Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 698,274 | C→T | 14.2% | G265D (GGT→GAT) | nagB ← | glucosamine‑6‑phosphate deaminase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 698,274 | 0 | C | T | 14.2% | 676.4 / 84.0 | 233 | G265D (GGT→GAT) | nagB | glucosamine‑6‑phosphate deaminase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (91/109); new base T (15/18); total (106/127) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
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Only 100 of 242 total aligned reads displayed.
ATCAGGCCATCAGCGATAACAACCGCGTGGTCATCAAGAAATTCGTGGCCGGTAAAGATCCGGCCCTGGGTTAATGCATACATTCTGACCCCCGATTTTAAAAAATATTGCCCTGAGCAAGGAGCCAGGGCAGGGATAACAATTACAGACCTTTGATATTTTCTGCTTCTAATTCATTGAAATATCTTAAAGTCTTAACTTTCAGCTCCATGGTGGAAGGTTCATCGCACACCATGATCGCTTTCGGATGCAGTTGCAGACAGCTGATGGTCCACATATGGTTCACGCAACCTTCAACG > CP009273/698125‑698423 | aTCAGGCCATCAGCGATAACAACCGCGTGGTCATCAAGAAATTCGTGGCCGGTAAAGATCCGGCCCTGGGTTAATGCATACATTCTGACCCCCGATTTTAAAAAATATTGCCCTGAGCAAGGAGCCAGGGCAGGGATAACAATTACAGAc > 2:683309/1‑150 (MQ=255) aTCAGGCCATCAGCGATAACAACCGCGTGGTCATCAAGAAATTCGTGGCCGGTAAAGATCCGGCCCTGGGTTAATGCATACATTCTGACCCCCGATTTTAAAAAATATTGCCCTGAGCAAGGAGCCAGGGCAGGGATAACAATTACAGAc > 1:709482/1‑150 (MQ=255) tCAGGCCATCAGCGATAACAACCGCGTGGTCATCAAGAAATTCGTGGCCGGTAAAGATCCGGCCCTGGGTTAATGCATACATTCTGACCCCCGATTTTAAAAAATATTGCCCTGAGCAAGGAGCCAGGGCAGGGATAACAATTACAGAcc < 1:989404/150‑1 (MQ=255) 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gCCAGGGCAGGGATAACAATTACAGATCTTTGATATTTTCTGCTTCTAATTCATTGAAATATCTTAAAGTCTTAACTTTCAGCTCCATGGTGGAAGGTTCATCGCACACCATGATCGCTTTCGGATGCAGTTGCAGACAGCTGATGGTcc < 1:3843503/150‑1 (MQ=255) cagggcagggATAACAATTACAGACCTTTGATATTTTCTGCTTCTAATTCATTGAAATATCTTAAAGTCTTAACTTTCAGCTCCATGGTGGAAGGTTCATCGCACACCATGATCGCTTTCGGATGCAGTTGCAGACAGCTGATGGTCcac > 1:879708/1‑150 (MQ=255) agggcagggATAACAATTACAGACCTTTGATATTTTCTGCTTCTAATTCATTGAAATATCTTAAAGTCTTAACTTACAGCTCCATGGTGGAAGGTTCATCGCACACCATGATCGCTATAGGATGCAGTTGCAGACAGCTGATGGTCcaca > 1:2769523/1‑150 (MQ=255) gggcagggATAACAATTACAGATCTTTGATATTTTCTGCTTCTAATTCATTGAAATATCTTAAAGTCTTAACTTTCAGCTCCATGGTGGAAGGTTCATCGCACACCATGATCGCTTTCGGATGCAGTTGCAGACAGCTGATGGTCCACat > 1:649540/1‑150 (MQ=255) gggcagggATAACAATTACAGACCTTTGATATTTTCTGCTTCTAATTCATTGAAATATCTTAAAGTCTTAACTTTCAGCTCCATGGTGGAAGGTTCATCGCACACCATGATCGCTTTCGGATGCAGTTGCAGACAGCTGATGGTCCACat > 1:3498023/1‑150 (MQ=255) aaCAATTACAGATCTTTGATATTTTCTGCTTCTAATTCATTGAAATATCTTAAAGTCTTAACTTTCAGCTCCATGGTGGAAGGTTCATCGCACACCATGATCGCTTTCGGATGCAGTTGCAGACAGCTGATGGTCCACATATGGTTCACg > 1:1490524/1‑150 (MQ=255) cAATTACAGACCTTTGATATTTTCTGCTTCTAATTCATTGAAATATCTTAAAGTCTTAACTTTCAGCTCCATGGTGGAAGGTTCATCGCACACCATGATCGCTTTCGGATGCAGTTGCAGACAGCTGATGGTCCACATATGGTTCACGCa > 2:3016859/1‑150 (MQ=255) aaTTACAGACCTTTGATATTTTCTGCTTCTAATTCATTGAAATATCTTAAAGTCTTAACTTTCAGCTCCATGGTGGAAGGTTCATCGCACACCATGATCGCTTTCGGATGCAGTTGCAGACAGCTGATGGTCCACATATGGTTCACGCaa > 1:755145/1‑150 (MQ=255) aCAGACCTTTGATATTTTCTGCTTCTAATTCATTGAAATATCTTAAAGTCTTAACTTTCAGCTCCATGGTGGAAGGTTCATCGCACACCATGATCGCTTTCGGATGCAGTTGCAGACAGCTGATGGTCCACATATGGTTCACGCAACCtt < 1:3024708/150‑1 (MQ=255) aCAGACCTTTGATATTTTCTGCTTCTAATTCATTGAAATATCTTAAAGTCTTAACTTTCAGCTCCATGGTGGAAGGTTCATCGCACACCATGATCGCTTTCGGATGCAGTTGCAGACAGCTGATGGTCCACATATGGTTCACGCAACCtt < 2:3303567/150‑1 (MQ=255) cAGACCTTTGATATTTTCTGCTTCTAATTCATTGAAATATCTTAAAGTCTTAACTTTCAGCTCCATGGTGGAAGGTTCATCGCACACCATGATCGCTTTCGGATGCAGTTGCAGACAGCTGATGGTCCACATATGGTTCACGCAACCTTc < 1:2759245/150‑1 (MQ=255) aGACCTTTGATATTTTCTGCTTCTAATTCATTGAAATATCTTAAAGTCTTAACTTTCAGCTCCATGGTGGAAGGTTCATCGCACACCATGATCGCTTTCGGATGCAGTTGCAGACAGCTGATGGTCCACATATGGTTCACGCAACCTTCa > 1:2453011/1‑150 (MQ=255) | ATCAGGCCATCAGCGATAACAACCGCGTGGTCATCAAGAAATTCGTGGCCGGTAAAGATCCGGCCCTGGGTTAATGCATACATTCTGACCCCCGATTTTAAAAAATATTGCCCTGAGCAAGGAGCCAGGGCAGGGATAACAATTACAGACCTTTGATATTTTCTGCTTCTAATTCATTGAAATATCTTAAAGTCTTAACTTTCAGCTCCATGGTGGAAGGTTCATCGCACACCATGATCGCTTTCGGATGCAGTTGCAGACAGCTGATGGTCCACATATGGTTCACGCAACCTTCAACG > CP009273/698125‑698423 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |