Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 56,677 | G→T | 88.0% | R145S (CGC→AGC) | lptD ← | LPS assembly OM complex LptDE, beta‑barrel component |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 56,677 | 0 | G | T | 88.0% | 754.3 / 95.4 | 274 | R145S (CGC→AGC) | lptD | LPS assembly OM complex LptDE, beta‑barrel component |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (10/23); new base T (128/113); total (138/136) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.59e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 275 total aligned reads displayed.
TTGTTCTTCGCGGTCATGAATAATTTCGCTACCTACCACGCTCCAGGTGTCAGAACCCGGCAGACAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCGACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCTTTCGGCCCTTTGAGGATCACCTGGTTATCGTCGTAATGGACATTACCGAGCGCATCAACGGTACGTACCGGCTCCGGTTGTC > CP009273/56528‑56823 | cttcGCGGTCATGAATAATTTCGCTACCTACCACGCTCCAGGTGTCAGAACCCGGCAGACAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACcca > 2:3589758/1‑150 (MQ=255) cttcGCGGTCATGAATAATTTCGCTACCTACCACGCTCCAGGTGTCAGAACCCGGCAGACAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACcca > 2:3591489/1‑150 (MQ=255) cATGAATAATTTCGCTACCTACCACGCTCCAGGTGTCAGAACCCGGCAGACAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGt > 2:2946758/1‑150 (MQ=255) cATGAATAATTTCGCTACCTACCACGCTCCAGGTGTCAGAACCCGGCAGACAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGt < 2:4371675/150‑1 (MQ=255) gAATAATTTCGCTACCTACCACGCTCCAGGTGTCAGAACCCGGCAGACAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAAt > 1:245605/1‑150 (MQ=255) aataatTTCGCTACCTACCACGCTCCAGGTGTCAGAACCCGGCAGACAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATc > 2:3250757/1‑150 (MQ=255) aataatTTCGCTACCTACCACGCTCCAGGTGTCAGAACCCGGCAGACAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATc > 1:4277280/1‑150 (MQ=255) ataatTTCGCTACCTACCACGCTCCAGGTGTCAGAACCCGGCAGACAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCa > 1:2171226/1‑150 (MQ=255) taatTTCGCTACCTACCACGCTCCAGGTGTCAGAACCCGGCAGACAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCAc > 1:4024798/1‑150 (MQ=255) ctacctacCACGCTCCAGGTGTCAGAACCCGGCAGACAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAg > 1:15513/1‑150 (MQ=255) acctaccACGCTCCAGGTGTCAGAACCCGGCAGACAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGAc < 2:1541602/150‑1 (MQ=255) accACGCTCCAGGTGTCAGAACCCGGCAGACAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTg < 1:763473/150‑1 (MQ=255) ccACGCTCCAGGTGTCAGAACCCGGCAGACAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTgg > 1:387918/1‑150 (MQ=255) cACGCTCCAGGTGTCAGAACCCGGCAGACAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGt < 1:258267/150‑1 (MQ=255) aCGCTCCAGGTGTCAGAACCCGGCAGACAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTa > 2:280986/1‑150 (MQ=255) cTCCAGGTGTCAGAACCCGGCAGACAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCt > 2:1502668/1‑150 (MQ=255) cTCCAGGTGTCAGAACCCGGCAGACAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCt > 2:1502821/1‑150 (MQ=255) ccAGGTGTCAGAACCCGGCAGACAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCttt < 2:1357544/150‑1 (MQ=255) 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ggCAGACAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCGACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGcc < 2:2165007/150‑1 (MQ=255) aGACAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAg > 1:3759153/1‑150 (MQ=255) aGACAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAg > 1:3788971/1‑150 (MQ=255) aGACAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCGACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAg > 1:3576437/1‑150 (MQ=255) aGACAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCGACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAg > 1:1293153/1‑150 (MQ=255) 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ggaggTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCttt > 2:3892177/1‑150 (MQ=255) taggTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGTTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACAGCGACCCTGGCTACACACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGATGGTATCTTTTGTGTTCAGATTCGCCCAGCCTTTc > 1:3233388/2‑150 (MQ=255) gaggTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCTTTc > 2:2902331/1‑150 (MQ=255) gaggTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCTTTc > 1:957461/1‑150 (MQ=255) ggTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCTTTCgg > 1:3302943/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |