Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP009273 | 3,385,516 | A→T | 11.8% | intergenic (‑129/+301) | tldD ← / ← yhdP | putative peptidase/DUF3971‑AsmA2 domains protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 3,385,516 | 0 | A | T | 11.8% | 477.2 / 8.9 | 185 | intergenic (‑129/+301) | tldD/yhdP | putative peptidase/DUF3971‑AsmA2 domains protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (94/52); new base T (3/22); total (97/88) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.98e-07 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 186 total aligned reads displayed.
ACTTACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTC > CP009273/3385367‑3385661 | ttACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAg < 1:713611/149‑1 (MQ=255) ttACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAg > 1:4128308/1‑149 (MQ=255) tgaCCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAg < 2:2741205/147‑1 (MQ=255) tACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCC‑GTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGc < 2:1530017/149‑1 (MQ=18) aCCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGTTAAGACGCACAGCGTCGCATAAGGc > 1:3792285/1‑149 (MQ=255) ggTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACg < 2:3761143/149‑1 (MQ=255) gTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACgc > 2:4097744/1‑148 (MQ=255) ttAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGc < 2:1656590/149‑1 (MQ=255) aaGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTg > 2:1387905/1‑149 (MQ=255) aGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGt > 1:4259271/1‑149 (MQ=255) gcttggTTTTTGCTACTGTTTAGTTACTGACGTAGAGTATTTTTTACGGCTGCCGGAGGCGGCGTGAACGCCCTAGCCTGCCTACGTTTATGTTCCGGTTTGTTGGCCTGATAAGAGGCACAGCGTCGCATCTGGCAACGGCTGTCGGa < 2:1601925/144‑1 (MQ=255) cATGGTTTTTGCTACTCGTTATTTACTGCAGTAGAGTTTTTTTTCCGGGTGCGGGATGCGGCGTGAACGCCCTCTCCAGCCTACGGTTTTGTTCGGGTTTGTTGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCCGGCAACGGCTGTCGGAt < 2:2295014/149‑1 (MQ=21) tCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCACATCAGGCAACGGCTGTCGGATgc < 2:362900/149‑1 (MQ=255) ttttGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATgcggcg > 2:3993468/1‑149 (MQ=255) gtGCTACTCTTTTGTTAGTGCAGTCGCGGTTTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTa < 2:3183805/148‑1 (MQ=18) gCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCACCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGAAGCCCTCAAAAGACCCACACCGACCCAGCAGCCCACGGCTCACGGATCCGCCGTaaa > 1:1264744/1‑149 (MQ=25) tACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACg > 2:1304313/1‑149 (MQ=255) tACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACg > 2:4237483/1‑149 (MQ=255) aCTCGTTTGTTACTGCAGTAGTGGATTTTTTCCGGCTGCCGGAGGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGc < 2:4287249/149‑1 (MQ=255) aCTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGc > 1:2651217/1‑149 (MQ=255) cTCGTTAGTTACTGCTGTAGAGGATTTTTTACGGCGGCGGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGcc < 2:2425024/149‑1 (MQ=255) cTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGcc < 2:4293266/149‑1 (MQ=255) cTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGAACACCGTCGAATCAGCCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGcc > 1:3697931/1‑149 (MQ=255) cTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCAGGTTTGTAGGCCTGATAAAACGCAAAGCGTCGCAGATGGCAACGGCTGACGGTTCCGGCGCAAACGcc > 1:837601/1‑149 (MQ=37) gttagttaCTGCAGTAGAGGATTATTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCACCCTACGGTTATGTTCCGGTTAGTAGGCCTTTTAATACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACCCCTGCCGGATCCGGCCTAAACGACTTa > 2:4133594/1‑149 (MQ=18) gttaCTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCg > 1:815760/1‑149 (MQ=255) gttaCTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGACGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCg > 1:815747/1‑149 (MQ=255) ttaCTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGa > 1:420193/1‑149 (MQ=255) aCTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGTTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGAcc < 2:352075/149‑1 (MQ=255) aCTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCC‑GTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCt > 2:1533233/1‑149 (MQ=255) aCTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCAGGGTTGTTGGCCTTATAATACGGACAGCGTCGCATCTGGAAACGCCTGTCGGATGCGGCGTAATCGCCTTATCCGagc > 1:1364163/1‑147 (MQ=21) tAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGtt > 1:1021465/1‑149 (MQ=255) tAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGtg > 1:1455634/1‑148 (MQ=255) agagGATTTTTTACGGCTGCCGGAGGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTTTGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTa < 2:4311464/149‑1 (MQ=255) ggATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGAGGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGt > 1:2215835/1‑149 (MQ=255) gATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTTGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGtt > 2:1016754/1‑149 (MQ=255) aTTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTc > 1:877052/1‑149 (MQ=255) ttttttCCGGGGGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTAGGGTTTTGTTCCGGTTTGTAGGCCTTATAAGACGCACCGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTcc < 2:2343569/149‑1 (MQ=17) ttttttACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCGGGATTGTAGGCCTCAGAACACGCACAGCTTCGCATCTGGCCACGGCTGGCGGCTGCGGCGTTAACGCCGTATCCGGCCTACGGTGTTGTTcg > 1:3553130/1‑148 (MQ=25) ttttttACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTcc > 1:2281602/1‑149 (MQ=255) ttttttACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCAACGGTTATGATcc > 1:4245532/1‑149 (MQ=255) ttttACGGCTGCCGGATGCGGCGTTAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTTTGTTCCGTTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGt < 2:2795940/149‑1 (MQ=255) ttttACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTAGGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTTATAAGACGCACAGCGTCGCATCTGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGt < 2:2624983/149‑1 (MQ=255) tttCCGGCTGCCGGAGGCGGCGTGACCGCCCTACCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACCGCGTCGCAACAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGtt < 2:3087323/149‑1 (MQ=17) tttACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGtt < 2:3534620/149‑1 (MQ=255) gCTGCCGGATGGGGCGTTACCGCCCTATCCAGCCTTGTTTTTTGTTCCGTTTGTTTGGCCTTATAAGACCCACCGCGTCGCACCAGCCCACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAgg < 1:2945427/149‑1 (MQ=14) cTGCGGGAGGCGGCGTGCACGCCCTACCCCGCCTAGGTTTTTGGTCGGGTTTGTCGGCCTTATAAGACCCACCGCGTCGCATCCGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGc < 1:2976487/149‑1 (MQ=14) tGCCGGTTGCGGCGTTAACGCCATATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTTTTGGCCTGATATGACCCCCAGCGGCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGcc < 2:2376365/149‑1 (MQ=14) tGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTTTGTTCCGTTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGcc < 1:3570924/149‑1 (MQ=255) gcgggATGCGGGGTGACCGCCCTAGCCCCCCTCGGGTTTTGTTGGGTTTTGTGGGCCTGATTCCCCGCACCGCGTGGCAGCTGGCCACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCt < 1:184107/146‑1 (MQ=9) gggtggcggcgTCACCGCCCTCCCCAGCCTCGGGTTTTGTTCGGGTTTGTCGGCCTGATAAGCCGCACAGCGTCCCATCTGCCCACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGa < 1:3408927/144‑1 (MQ=14) cGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCATACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGa < 2:1716672/149‑1 (MQ=255) ggttGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTAGGTTTTTGTTCGGTTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGAt < 2:2596267/146‑1 (MQ=14) ggtggcggcgTCCCCGCCCTACCCAGCCTCGGTTTTTGTTCGGTTTTGTCGGCCTTATAAGCCCCCCCGCGTCGCATCCGCCCACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGAt < 1:1872988/145‑1 (MQ=9) ggATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTCTGTTCCGTTTGTAGGCCTGAt > 1:1474342/1‑149 (MQ=255) ggATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGGTTGTAGGCCTGAt > 2:3045071/1‑149 (MQ=255) gATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATa > 1:2093684/1‑149 (MQ=255) ggggctTGAACCCCCTACCCAGCCTAGGTTTTTGTCGGGTTTTGTAGGCCTTATACGCCGCACCGCGTCGCATCTGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGa < 1:4055530/147‑1 (MQ=11) gcggcgTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTGATGTTCGGTTTGTAGGCCTGATAAGa > 1:3649223/1‑149 (MQ=255) gcggcgTGAACCCCCTAGCCCCCCTAGGTTTTTGTTCCGTTTTGTTGGCCTGATAAGCCGCACAGCGGCCCATCCGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGa < 1:4055527/149‑1 (MQ=14) gcgTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCGTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTTGGCCTGATAAGACGc > 2:1031110/1‑149 (MQ=255) cgTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCTGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGca < 2:3343918/149‑1 (MQ=255) gttcaCGCCCTCTCCAGCCTAGGGTTTTGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACTGCGTCGCATCTGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGcac < 2:838514/145‑1 (MQ=14) gTGAACGCCCTATCCCGCCTAGGTTTATGTTCCGGTTTGTTGGCCTTATAAGACGCACTGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGcac < 1:4303609/149‑1 (MQ=14) tGAACGCCCTATCCAGCCTAGGGTTTTTTTCGGTTTTGTAGGCCTGATAAGCCGCACCGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGcaca < 1:3873849/149‑1 (MQ=14) tGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTTTGTTCCGGTTTGTTGGCGTTATAAGACGCACAGCGTCGCATCTGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGcaca < 2:3443774/149‑1 (MQ=14) tGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTTATACGCCGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGcaca < 2:555133/149‑1 (MQ=255) gtaaCGCCCTCACCAGCATCGGTTTTTGTTCGGTTTTGTTGGCCTTATACGCCGCACCGGGTCGAACCCGCCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGcaca < 1:2995644/147‑1 (MQ=2) 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cTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCa > 1:706934/1‑149 (MQ=255) cccAGCCTACGTTTATGTTCCGGTTTGGCGCCCTGATACTACGCACAGCGGCGCCTCAGGCAACGGCTGTCGGAGGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCa < 2:2634547/148‑1 (MQ=14) aGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCGTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAACACGCACAGCGTCGCATCAGGc > 2:3421648/1‑149 (MQ=255) ccTAGGTTTTTGTTCCGGTGTGTGGGCCTGATAAGCCGCCCCGCGTCCCATCCGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCaa < 1:2026785/149‑1 (MQ=11) cTACGGTTTTGTTCCGGTTTGTCGGCCTGATACGACCCACAGCGTCCCATCTGCCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAAc < 2:3248558/149‑1 (MQ=11) ggTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCt > 2:2929997/1‑149 (MQ=37) ggTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTACGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCt > 1:1086696/1‑149 (MQ=37) gTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTg > 1:2600401/1‑149 (MQ=37) ttCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGAt > 1:3615829/1‑149 (MQ=35) tgccGTTTTTTCGGCCTTATAACACGCACAGCGTCGCAACCGCCAAGGGCTGTCGGATGCGGCGAAAACGCCTTATCCGACCTAGGTTTATGTACCGTTTGTAGGCATTATAAGACCCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGAt < 2:988907/147‑1 (MQ=11) tttGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATgcggcg > 2:3667507/1‑149 (MQ=32) gTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGCTGCGGCGTaa > 2:3869248/1‑149 (MQ=18) ccTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGcc > 1:3479575/1‑149 (MQ=34) tGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTCAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACTGCGTCGCATCAGGCGACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCtt > 2:1409391/1‑149 (MQ=255) gATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTa > 2:1124363/1‑149 (MQ=37) gATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCCGATGCGGCGTAAACGCCTTa > 1:2214218/1‑149 (MQ=37) tacgACGCACTGGGTCTCAACTGTAAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTAGCCGACCTAGGGTTTTGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATc < 2:3545399/146‑1 (MQ=11) aGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCg > 1:2874055/1‑149 (MQ=37) aGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCg > 1:2873577/1‑149 (MQ=37) gACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCgt > 2:2831129/1‑148 (MQ=37) gACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGa > 1:2824127/1‑149 (MQ=37) gACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGGTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCGTATCCGa > 2:3387793/1‑149 (MQ=21) gaacaGCGTCGAAACTGTAAACGGCTGTCGTTTGCGGCGTAAACGCATTATCCGACATACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCATGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCt < 2:2149645/147‑1 (MQ=11) gTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTa > 2:1973417/1‑149 (MQ=37) gTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTa > 1:2401852/1‑149 (MQ=37) cGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATg > 1:1524275/1‑149 (MQ=37) aTCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTc > 1:3243205/1‑149 (MQ=37) | ACTTACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTC > CP009273/3385367‑3385661 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |