| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 542,200 | Δ1 bp | 85.8% | coding (65/1668 nt) | fdrA → | putative NAD(P)‑binding acyl‑CoA synthetase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP009273 | 542,200 | 0 | G | . | 85.8% | 761.0 / 144.0 | 197 | coding (65/1668 nt) | fdrA | putative NAD(P)‑binding acyl‑CoA synthetase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (15/13); new base . (86/83); total (101/96) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.40e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.21e-01 | |||||||||||
Only 100 of 200 total aligned reads displayed.
TTTACTCGTTGTCATCGATACCGTAATCGCCACATTAACACTGCTCGTGCAATTGCCATGGGTGCAATTTTTAAGGAGTTGTTATGATCCACGCCTTTATTAAAAAAGGGTGTTTTCAGGATTCGGTCAGTTTAATGATTATTTCACGAAAACTCAGCGAATCAGAAAATGTTGATGATGTTTCCGTAATGATGGGTACGCCCGCCAATAAAGCGTTATTAGATACCACAGGTTTCTGGCATGACGATTTTAATAACGCCACGCCGAACGATATTTGCGTGGCAATTCGTAGCGA > CP009273/542053‑542347 | tttACTCGTTGTCATCGATACCGTAATCGCCACATTAACACTGCTCGTGCAATTGCCATGGGTGCAATTTTTAAGGAGTTGTTATGATCCACGCCTTTATTAAAAAAGGGTGTTTTCAGGATTCGGTCAGTTTAATGATTATTTCACaaa < 2:1897969/150‑1 (MQ=255) ttACTCGTTGTCATCGATACCGTAATCGCCACATTAACACTGCTCGTGCAATTGCCATGGGTGCAATTTTTAAGGAGTTGTTATGATCCACGCCTTTATTAAAAAAGGGTGTTTTCAGGATTCGGTCAGTTTAATGATTATTTCACaaaa > 1:3888787/1‑150 (MQ=255) tACTCGTTGTCATCGATACCGTAATCGCCACATTAACACTGCTCGTGCAATTGCCATGGGTGCAATTTTTAAGGAGTTGTTATGATCCACGCCTTTATTAAAAAAGGGTGTTTTCAGTATTCGGTCAGTTTAATGATTATTTCACaaaac < 2:4509614/150‑2 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |