Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 2,298,492 | A→G | 5.0% | intergenic (+620/+95) | eco → / ← mqo | ecotin, a serine protease inhibitor/malate dehydrogenase, FAD/NAD(P)‑binding domain |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 2,298,492 | 0 | A | G | 5.0% | 739.4 / 18.5 | 245 | intergenic (+620/+95) | eco/mqo | ecotin, a serine protease inhibitor/malate dehydrogenase, FAD/NAD(P)‑binding domain |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (116/100); new base G (6/5); total (127/118) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.21e-01 |
Only 100 of 246 total aligned reads displayed.
CCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCAACATCTAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGCATACGCCACATCCGGCATACCATGCCGGATGTGGCGTATCATTACAACGCAATATCCGCCACTTCTTTTTGAACGGGTTGCGGTTTCAACTGCGG > CP009273/2298346‑2298640 | tAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCAACATc > 1:3508818/1‑149 (MQ=32) tAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCAACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCAACATc > 2:1217870/1‑149 (MQ=17) gTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAATGCGGTTACGCCGCATCCAACATCTaa > 2:161444/1‑149 (MQ=21) 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tAAGGCGGTTACGCCGCATCCAACATCTAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGCATACGCCACATCCGGCATACCATGCCGGATGTGGCGTATCATTACAACGCAATATCCGCCACTTCTTTTTGAAc > 2:2022180/1‑149 (MQ=255) aaGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGCATACGCCACATCCGGCATACCATGCCGGATGTGGCGTATCATTACAACGCAATATCCGCCACTTCTTTTTGAACg < 1:1563232/149‑1 (MQ=255) aaGGCGGTTACGCCGCATCCAACATCTAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGCATACGCCACATCCGGCATACCATGCCGGATGTGGCGTATCATTACAACGCAATATCCGCCACTTCTTTTTGAACg > 2:2861650/1‑149 (MQ=255) ggCGGTTACGCCGCATCCAACATCTAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGgcgc < 1:829323/61‑1 (MQ=255) ggTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGCATACGCCACATCCGGCATACCATGCCGGATGTGGCGTAt < 1:3297341/108‑1 (MQ=255) gTTACGCCGCATCCAACATCTAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGCATACGCCACATCCGGCATACCATGCCGGATGTGGCGTATCATTACAACGCAATATCCGCCACTTCTTTTTGAACGGGTTGc > 2:3540061/1‑149 (MQ=255) gTTACGCCGCATCCAACATCTAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGCATACGCCACATCCGGCATACCATGCCGGATGTGGCGTATCATTACAACGCAATATCCGCCACTTCTTTTTGAACGGGTTGc > 2:605526/1‑149 (MQ=255) gTTACGCCGCATCCAACATCTAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGCATACGCCACATCCGGCATACCATGCCGGATGTGGCGTATCATTACAACGCAATATCCGCCACTTCTTTTTGAACGGGTTGc > 1:531204/1‑149 (MQ=255) ttACGCCGCATCCAACATCTAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGCATACGCCACATCCGGCATACCATGCCGGATGTGGCGTATCATTACAACGCAATATCCGCCACTTCTGTTTGAACGGGTTGCg > 1:918642/1‑149 (MQ=255) tACGCCGCATCCAACATCTAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGCATACGCCACATCCGGCATACCATGCCGGATGTGGCGTATCATTACAACGCAATATCCGCCACTTCTTTTTGAACGGGTTGCgg < 1:1175190/149‑1 (MQ=255) aCGCCGCATCCAACATCTAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGCATACGCCACATCCGGCATACCATGCCGGATGTGGCGTATCATTACAACGCAATATCCGCCACTTCTTTTTGAACGGGTTGCGGt < 2:4013743/149‑1 (MQ=255) cgccgcATCCAACATCTAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGCATACGCCACATCCGGCATACCATGCCGGATGTGGCGTATCATTACAACGCAATATCCGCCACTTCTTTTTGAACGGGTTGCGGtt > 2:3170289/1‑149 (MQ=255) gccgcATCCAACATCTAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGCATACGCCACATCCGGCATACCATGCCGGATGTGGCGTATCATTACAACGCAATATCCGCCACTTCTTTTTGAACGGGTTGCGGttt < 1:2791841/149‑1 (MQ=255) gcATCCAACATCTAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGCATAAGCCACATCCGGCATAACATGCCGGATGTGGCGTATCATTAAAACGCAATATACGCCACATCTTTTTGAACGGGTTGCGGTTTCaa > 1:3268223/1‑149 (MQ=38) cATCCAACATCTAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGCATACGCCACATCCGGCATACCATGCCGGATGTGGCGTATCATTACAACGCAATATCCGCCACTTCTTTTTGAACGGGTTGCGGTTTCAAc > 1:425652/1‑149 (MQ=255) cATCCAACATCTAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGCATACGCCACATCCGGCATACCATGCCGGATGTGGCGTATCATTACAACGCAATATCCGCCACTTCTTTTTGAACGGGTTGCGGTTTCAAc < 1:2442438/149‑1 (MQ=255) tCCAACATCTAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGCATACGCCACATCCGGCATACCATGCCGGATGTGGCGTATCATTACAACGCAATATCCGCCACTTCTTTTTGAACGGGTTGCGGTTTCAACTg > 2:2524284/1‑149 (MQ=255) cAACATCTAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGCATACGCCACATCCGGCATACCATGCCGGATGTGGCGTATCATTACAACGCAATATCCGCCACTTCTTTTTGAACGGGTTGCGGTTTCAACTGCg < 1:2932744/149‑1 (MQ=255) aaCATCTAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGCATACGCCACATCCGGCATACCATGCCGGATGTGGCGTATCATTACAACGCAATATCCGCCACTTCTTTTTGAACGGGTTGCGGTTTCAACTGCgg > 1:302555/1‑149 (MQ=255) | CCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCAACATCTAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGCATACGCCACATCCGGCATACCATGCCGGATGTGGCGTATCATTACAACGCAATATCCGCCACTTCTTTTTGAACGGGTTGCGGTTTCAACTGCGG > CP009273/2298346‑2298640 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |