New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP009273 | 360104 = | 133 (0.600) | 124 (0.560) | 69/276 | NT | 48.2% | intergenic (‑38/+557) | lacZ/lacI | pseudogene, truncated/DNA‑binding transcriptional repressor |
? | CP009273 | = 360286 | NA (NA) | intergenic (‑220/+375) | lacZ/lacI | pseudogene, truncated/DNA‑binding transcriptional repressor |
Only 100 of 177 total aligned reads displayed.
CCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGTTCAAATCCGCTCCCGGCGGATTTGTCCTACTCAGGAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTTATAGGTTAATGTCATGGGAAGATCCAGCCGACCAGGCTTTCCACGCCCGCGTGCCGCTCCATGTCGTTCGCGCGGTTCTCGGAAACGCGCTGCCGCGTTT > CP009273/360138‑360434 | ccACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGTTCAAATCCGCTCCCGGCGGATTTGTCCTACTCCGGAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGACAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGgggaatt < 1:1275968/149‑1 (MQ=21) ccACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGTTCAAATCCGCTCCCGGCGGATTTGTCCTACTCAGGAGAGCGTTCACCGACACACAACATATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGgggaatt < 1:1275995/149‑1 (MQ=21) ccACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGTTCAAATCCGCTCCCGGCGGATTTGTCCTACTCAGGAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGgggaatt < 1:3224896/149‑1 (MQ=34) aCCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGTTCAAATCCGCTCCCGGCGGATTTGTCCTACTCAGGAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCGGgggaattgg > 2:1758975/1‑149 (MQ=25) ccTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGTTCAAATCCGCTCCCGGCGGATTTGTCCTACTCAGGAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGgggcattggga > 2:3225048/1‑149 (MQ=25) ccTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGTTCAAATCCGCTCCCGGCGGATTTGTCCTACTCAGGAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGgggaattggga > 2:1043612/1‑149 (MQ=38) cTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGTTCAAATCCGCTCCCGGCGGATTTGTCCTACTCAGGAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGgggaattgggaa < 1:1051962/149‑1 (MQ=38) tCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGTTCAAATCCGCTCCCGGCGGATTTGTCCTACTCAGGAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGgggaattgggaat < 2:2428601/149‑1 (MQ=39) gggCCGTTGCTTCTCAACGTTCAAATCCGCTCCCGGCTGATTTTTCCTACTCATGAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTGGGaattaa < 1:2900042/149‑1 (MQ=255) ccGTTGCTTCGCAACGTTCAAATCCGCTCCCGGCGGATTTGTCCTACTCAGGAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTGGGAATTAATTc > 2:662511/1‑149 (MQ=255) cGTTGCTACGCAACGTACCAATCCGCTCCCGGCGGATTTGTCCTACCCAGGAGAGCGTTCCCCGACACACCACAGATAACACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTGGGAATTAATTCt < 1:1496339/149‑1 (MQ=14) ttCGCAACGTTCAAATCCGCTCCCGGCGGATTTGTCCTACTCAGGAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGACTTGGGAATTAATTCTTGAAGa > 1:3212741/1‑149 (MQ=255) ttCGCAACGTTCAAATCCGCTCCCGGCGGATTTGTCCTACTCAGGAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGa < 1:1334339/149‑1 (MQ=255) tCGCAACGTTCAAATCCGCTCCCGGCGGATTGGTCCTACTCAGGAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAACCGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGAc < 2:1491071/149‑1 (MQ=255) cGTTCAAATCCGCTCCCGGCGGATTTGTCCTACTCAGGAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTATCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAAGTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAgg > 2:181715/1‑149 (MQ=255) cGTTCAAATCCGCTCCCGGCGGAGTTGTCCTACTCCGGAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTGTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTGGGACTTATTTCTTGAAGACGAAAgg > 2:1279796/1‑149 (MQ=17) ttCAAATCCGCTCCCGGCGGATTTGTCCTACTCAGGAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGc < 2:845133/149‑1 (MQ=255) aaaTCCGCTCCCGGCGGATTTGTCCTACTCAGGAGAGCGTTCACCGACAAACACCAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGACTTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTc > 1:3588037/1‑149 (MQ=255) 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gATTTGTCCTACTCAGGAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTAtttt > 2:1785946/1‑149 (MQ=255) tttGTCCTACTCAGGAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGACTTGGGACTTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTta > 2:2099670/1‑149 (MQ=255) tttGTCCTACTCAGGAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTta > 1:2602662/1‑149 (MQ=255) gTCCTACTCAGGAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTTATAg > 2:522965/1‑149 (MQ=255) tCCTACTCAGGAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGACTTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTTATAgg > 2:429008/1‑149 (MQ=255) 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tgggaattAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTTATAGGTTAATGTCATGGGAAGATCCAGCCGACCAGGCTTTCCACGCCCGCGTGCCGCTCCATGTCGTTCGCGCGGTTCTCGGAAACGCGCTGCCGCGttt < 1:1208690/149‑1 (MQ=255) | CCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGTTCAAATCCGCTCCCGGCGGATTTGTCCTACTCAGGAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTTATAGGTTAATGTCATGGGAAGATCCAGCCGACCAGGCTTTCCACGCCCGCGTGCCGCTCCATGTCGTTCGCGCGGTTCTCGGAAACGCGCTGCCGCGTTT > CP009273/360138‑360434 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |