| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 777,514 | G→T | 17.4% | intergenic (+406/‑27) | lysQ → / → nadA | tRNA‑Lys/quinolinate synthase, subunit A |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 777,514 | 0 | G | T | 17.4% | 804.0 / 101.0 | 273 | intergenic (+406/‑27) | lysQ/nadA | tRNA‑Lys/quinolinate synthase, subunit A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (103/120); new base T (32/17); total (135/138) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.79e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 278 total aligned reads displayed.
TCTATGTCGGTGGAATTAGGCGTAAAATGACGCATCCTGCACATTAGGCGTAATTCGAGTGACTTTTCCCCACCATTCGACTATCTTGTTTAGCATATAAAACAAATTACACCGATAACAGCGAATATTACGCTAATGTCGGTTTTAACGTTAAGCCTGTAAAACGAGATGGTAAGATGAGCGTAATGTTTGATCCAGACACGGCGATTTATCCTTTCCCCCCGAAGCCGACGCCGTTAAGCATTGATGAAAAAGCGTATTACCGCGAGAAGATAAAACGTCTGCTAAAAGAACGTAAT > CP009273/777365‑777663 | ctATTTCGGTGGAATTAGGCGTAAAATGACGCATCCTGCACATTAGGCGTAATTCGAGTGACTTTTCCCCACCATTCGACTATCTTGTTTAGCATATAAAACAAATTACACCGATAACAGCGAATATTACGCTAATGTCGGTTTTAACGt > 2:3633968/1‑150 (MQ=255) tATGTCGGTGGAATTAGGCGTAAAATGACGCATCCTGCACATTAGGCGTAATTCGAGTGACTTTTCCCCACCATTCGACTATCTTGTTTAGCATATAAAACAAATTACACCGATAACAGCGAATATTACGCTAATGTCGGTTTTAAAGtt > 2:4173474/1‑150 (MQ=255) cGGTGGAATTAGGCGTAAAATGACGCATCCTGCACATTAGGCGTAATTCGAGTGACTTTTCCCCACCATTCGACTATCTTGTTTAGCATATAAAACAAATTACACCGATAACAGCGAATATTACGCTAATGTCGGTTTTAACGTTAAGcc > 2:916990/1‑150 (MQ=255) 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gTTTTAACGTTAAGCCTGTAAAACGAGATGGTAAGATGAGCGTAATGTTTGATCCAGACACGGCGATTTATCCTTTCCCCCCGAAGCCGACGCCGTTAAGCATTGATTAAAAAGCGTATTACCGCGAGAAGATAAAACGTCTGCTAAAAg < 2:835991/150‑1 (MQ=255) gTTTTAACGTTAAGCCTGTAAAACGAGATGGTAAGATGAGCGTAATGTTTGATCCAGACACGGCGATTTATCCTTTCCCCCCGAAGCCGACGCCGTTAAGCATTGATGAAAAAGCGTATTACCGCGAGAAGATAAAACGTCTGCTAAAAg < 2:1872473/150‑1 (MQ=255) gTTTTAACGTTAAGCCTGTAAAACGAGATGGTAAGATGAGCGTAATGTTTGATCCAGACACGGCGATTTATCCTTTCCCCCCGAAGCCGACGCCGTTAAGCATTGATGAAAAAGCGTATTACCGCGAGAAGATAAAACGTCTGCTAAAAg > 1:4303758/1‑150 (MQ=255) gTTTTAACGTTAAGCCTGTAAAACGAGATGGTAAGATGAGCGTAATGTTTGATCCAGACACGGCGATTTATCCTTTCCCCCCGAAGCCGACGCCGTTAAGCATTGATGAAAAAGCGTATTACCGCGAGAAGATAAAACGTCTGCTAAAAg < 1:965023/150‑1 (MQ=255) ttttAACTTTAAGCCTGTAAAACGAGATGGTAAGATGAGCGTAATGTTTGATCCAGACACGGCGATTTATCCTTTCCCCCCGAAGCCGACGCCGTTAAGCATTGATGAAAAAGCGTATTACCGCGAGAAGATAAAACGTCTGCTAAAAGa > 1:2160128/1‑150 (MQ=255) ttttAACTTTAAGCCTGTAAAACGAGATGGTAAGATGAGCGTAATGTTTGATCCAGACACGGCGATTTATCCTTTCCCCCCGAAGCCGACGCCGTTAAGCATTGATGAAAAAGCGTATTACCGCGAGAAGATAAAACGTCTGCTAAAAGa > 1:2099434/1‑150 (MQ=255) tttAACGTTAAGCCTGTAAAACGAGATGGTAAGATGAGCGTAATGTTTGATCCAGACACGGCGATTTATCCTTTCCCCCCGAAGCCGACGCCGTTAAGCATTGATGAAAAAGCGTATTACCGCGAGAAGATAAAACGTCTGCTAAAAGaa > 2:3240246/1‑150 (MQ=255) tAACGTTAAGCCTGTAAAACGAGATGGTAAGATGAGCGTAATGTTTGATCCAGACACGGCGATTTATCCTTTCCCCCCGAAGCCGACGCCGTTAAGCATTGATGAAAAAGCGTATTACCGCGAGAAGATAACACGTCTGCTAAAAGAACg < 2:3520730/150‑1 (MQ=255) aCGTTAAGCCTGTAAAACGAGATGGTAAGATGAGCGTAATGTTTGATCCAGACACGGCGATGTATCCTTTCCCCCCGAAGCCGACGCCGTTAAGCATTGATGACAAAGCGTCTTACCGCGAGAAGATAAAACGTCTGCTAAAAGAACGTa > 2:3886460/1‑150 (MQ=255) cGTTAAGCCTGTAAAACGAGATGGTAAGATGAGCGTAATGTTTGATCCAGACACGGCGATTTATCCTTTCCCCCCGAAGCCGACGCCGTTAAGCATTGATGAAAAAGCGTATTACCGCGAGAAGATAAAACGTCTGCTAAAAGAACGTaa > 1:271589/1‑150 (MQ=255) gTTAAGCCTGTAAAACGAGATGGTAAGATGAGCGTAATGTTTGATCCAGACACGGCGATTTATCCTTTCCCCCCGAAGCCGACGCCGTTAAGCATTGATGAAAAAGCGTATTACCGCGAGAAGATAAAACGTCTGCTAAAAGAACGTAAt > 2:4491406/1‑150 (MQ=255) gTTAAGCCTGTAAAACGAGATGGTAAGATGAGCGTAATGTTTGATCCAGACACGGCGATTTATCCTTTCCCCCCGAAGCCGACGCCGTTAAGCATTGATGAAAAAGCGTATTACCGCGAGAAGATAAAACGTCTGCTAAAAGAACGTAAt > 2:1628658/1‑150 (MQ=255) | TCTATGTCGGTGGAATTAGGCGTAAAATGACGCATCCTGCACATTAGGCGTAATTCGAGTGACTTTTCCCCACCATTCGACTATCTTGTTTAGCATATAAAACAAATTACACCGATAACAGCGAATATTACGCTAATGTCGGTTTTAACGTTAAGCCTGTAAAACGAGATGGTAAGATGAGCGTAATGTTTGATCCAGACACGGCGATTTATCCTTTCCCCCCGAAGCCGACGCCGTTAAGCATTGATGAAAAAGCGTATTACCGCGAGAAGATAAAACGTCTGCTAAAAGAACGTAAT > CP009273/777365‑777663 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |