| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 360278 | NA (NA) | 9004 (37.390) +TTAATTAA |
196/262 | NT | 97.7% | intergenic (‑212/+383) | lacZ/lacI | pseudogene, truncated/DNA‑binding transcriptional repressor |
| ? | CP009273 | = 361823 | 230 (0.900) | coding (831/834 nt) | mhpR | mhp operon transcriptional activator | |||||
Only 100 of 245 total aligned reads displayed.
TCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGTTCAAATCCGCTCCCGGCGGATTTGTCCTACTCAGGAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTTATAGGTTAATGTCATGGGAAGATCCAGCCGACCAGGCTTTCCACGCCCGCGTGCCGCTCCATGTCGTTCGCGCGGTTCTCGGAAACGCGCTGC > CP009273/360129‑360427 | gcccgCCCGCCACCCCCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGTGCAAATCCGCTCCCGGCGGATTTGTCCGACTCAGGAGAGCGTTCACCGACAACCAACAGATAAACCGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCt < 1:2580377/146‑1 (MQ=1) ccggCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGTTCACATCCGCGCCCGGCGGATTTGTCCTACTCACGAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGCTACCACGACCGGCCCAGGCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTg < 2:2312892/147‑1 (MQ=1) tGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGTTCAAATCCGCTCCCGGCGGATTTGTCCTACTCAGGAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCATTTTATTTGATGCCTggg < 1:633154/150‑1 (MQ=11) gCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGTTCAAATCCGCTCCCGGCGGATTTGTCCTACTCAGGAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTgggg < 1:3084418/150‑1 (MQ=31) gCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGTTCAAAGCCGCTCCCGGCGGATTTGTCCTACTCAGGAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTgggg < 1:3550529/150‑1 (MQ=14) gCCCGCCACCCTCCGGGCCGGTGCGTCGCCACGTTCAACTCCGCTCCCGGCGGATTTGTCCTACTCAGGAGAGCGGTCACCGACAAACCACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTgggg < 1:3360497/150‑1 (MQ=11) cccGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGTTCAAATCCGCTCCCGGCGGATTTGTCCTACTCAGGAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGggga < 1:2383344/150‑1 (MQ=32) gCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGTTCAAATCCGCTCCCGGCGGATTTGTCCTACTCAGGAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGgggaatt < 2:1926054/150‑1 (MQ=34) gCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGTTCAAATCCGCTCCCGGCGGATTTGTCCTACTCAGGAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGgggaatt < 2:2741237/150‑1 (MQ=34) gCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGTTCAAATCCGCTCCCGGCGGATTTGTCCTACTCAGGAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTGTCGTTTTATTTGATGCCTGgggtatt > 2:4540686/1‑150 (MQ=17) gCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAAAGTTCAAAAACCCTCCCCGCGGAATTGTGCTACTCAGGAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAAAGAAAGGCCCAGTCTTTCGACAGAGGCGTTAGGTTTATTTTATGGCTGgggcatt > 2:3075402/1‑150 (MQ=11) cccACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGTTCAAATCCGCTCCCGGCGGATTTGTCCTACTCAGGAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGgggaatt < 1:3066561/149‑1 (MQ=21) ccACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGTTCAAATCCGCGCCCGGCGGATTTGTCCTCCTCAGGAGAGCGTTCACCGACAAACACCAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGgggaattg < 1:1356417/150‑1 (MQ=255) cACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGTTCAAAGCCGCTCCCGGCGGATTTGTCCTCCTCAGGAGAGCGGTCACCGACAAACAACAGATAACACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGgggaattgg < 1:51355/150‑1 (MQ=255) cACCCGCCGGGCCGGTGCTTCGCAACGTTCAAATCCGCTCCCGGCGGATTTGTCCTACTCAGGAGAGCGTTCACCGACACACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGgggaattgg < 2:2475220/150‑1 (MQ=255) cTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGTTCAAATCCGCTCCCGGCGTATTTGTCCTACTCAGGAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGgggaattgggaat < 1:3158140/150‑1 (MQ=255) ggCCGTTGCTTCGCAACGTTCAAATCCGCTCCCGGCGGATTTGTCCTACTCAGGAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTGGGaattaatt < 1:3946506/150‑1 (MQ=255) gCTTCGCAACGTTCAAATCCGCTCCCGGCGGATTTGACCTACTCAGGAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCGTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAg < 1:1137981/150‑1 (MQ=255) 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aaaaTCCGCTCCCGGCGGATTTGTCCTACTCAGGAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTc < 1:365232/149‑1 (MQ=255) aaaTCCGCTCCCGGCGGATTTGTCCTACTCAGGAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTGGGAAGTAATTCTTGAAGACGAACGGGCCTCg > 2:1844080/1‑150 (MQ=255) aaTCCGCTACCGGCGGATTTGTCCTACTCAGGAGAGAGTTCACCTACAAACAACTGATAAATCGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGGCTGGGGCAGTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGACTCGt > 2:2790548/1‑150 (MQ=17) tCCGCTCCCGGCGGATTTGACCTACTCAGGAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGa < 1:99391/150‑1 (MQ=255) gccGCTCCCGGCGGATTTGTCCTACTCAGGAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACTAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGa < 1:99808/149‑1 (MQ=255) cTCCCGGCGGATTTGTCCTACTCAGGAGAGCGTTCACCGACAACCAACCGAGAAACCGACAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTGGGAATTAATTCATGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACg < 2:4466043/150‑1 (MQ=18) ccGGCGGATGTGCCCTACTCCGGAGAGCGTTCCCCGACCAACAACAGATCAAACGAAAGCCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGATTTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCt < 1:3790100/150‑1 (MQ=18) cggcggATTTGTCCTACTCAGGAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTa < 1:2323460/150‑1 (MQ=255) ggcggATTTGTCCTACTCAGGAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTAt > 1:3923794/1‑150 (MQ=255) ggATTTGTCCTACTCAGGAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTGGGCATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTAtttt > 1:384276/1‑150 (MQ=255) ggATGTGTCCTACTCAGGAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATCAACCGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTAtttt < 1:3725246/150‑1 (MQ=255) gATTTGTCCTACTCAGGAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTAttttt < 2:3215693/150‑1 (MQ=255) gATTTGTCCTACTCAGGAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTAttttt < 2:4139066/150‑1 (MQ=255) aTTTGTCCTACTCAGGAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTta > 1:4409645/1‑150 (MQ=255) ttGTCCTACTCAGGAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTGTATTTGATGCCGGGGGACTTGGGACTTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATGTTtata > 1:953172/1‑150 (MQ=21) 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gTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTTATAGGTTAATGTCATGGGAAGATCCAGCCGACCAGGCTTTCCACGCCCGCGTGCCGCTCCATGTCGTTCGCGCGGTtc > 2:2977131/1‑150 (MQ=255) tttATTTGATGCCTGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTTATAGGTTAATGTCATGGGAAGATCCAGCCGACCAGGCTTTCCACGCCCGCGTGCCGCTCCATGTCGTTCGCGCGGTtctc > 1:3909896/1‑150 (MQ=255) tATTTGATGCCTGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTTATAGGTTAATGTCATGGGAAGATCCAGCCGACCAGGCTTTCCACGCCCGCGTGCCGCTCCATGTCGTTCGCGCGGTTCTCgg > 2:3472520/1‑150 (MQ=255) tGATGCCTGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTTATAGGTTAATGTCATGGGAAGATCCAGCCGACCAGGCTTTCCACGCCCGCGTGCCGCTCCATGTCGTTCGCGCGGTTCTCGGAAAc < 1:2758512/150‑1 (MQ=255) tGATGCCTGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTTATAGGTTAATGTCATGGGAAGATCCAGCCGACCAGGCTTTCCACGCCCGCGTGCCGCTCCATGTCGTTCGCGCGGTTCTCGGAAAc < 1:2758869/150‑1 (MQ=255) 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cTGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTTATAGGTTAATGTCATGGGAAGATCCAGCCGACCAGGCTTTCCACGCCCGCGTGCCGCTCCATGTCGTTCGCGCGGTTCTCGGAAACGCGCTg < 1:3211667/150‑1 (MQ=255) cTGGGGAAATGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTTATAGGTTAATGTCATGGGAAGATCCAGCCGACCAGGCTTTCCACGCCCGCGTGCCGCTCCATGTCGTTCGCGCGGTTCTCGGAAACGCGCTg < 1:1036598/150‑1 (MQ=255) | TCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGTTCAAATCCGCTCCCGGCGGATTTGTCCTACTCAGGAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTTATAGGTTAATGTCATGGGAAGATCCAGCCGACCAGGCTTTCCACGCCCGCGTGCCGCTCCATGTCGTTCGCGCGGTTCTCGGAAACGCGCTGC > CP009273/360129‑360427 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |