| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 3,546,339 | C→A | 11.2% | intergenic (‑507/‑105) | malP ← / → malT | maltodextrin phosphorylase/mal regulon transcriptional activator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,546,339 | 0 | C | A | 11.2% | 606.4 / 14.0 | 187 | intergenic (‑507/‑105) | malP/malT | maltodextrin phosphorylase/mal regulon transcriptional activator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (60/99); new base A (26/2); total (86/101) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.82e-08 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 187 total aligned reads displayed.
TCAGGAATGAAGAAGAAACCCTTGCTTAAATGAATCTGATGAACATAAGGGAAACCAGTATTCACGCTGGATCAGCGTCGTTTTAGGTGAGTTGTTAATAAAGATTTGGAATTGTGACACAGTGCAAATTCAGACACATAAAAAAACGTCATCGCTTGCATTAGAAAGGTTTCTGGCCGACCTTATAACCATTAATTACGAAGCGC‑AAAAAAAATAATATTTCCTCATTTTCCACAGTGAAGTGATTAACTATGCTGATTCCGTCAAAACTAAGTCGTCCGGTTCGACTCGACC > CP009273/3546193‑3546486 | tcaGGAATGAAGAAGAAACCCTTGCTTAAATGAATCTGATGAACATAAGGGAAACCAGTATTCACGCTGGATCAGCGTCGTTTTAGGTGAGTTGTTAATAAAGATTTGGAATTGTGACACAGTGCAAATTCAGACACATAAAAAAACGt < 2:3818999/149‑1 (MQ=255) caGGAATGAAGAAGAAAACCTTGATTAATTGAATATGATTAACATAAGTTAAACCAGTATTCACGCTGTATCAGCGTCGTTTTAGTTGTGTTGTTAATAAAGATTTGGTATTGTGACACAGTGCAAATTCAGACACATAAAAAAACGTc < 2:1846411/149‑1 (MQ=255) aGGAATGAAGAAGAAACCCTTGCTTAAATGAATCTGATGAACATAAGGGAAACCAGTATTCACGCTGGATCAGCGTCGTTTTAGGTGAGTTGTTAATAAATATTTGGTATTGTGACACAGGGCAAAATCAGACACCTAACAAAACGTCa > 2:2222259/1‑149 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |