTCATAGAACAACTCTGGCGCGCCGGTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTGAATTACCATCCGCAAAGCGAACTGGTGAT > CP009273/3049567‑3049865 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |