Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 3,469,859 | G→T | 10.0% | intergenic (‑60/+107) | yheO ← / ← fkpA | putative PAS domain‑containing DNA‑binding transcriptional regulator/FKBP‑type peptidyl‑prolyl cis‑trans isomerase (rotamase) |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 3,469,859 | 0 | G | T | 10.0% | 585.6 / 3.9 | 212 | intergenic (‑60/+107) | yheO/fkpA | putative PAS domain‑containing DNA‑binding transcriptional regulator/FKBP‑type peptidyl‑prolyl cis‑trans isomerase (rotamase) |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (97/84); new base T (25/6); total (122/90) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.46e-03 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 217 total aligned reads displayed.
TTCAGAATATCAAAATCGGTCTGGTCGAAAGGACGTTGATCCAGTAAATCCAACTCACTGGTTTCGTTGGTTAAAAGCGACCTGGACATGAAAAAAAACA‑CTCCTTTTCAGGAGCCTGTCGTTAACTTTTCAGGGCAGGCTCATTAATGATGCGGGTAACTAAATTAATACAGCGGAGGTTCCGCTTTCCAGCACTAATTATATCCGGCCTGTAATAAAAAAACCGCCGCCTGGTCAGGCGGCGGTTCTTAATGCTTATTTTTTAGCAGAATCTGCGGCTTTCGCATCAGCTTCCGGC > CP009273/3469711‑3470008 | ttCAGAATATCAAAATCGGTCTGGTCGAAAGGACGTTGATCCAGTAAATCCAACTCACTGGTTTCGTTGGTTAAAAGCGACCTGGACATGAAAAAAAACA‑CTCCTTTTCAGGAGCCTGTCGTTAACTTTTCAGGGCAGGCTCATTAatga < 1:4607237/150‑1 (MQ=255) cAGAATATCAAAATCGGTCTGGTCGAAAGGACGTTGATCCAGTAAATCCAACTCACTGGTTTCGTTGGTTAAAAGCGACCTGGACATGAAAAAAAACA‑CTCCTTTTCAGGAGCCTGTCGTTAACATTTCAGGGCAGGCTCATTAatgatg > 1:3461674/1‑150 (MQ=255) aaTATCAAAATCGGTCTGGTCGAAAGGACGTTGATCCAGTAAATCCAACTCACTGGTTTCGTTGGTTAAAAGCGACCTGGACATGAAAAAAAACA‑CTCCTTTTCAGGAGCCTGTCGTTAACTTTTCAGGGCAGGCTCATTAATGATGCgg < 1:4690730/150‑1 (MQ=255) 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aaTGATGCGGGTAACTAAATTAATACAGCGGAGGTTCCGCTTTCCAGCACTAATTATATCCGGCCTGTAATAAAAAAACCGCCGCCTGGTCAGGCGGCGGTTCTTAATGCTTATTTTTTAGCAGAATCTGCGGCTTTCGCATCAGCTTcc > 2:3985594/1‑150 (MQ=255) gatgCGGGTAACTAAATTAATACAGCGGAGGTTCCGCTTTCCAGCACTAATTATATCCGGCCTGTAATAAAAAAACCGCCGCCTGGTCAGGCGGCGGTTCTTAATGCTTATTTTTTAGCAGAATCTGCGGCTTTCGCATCAGCTTCCGGc < 2:2971755/150‑1 (MQ=255) | TTCAGAATATCAAAATCGGTCTGGTCGAAAGGACGTTGATCCAGTAAATCCAACTCACTGGTTTCGTTGGTTAAAAGCGACCTGGACATGAAAAAAAACA‑CTCCTTTTCAGGAGCCTGTCGTTAACTTTTCAGGGCAGGCTCATTAATGATGCGGGTAACTAAATTAATACAGCGGAGGTTCCGCTTTCCAGCACTAATTATATCCGGCCTGTAATAAAAAAACCGCCGCCTGGTCAGGCGGCGGTTCTTAATGCTTATTTTTTAGCAGAATCTGCGGCTTTCGCATCAGCTTCCGGC > CP009273/3469711‑3470008 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |