Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 3,786,687 | C→A | 5.8% | L119F (TTG→TTT) | yibB ← | YibB family protein, function unknown |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 3,786,687 | 0 | C | A | 5.8% | 626.4 / 3.0 | 186 | L119F (TTG→TTT) | yibB | YibB family protein, function unknown |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (98/69); new base A (3/16); total (101/85) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.34e-04 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 188 total aligned reads displayed.
CATCAAATGGGAAATCCCAAATTTTCAATCCTCGAGTTACATTTGGCTTATGGCAATAGCCAAAATCTATCCACGCAACAAGAGGCGTTTTCACTAAGCCCATGTTGATAGCTTTATTTACAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACA‑T‑ACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCTCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTAAATTTCTTTTTTATATCGATAACGATAACCGTTGTT > CP009273/3786542‑3786834 | tcaAATGGGAAATCCCAAATTTTCAATCCTCGAGTTACATTTGGCTTATGGCAATAGCCAAAATCTATCCACGCAACAAGAGGCGTTTTCACTAAGCCCATGTTGATAGCTTTATTTACAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAAc < 2:1664877/149‑1 (MQ=255) caAATGGGAAATCCCAAATTTTCAATCCTCGAGTTACATTTGGCTTATGGCAATAGCCAAAATCTATCCACGCAACAAGAGGCGTTTTCACTAAGCCCATGTTGATAGCTTTATTTACAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACa < 1:2308658/149‑1 (MQ=255) aaaTGGGAAATCCCAAATTTTCAATCCTCGAGTTACATTTGGCTTATGGCAATAGCCAAAATCTATCCACGCAACAAGAGGCGTTTTCACTAAGCCCATGTTGATAGCTTTATTTACAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACA‑t < 2:4294834/149‑1 (MQ=255) aaTGGGAAATCCCAAATTTTCAATCCTCGAGTTACATTTGGCTTATGGCAATAGCCAAAATCTATCCACGCAACAAGAGGCGTTTTCACTAAGCCCATGTTGTTAGCTTTATTTACAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACA‑T‑a > 1:1058332/1‑149 (MQ=255) tGGGAAATCCCAAATTTTCAATCCTCGAGTTACATTTGGCTTATGGCAATAGCCAAAATCTATCCACGCAACAAGAGGCGTTTTCACTAAGCCCATGTTGATAGCTTTATTTACAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACA‑T‑Act > 2:1716564/1‑149 (MQ=255) gggAAATCCCAAATTTTCAATCCTCGAGTTACATTTGGCTTATGGCAATAGCCAAAATCTATCCACGCAACAAGAGGCGTTTTCACTAAGCCCATGTTTTTATCTTTATTTAAAAAAAAGGCCTTAATGTTAAATACAAAAACaaaaaa > 1:2910877/1‑144 (MQ=255) gggAAATCCCAAATTTTCAATCCTCGAGTTACATTTGGCTTATGGCAATAGCCAAAATCTATCCACGCAACAAGAGGCGTTTTCACTAAGCCCATGTTGATAGCTTTATTTAAAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACA‑T‑Actc > 2:3933494/1‑149 (MQ=255) ggAAATCCCAAATTTTCAATCCTCGAGTTACATTTGGCTTATGGCAATAGCCAAAATCTATCCACGCAACAAGAGGCGTTTTGACAAAGCCCAAGTTGATAGCTTTATTTAAAAAATATGCCTTAAGGTTAAATACCAaaaca‑a‑acaca > 1:372230/1‑146 (MQ=255) ggAAATCCCAAATTTTCAATCCTCGAGTTACATTTGGCTTATGGCAATAGCCAAAATCTATCCACGCAACAAGAGGCGTTTTCACTAAGCCCATGTTGATAGCTTTATTTACAAAATATGCCTTAAGGTTACATACCAAAACA‑T‑Aatct > 2:3986676/1‑149 (MQ=255) ggAAATCCCAAATTTTCAATCCTCGAGTTACATTTGGCTTATGGCAATAGCCAAAATCTATCCACGCAACAAGAGGCGTTTTCACTAAGCCCATGTTGATAGCTTTATTTACAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACA‑T‑Actct < 2:3698897/149‑1 (MQ=255) aaaTCCCAAATTTTCAATCCTCGAGTTACATTTGGCTTATGGCAATAGCCAAAATCTATCCACGCAACAAGAGGCGTTTTCACTAAGCCCATGTTGATAGCTTTATTTACAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACA‑T‑ACTCTgg < 2:49931/149‑1 (MQ=255) tCCCAAATTTTCAATCCTCGAGTTACATTTGGCTTATGGCAATAGCCAAAATCTATCCACGCAACAAGAGGCGTTTTCACTAAGCCCATGTTGATAGCTTTATTTAAAAAATATGCCTTAAGGTTACATACCAAAACA‑T‑ACTCTGGTGa > 1:1220581/1‑149 (MQ=255) tCCCAAATTTTCAATCCTCGAGTTACATTTGGCTTATGGCAATAGCCAAAATCTATCCACGCAACAAGAGGCGTTTTAAATAAACCCATGTTTATATCGTTATTTAAAAAATATGCCTTAAGGTTACAAACCAAAAAA‑T‑AAACTGGTGa > 1:2164588/1‑149 (MQ=255) cccAAATTTTCAATCCTCGAGTTACATTTGGCTTATGGCAATAGCCAAAATCTATCCACGCAACAAGAGGCGTTTTCACTAAGCCCATGTTGATAGCTTTATTTACAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACA‑T‑ACTCTGGTGAc < 2:2199831/149‑1 (MQ=255) cccAAATTTTCAATCCTCGAGTTACATTTGGCTTATGGCAATAGCCAAAATCTATCCACGCAACAAGAGGCGTTTTCACTAAGCCCATGTTGATAGCGTTATTTACAAAATATGCCTTAAGGTTACATACCAAAACA‑T‑ACTCTGGTGAc > 2:1199516/1‑149 (MQ=255) cAAATTTTCAATCCTCGAGTTACATTTGGCTTATGGCAATAGCCAAAATCTATCCACGCAACAAGAGGCGTTTTCACTAAGCCCATGTTGATAGCTTTATTTACAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACA‑T‑ACTCTGGTGACCa < 2:4021644/149‑1 (MQ=255) cAAATTTTCAATCCTCGAGTTACATTTGGCTTATGGCAATAGCCAAAATCTATCCACGCAACAAGAGGCGTTTTCACTAAGCCCATGTTGATAGCTTTATTTACAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACA‑T‑ACTCTGGTGACCa < 2:3342273/149‑1 (MQ=255) aTTTTCAATCCTCGAGTTACATTTGGCTTATGGCAATAGCCAAAATCTATCCACGCAACAAGAGGCGTTTTCACTAAGCCCATGTTGATAGCTTTATTTACAAAATAGGCCGTAAGGTTACATACCAAAACA‑T‑ACTCTGGTGACCAGTa > 2:3437667/1‑149 (MQ=255) ttttCAATCCTCGAGTTACATTTGGCTTATGGCAATAGCCAAAATCTATCCACGCAACAAGAGGCGTTTTCACTAAGCCCATGTTGATAGCTTTATTTACAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACA‑T‑ACTCTGGTGACCAGTAc < 2:1304345/149‑1 (MQ=255) ttttCAATCCTCGAGTTACATTTGGCTTATGGCAATAGCCAAAATCTATCCACGCAACAAGAGGCGTTTTCACTAAGCCCATGTTGATAGCTTTATTTACAAAATAGGCCTTAAGGTTACAAAACCAAACA‑T‑ACTCTGGTGACCAGTAc > 1:86708/1‑149 (MQ=255) tttCAATCCTCGAGTTACATTTGGCTTATGGCAATAGCCAAAATCTATCCACGCAACAAGAGGCGTTTTCACTAAGCCCATGTTGATAGCTTTATTTACAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACA‑T‑ACTCTGGTGACCAGTAct > 2:3658132/1‑149 (MQ=255) ttCAATCCTCGAGTTACATTTGGCTTATGGCAATAGCCAAAATCTATCCACGCAACAAGAGGCGTTTTCACTAAGCCCATGTTGATAGCTTTATTTACAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACA‑T‑ACTCTGGTGACCAGTActc > 2:1510686/1‑149 (MQ=255) cAATCCTCGAGTTACATTTGGCTTATGGCAATAGCCAAAATCTATCCACGCAACAAGAGGCGTTTTCACAAAGCCCATGTTGATAGCTTTATTTACAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACA‑T‑ACTCTGGTGACCAGTACTCTg > 1:4270082/1‑149 (MQ=255) aTCCTCGAGTTACATTTGGCTTATGGCAATAGCCAAAATCTATCCACGCAACAAGAGGCGTTTTCACTAAGCCCATGTTGATAGCTTTATTTACAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACA‑T‑ACTCTGGTGACCAGTACTCTggg < 2:4283492/149‑1 (MQ=255) aTCCTCGAGTTACATTTGGCTTATGGCAATAGCCAAAATCTATCCACGCAACAAGAGGCGTTTTCACTAAGCCCATGTTGATAGCTTTATTTACAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACA‑T‑ACTCTGGTGACCAGTACTCTggg < 1:2440191/149‑1 (MQ=255) tCCTCGAGTTACATTTGGCTTATGGCAATAGCCAAAATCTATCCACGCAACAAGAGGCGTTTTCACTAAGCCCATGTTGATAGCTTTATTTACAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACA‑T‑ACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGt > 2:13921/1‑149 (MQ=255) cTCGAGTTACATTTGGCTTATGGCAATAGCCAAAATCTATCCACGCAACAAGAGGCGTTTTCACTAAGCCCATGTTGATAGCTTTATTTACAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACA‑T‑ACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGttt > 2:1229032/1‑149 (MQ=255) tCGAGTTACATTTGGCTTATGGCAATAGCCAAAATCTATCCACGCAACAAGAGGCGTTTTCACTAAGCCCATGTTGATAGCTTTATTTACAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACA‑T‑ACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGtttt < 2:4293129/149‑1 (MQ=255) tCGAGTTACATTTGGCTTATGGCAATAGCCAAAATCTATCCACGCAACAAGAGGCGTTTTCAAAAAGCACATTTTGATAGCTTTAATTACAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACAAAAACA‑T‑AATCTGTTGACCAGTACTCTGGGtatt > 2:3035661/1‑149 (MQ=255) aGTTACATTTGGCTTATGGCAATAGCCAAAATCTATCCACGCAACAAGAGGCGTGTTAACTAAGCCCATGTTGATAGCGTTATTTTAAAAATATGCCTTAAGGTTAAATACCAAAAAA‑T‑ACTCTGGGGTCCCGTAATCTGGGTTTTTTa > 1:2523045/1‑149 (MQ=255) gTTACATTTGGCTTATGGCAATAGCCAAAATCTATCCACGCAACAAGAGGCGTTTTCACTAAGCCCATGTTGATAGCTTTATTTACAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACA‑T‑ACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTaa < 1:3883685/149‑1 (MQ=255) gTTACATTTGGCTTATGGCAATAGCCAAAATCTATCCACGCAACAAGAGGCGTGTTGACTAAGCCCATGTTGATAGCTTTATTTACAAAAAATGCCTTAATGTTAAAAACCAAAAAA‑T‑ACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGttttttta > 1:1811799/1‑147 (MQ=255) ttACATTTGGCTTATGGCAATAGCCAAAATCTATCCACGCAACAAGAGGCGTTTTCACTAAGCCCATGTTGATAGCTTTATTTACAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACA‑T‑ACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAAt < 1:4050807/149‑1 (MQ=255) aCATTTGGCTTATGGCAATAGCCAAAATCTATCCACGCAACAAGAGGCGTTTTCACTAAGCCCATGTTGATAGCTTTATTTACAAAAAAGGCCGTAAGGTTACATAACAAAACA‑T‑ACACTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTg > 1:1085580/1‑149 (MQ=255) cATTTGGCTTATGGCAATAGCCAAAATCTATCCACGCAACAAGAGGCGTTTTCACTAAGCCCATGTTGATAGCTTTATTTACAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACA‑T‑ACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGt < 1:922963/149‑1 (MQ=255) ttGGCTTATGGCAATAGCCAAAATCTATCCACGCAACAAGAGGCGTTTTCACTAAGCCCATGTTGATAGCTTTATTTACAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACA‑T‑ACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGa < 2:1447255/149‑1 (MQ=255) ttATGGCAATAGCCAAAATCTATCCACGCAACAAGAGGCGTTTTCACTAAGCCCATGTTGATAGCTTTATTTACAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACA‑T‑ACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCTc < 1:1951288/149‑1 (MQ=255) ttATGGCAATAGCCAAAATCTATCCACGCAACAAGAGGCGTTTTCACTAAGCCCATGTTGATAGCTTTATTTACAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACA‑T‑ACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCTc > 2:2025045/1‑149 (MQ=255) aTGGCAATAGCCAAAATCTATCCACGCAACAAGAGGCGTTTTCACTAAGCCCATGTTGATAGCTTTATTTACAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACA‑T‑ACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCTCaa < 1:86470/149‑1 (MQ=255) aTGGCAATAGCCAAAATCTATCCACGCAACAAGAGGCGTTTTAACTAAGCCCATGTTGATAGCTTTATTTACAAAATAGGCCTTAAGGTTACATAACAAAACA‑T‑ACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCTCaa > 1:713693/1‑149 (MQ=255) tGGCAATAGCCAAAATCTATCCACGCAACAAGAGGCGTTTTCACTAAGCCCATGTTGATAGCTTTATTTACAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACA‑T‑ACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCTCAAg < 2:3781312/149‑1 (MQ=255) gCAATAGCCAAAATCTATCCACGCAACAAGAGGCGTTTTCACTAAGCCCATGTTGATAGCTTTATTTACAAAATAGGGCTTAAGGTTACATACCAAAACA‑T‑ACTCTGGTGTCCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTTTCGAGGCTCAAGTc > 1:979966/1‑149 (MQ=255) gCAATAGCCAAAATCTATCCACGCAACAAGAGGCGTTTTCACTAAGCCCATGTTGATAGCTTTATTTACAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACA‑T‑ACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCTCAAGTc < 2:2696918/149‑1 (MQ=255) aaTAGCCAAAATCTATCCACGCAACAAGAGGCGTTTTCACTAAGCCCATGTTGATAGCTTTATTTACAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACA‑T‑ACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCTCAAGTCTa < 1:4104003/149‑1 (MQ=255) aTAGCCAAAATCTATCCACGCAACAAGAGGCGTTTTCACTAAGCCCCTGTTGATAGCGTTATTTAAAAAATATGCCTTAAGGTTAAAAACCAAAAAA‑T‑ACTCTGGTGACCAGTACGCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCGCAAGTCTAt > 1:3021640/1‑149 (MQ=255) aTAGCCAAAATCTATCCACGCAACAAGAGGCGTTTTCACTAAGCCCATGTTTATAGCTTTATTTACAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACA‑T‑ACTATGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCTAAAGTCTAt > 2:3604317/1‑149 (MQ=255) aTAGCCAAAATCTATCCACGCAACAAGAGGCGTTTTCAATAATCCCATTTTGATATCTTTATTTAAAAAATATGCCTTAAGGTTTCATACCAAAACA‑T‑AAAATTGTGACCAGTACTATGGGTTTTTTAATTGTGGTGGCTCAAGTGTAt > 1:3050534/1‑149 (MQ=255) tAGCCAAAATCTATCCACGCAACAAGAGGCGTTTTCACTAAGCCCATGTTGATAGCTTTATTTACAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACA‑T‑ACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCTCAAGTCTAtt < 2:75535/149‑1 (MQ=255) gCCAAAATCTATCCACGCAACAAGAGGCGTTTTCACTAAGCCCATGTTGATAGCTTTATTTACAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACA‑T‑ACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCTCAAGTCTATTTg < 2:189840/149‑1 (MQ=255) gCCAAAATCTATCCACGCAACAAGAGGCGTTTTCACTAAGCCCATGTTGATAGCTTTATTTACAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACA‑T‑ACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCTCAAGTCTATTTg < 2:48400/149‑1 (MQ=255) ccAAAATCTATCCACGCAACAAGAGGCGTTTTCACTAAGCCCATGTTGATAGCTTTATTTACAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACA‑T‑ACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCTCAAGTCTAttttt > 2:2990177/1‑147 (MQ=255) cAAAATCTATCCACGCAACAAGAGGCGTTTTCACTAAGCCCATGTTGATAGCTTTATTTAAAAAATATGCCTTAAGGTTACATACCAAAACA‑A‑ACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCTCAAGTCAATTTGTa > 1:719348/1‑149 (MQ=255) aaaTCTATCCACGCAACAAGAGGCGTTTTCACTAAGCCCATGTTGATAGCTTTATTTACAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACA‑T‑ACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCTCAAGTCTATTTGTaaa < 1:2575295/149‑1 (MQ=255) aaaTCTATCCACGCAACAAGAGGCGTTTTCACTAAGCCCATGTTGATAGCTTTATTTACAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACA‑T‑ACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCTCAAGTCTATTTGTaaa > 2:826704/1‑149 (MQ=255) aaaTCTATCCACGCAACAAGAGGCGTTTTCACTAAGCCCATGTTGAGAGCTTTATTTACAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACA‑T‑ACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCTCAAGTCTATTTGTaaa < 2:1201052/149‑1 (MQ=255) tCTATCCACGCAACAAGAGGCGTTTTCACTAAGCCCATGTTGATAGCTTTATTTACAAAATAGGCCTTAAGGTTACATAACAAAACA‑T‑ACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCTCAAGTCTATTTGTAAAAGa > 1:2489968/1‑149 (MQ=255) tCCACGCAACAAGAGGCGTTTTCACTAAGCCCATGTTGATAGCTTTATTTACAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACA‑T‑ACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCTCAAGTCTATTTGTAAACGACTCa > 2:2735691/1‑149 (MQ=255) cACGCAACAAGAGGCGTTTTCACTAAGCCCATGTTGATAGCTTTATTTACAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACA‑T‑ACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCTCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATc > 1:3569548/1‑149 (MQ=255) caaGAGGCGTTTTCACTAAGCCCATGTTGATAGCTTTATTTACAAAATATGCCTTAAGGTTACATACCAAAACA‑T‑ACACTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTTTCGAGGCTCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATAtttttta > 2:1239573/1‑147 (MQ=255) agagGCGTTTTCACTAAGCCCATTTTTATAGCTTTATTTACAAAATCGGCATTAAGGTTAAATACCAAAACA‑T‑ACTCTGGTGACACTTACTGTGGTTTTTTTATTTGTCGAGGATCAAGTATATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAAt < 2:1920997/149‑1 (MQ=255) gcggCTTTTACACAAAGCCCTTGTTGATAGATTTATTAACAAAATAGGCCTTAAGTTTAAATACAAAAACA‑T‑ACTCTGGTGACCAGTACACTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCTCAAGAATATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAAtt < 2:2853506/147‑1 (MQ=255) gagGCGTTTTCACTAAGCCCATGTTGATAGCTTTATTTACAAAATAGGCCTTATGGTTACATACCAAAACA‑T‑ACTCTGGTGACCAGTACTCTGGTTTTTTTAATTGTCGAGGCTCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAAtt < 2:298749/149‑1 (MQ=255) tacacaAAGCCCATTTTGATAGATTTATTTAAAAAATAGGCATTAAGGTTAAAAACCAAAACA‑T‑ACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGAAAAAGTCTATTTTTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGAt < 2:1262701/147‑1 (MQ=255) tCACTAAGCCCATGTTGATAGCTTTATTTACAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACA‑T‑ACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCTCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATa > 1:271561/1‑149 (MQ=255) acACTACGCCCTTGTTGATAGCTTTATATACAAAATAGCCCTTATGGTTACATACAAAAACA‑T‑ACTCTGGTGACCATTACTCTGGTTTTTTTAATTGTCGAGGCTAAAGTATATTTTAAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATa < 2:1167218/148‑1 (MQ=255) cACTAAGCCCATTTTGATAGCTTTATTAACAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACAAAAACA‑T‑ACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCTCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATAc < 2:1058332/149‑1 (MQ=255) aCTAAGCCCATGTTGATAGCTTTATTTACAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACA‑T‑ACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCTCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACg > 1:875987/1‑149 (MQ=255) gCCCTTTTTGTTAGCTTTATTTAAAAAATAGTCCTTATGGTTAAATACCAAAACT‑T‑ACTCTGGTGACCAGTACTTTGTTTTTTTTATTTGTCGTGGCTCACTTATTTTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTc < 2:18393/149‑1 (MQ=255) gCCCATGTTGATAGCTTTATTTACAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACA‑T‑ACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCTCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTc > 1:2135623/1‑149 (MQ=255) ccATGTTGATAGCTTTATTTACAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACA‑T‑ACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCTCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTg > 1:3679592/1‑149 (MQ=255) cttGTTGATAGCTTTATTTACAAAATTGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACA‑T‑ACTGTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTATTTGTCGTGGCTCAAGTCTTTTTGTACACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGa < 2:947430/147‑1 (MQ=255) cATGGTGATAGCTTTATTTACAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACA‑T‑ACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCTCAAGTCTCTTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGa > 2:2037689/1‑149 (MQ=255) tGTTGATAGCTTTATTTACAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACA‑T‑ACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCTCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGata > 1:1426979/1‑149 (MQ=255) tGTTGATAGCTTTATTTACAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACA‑T‑ACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCTCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGata > 2:3431937/1‑149 (MQ=255) tttGTTAGATTTATTTACAAAATAGGCCTTAAGGTTAAATACCAAAAAA‑T‑ACTCTGGTGACCTGTAATCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCTAATTTATTTTTTTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGatat < 1:628670/148‑1 (MQ=255) gTTGATAGCTTTATTTACAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACA‑T‑ACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCTCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGatat > 2:549349/1‑149 (MQ=255) ttGATAGCTTTATTTACAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACA‑T‑ACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCTCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGatata > 2:2460364/1‑149 (MQ=255) agatttatttaAAAAATAGGAATTAAGGTTACAAACAAAAAAA‑T‑ACCCTGTTGACCAGTACTCTGGTTTTTTTAATGGTCGAGGCTAAATTATATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTaa < 2:2911275/146‑1 (MQ=255) aGCTTTATTTACAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACA‑T‑ACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCTCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTaa > 2:2437453/1‑149 (MQ=255) tttatttaCAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACA‑T‑ACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCTCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTAAAtt > 2:1788786/1‑149 (MQ=255) ttatttaCAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACA‑T‑ACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCTCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTAAAttt > 1:3233222/1‑149 (MQ=255) atttaCAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACA‑T‑ACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCTCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTAAATTTCt > 2:4207144/1‑149 (MQ=255) tttaAAAAATAGGCATTATGGTTAAATACAAAAAAA‑T‑ACTCTGGTGACAAGTACTGTGGTTTTTTTATTTGTGGAGGATCATTTATATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTAAATTTCtt < 1:2643515/149‑1 (MQ=255) taCAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACA‑T‑ACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCTCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTAAATTTCtttt > 1:1064213/1‑149 (MQ=255) taCAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACA‑T‑ACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCTCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTAAATTTCtttt > 1:3246755/1‑149 (MQ=255) attggCATTATGTTTAAAAACCAAAAAA‑A‑ACTGTGGTGCCCTTTACTTTGGTTTTTTTATTTGTCGCGGCTCATTTCTTTTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTAAATTTCTTTTTTatat < 1:2375792/146‑1 (MQ=255) aTAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACA‑T‑ACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCTCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTAAATTTCTTTTTTatat > 2:3826940/1‑149 (MQ=255) gCCTTAAGGTTACATACCAAAACA‑T‑ACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCTCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTAAATTTCTTTTTTATATcgat > 2:1473181/1‑149 (MQ=255) gCCTTAAGGTTACATACCAAAACA‑T‑ACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCTCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTAAATTTCTTTTTTATATcgat > 2:1473787/1‑149 (MQ=255) cTTATGTTTAAATACAAAAAAA‑T‑ACTCTGGTTACCAGTACTGTGGTTTTTTTATTTGTCGAGGATCAATTATATTTTTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTAAATTTCTTTTTTATATcgataa < 1:312597/149‑1 (MQ=255) attAAGTTTAAATACAAAAAAA‑T‑ACTCTGGTGACATGTACTCTGTTTTTTTTAATTTTCGAGGATAAATTATTTTTTTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTAAATTTCTTTTTTATATcgataa < 1:3963021/148‑1 (MQ=255) ttAAGGTTACATACCAAAACA‑T‑ACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCTCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTAAATTTCTTTTTTATATcgataac > 1:452945/1‑149 (MQ=255) aaGGTTACATACCAAAACA‑T‑ACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCTCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTAAATTTCTTTTTTATATcgataacga > 2:461726/1‑149 (MQ=255) ggTTACATACCAAAACA‑T‑ACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCTCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTAAATTTCTTTTTTATATcgataacgata > 1:2986099/1‑149 (MQ=255) ggTTAAATACCAAAAAA‑T‑ACTGTGGTGACCATTACTGTGTTTTTTTTATTTGTCGAGGCTCAATTATATTTTAACACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTAAATTTCTTTTTTATATcgataacgata < 1:1122935/149‑1 (MQ=255) taaaTACAAAAACT‑T‑AATCTGGTGACCATTACTCTGGTTTTTTTATTTGTCGTGGCTCAAGTATTTTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTAAATTTCTTTTTTATATCGATAACGATAAcc < 2:1366609/146‑1 (MQ=255) ctACAAAAAAT‑T‑ACTTGGGTGACCAGTACTGTGGGTTTTTTAATTTGCGTGGCTCACTTATTTTTGAAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTAAATTTCTTTTTTATATCGATAACGATAACCgtt < 1:1565214/148‑1 (MQ=255) caaCCAAAAAATT‑ACGCTGGGGACATTTACTGTGGTTTTTTTATTTGTGGTGGACAAATTCTATTTTTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTAAATTTCTTTTTTATATCGATAACGATAACCgt < 1:429429/147‑1 (MQ=255) ccAAAACA‑T‑ACTCTGGTGACCATTACTCTGGTTTTTTTAATTGTCGAGGCTCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTAAATTTCTTTTTTATATCGATAACGATAACCgttgtt < 2:1725074/149‑1 (MQ=255) acAAAAAA‑TAACTCTGGGGACCATTACGTGGGTTTTTTTATTTGTCGAGGCTCAATTCTATTTTTACACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTAAATTTCTTTTTTATATCGATAACGATAACCgttgt < 1:1494631/148‑1 (MQ=255) | CATCAAATGGGAAATCCCAAATTTTCAATCCTCGAGTTACATTTGGCTTATGGCAATAGCCAAAATCTATCCACGCAACAAGAGGCGTTTTCACTAAGCCCATGTTGATAGCTTTATTTACAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACA‑T‑ACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCTCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTAAATTTCTTTTTTATATCGATAACGATAACCGTTGTT > CP009273/3786542‑3786834 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |