Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 3,449,090 | C→A | 5.5% | P52T (CCA→ACA) | gspC → | general secretory pathway component, cryptic |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 3,449,090 | 0 | C | A | 5.5% | 742.2 / 9.9 | 211 | P52T (CCA→ACA) | gspC | general secretory pathway component, cryptic |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (69/124); new base A (16/2); total (85/126) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.30e-05 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 227 total aligned reads displayed.
ACACTACGTTTCCCCTTCCATCTGGCGAATCATAATAAAGATGCTGCCATCAATATATTGATTATATTTATAAGCATAGGGTCGATTATTTTTAATGTGAATTATTTCCATACAACTATAGTTAAAAATGGACAGAT‑CATTAATCAACCAACAAACGCATTTCAGTCTGATTTCAGCCTTGCCGCTTTATGGCGTAACGAAAATCATGCTGGGGTAAAAGATGCAAATCCCGTGGCAGTTAATCAGGAAACACCTAAGCTCTCTATAGCGCTTAATGGCATTGTACTCACATCGAA > CP009273/3448943‑3449238 | acacTACGTTTCCCCTTCCATCTGGCGAATCATAATAAAGATGCTGCCATCAATATATTGATTATATTTATAAGCATAGGGTCGATTATTTTTAATGTGAATTATTTCCATACAACTATAGTTAAAAATGGACAGAT‑CATTAATcaacc < 1:1924805/149‑1 (MQ=255) acTACGTTTCCCCTTCCATCTGGCGAATCATAATAAAGATGCTGCCATCAATATATTGATTATATTTATAAGCATAGGGTCGATTATTTTTAATGTGAATTATTTCCATACAACTATAGTTAAAAATGGACAGAT‑CATTAATcaaccaa < 1:3768639/149‑1 (MQ=255) acTACGTTTCCCCTTCCATCTGGCGAATCATAATAAAGATGCTGCCATCAATATATTGATTATATTTATAAGCATAGGGTCGATTATTTTTAATGTGAATTATTTCCATACAACTATAGTTAAAAATGGACAGAT‑CATTAATcaaccaa < 2:3026529/149‑1 (MQ=255) 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cAGAT‑CATTAATCAACCAACAAACGCATTTCAGTCTGATTTCAGCCTTGCCGCTTTATGGCGTAACGAAAATCATGCTGGGGTAAAAGATGCAAATCCCGTGGCAGTTAATCAGGAAACACCTAAGCTCTCTATAGCGCTTAATGGCAt < 2:235716/149‑1 (MQ=255) aGAT‑CATTAATCAACCAACAAACGCATTTCAGTCTGATTTCAGCCTTGCCGCTTTATGGCGTAACGAAAATCATGCTGGGGTAAAAGATGCAAATCCCGTGGCAGTTAATCAGGAAACACCTAAGCTCTCTATAGCGCTTAATGGCAtt < 1:1417559/149‑1 (MQ=255) aGAT‑CATTAATCAACCAACAAACGCATTTCAGTCTGATTTCAGCCTTGCCGCTTTATGGCGTAACGAAAATCATGCTGGGGTAAAAGATGCAAATCCCGTGGCAGTTAATCAGGAAACACCTAAGCTCTCTATAGCGCTTAATGGCAtt < 1:3597514/149‑1 (MQ=255) gAT‑CATTCATCAACCAACAAACGCATTTCAGTCTGATTTCAGCCTTGCCGCTTTATGGCGTAACGAAAATCATGCTGGGGTAAAAGATGCAAATCCCGTGGCAGTTAATCAGGAAACACCTAAGCTCTCTATAGCGCTTAATGGCATTg < 2:199528/149‑1 (MQ=255) gAT‑CATTAATCAACCAACAAACGCATTTCAGTCTGATTTCAGCCTTGCCGCTTTATGGCGTAACGAAAATCATGCTGGGGTAAAAGATGCAAATCCCGTGGCAGTTAATCAGGAAACACCTAAGCTCTCTATAGCGCTTAATGGCATTg > 2:754808/1‑149 (MQ=255) t‑CATTAATCAACCAACAAACGCATTTCAGTCTGATTTCAGCCTTGCCGCTTTATGGCGTAACGAAAATCATGCTGGGGTAAAAGATGCAAATCCCGTGGCAGTTAATCAGGAAACACCTAAGCTCTCTATAGCGCTTAATGGCATTGTa < 1:102240/149‑1 (MQ=255) aTTAATCAACCAACAAACGCATTTCAGTCTGATTTCAGCCTTGCCGCTTTATGGCGTAACGAAAATCATGCTGGGGTAAAAGATGCAAATCCCGTGGCAGTTAATCAGGAAACACCTAAGCTCTCTATAGCGCTTAATGGCATTGTACt > 1:2694047/1‑149 (MQ=255) aaTCAACCAACAAACGCATTTCAGTCTGATTTCAGCCTTGCCGCTTTATGGCGTAACGAAAATCATGCTGGGGTAAAAGATGCAAATCCCGTGGCAGTTAATCAGGAAACACCTAAGCTCTCTATAGCGCTTAATGGCATTGTACTcac > 2:2267553/1‑149 (MQ=255) tCAACCAACAAACGCATTTCAGTCTGATTTCAGCCTTGCCGCTTTATGGCGTAACGAAAATCATGCTGGGGTAAAAGATGCAAATCCCGTGGCAGTTAATCAGGAAACACCTAAGCTCTCTATAGCGCTTAATGGCATTGTACTCACAt > 1:3704107/1‑149 (MQ=255) tCAACCAACAAACGCATTTCAGTCTGATTTCAGCCTTGCCGCTTTATGGCGTAACGAAAATCATGCTGGGGTAAAAGATGCAAATCCCGTGGCAGTTAATCAGGAAACACCTAAGCTCTCTATAGCGCTTAATGGCATTGTACTCACAt > 1:4033693/1‑149 (MQ=255) caaccaacAAACGCATTTCAGTCTGATTTCAGCCTTGCCGCTTTATGGCGTAACGAAAATCATGCTGGGGTAAAAGATGCAAATCCCGTGGCAGTTAATCAGGAAACACCTAAGCTCTCTATAGCGCTTAATGGCATTGTACTCACATc < 2:3910174/149‑1 (MQ=255) ccaacAAACGCATTTCAGTCTGATTTCAGCCTTGCCGCTTTATGGCGTAACGAAAATCATGCTGGGGTAAAAGATGCAAATCCCGTGGCAGTTAATCAGGAAACACCTAAGCTCTCTATAGCGCTTAATGGCATTGTACTCACATCGaa > 2:3543570/1‑149 (MQ=255) | ACACTACGTTTCCCCTTCCATCTGGCGAATCATAATAAAGATGCTGCCATCAATATATTGATTATATTTATAAGCATAGGGTCGATTATTTTTAATGTGAATTATTTCCATACAACTATAGTTAAAAATGGACAGAT‑CATTAATCAACCAACAAACGCATTTCAGTCTGATTTCAGCCTTGCCGCTTTATGGCGTAACGAAAATCATGCTGGGGTAAAAGATGCAAATCCCGTGGCAGTTAATCAGGAAACACCTAAGCTCTCTATAGCGCTTAATGGCATTGTACTCACATCGAA > CP009273/3448943‑3449238 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |