Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 816,078 | C→G | 7.4% | intergenic (+34/‑171) | ybhL → / → ybhM | UPF0005 family inner membrane protein/UPF0005 family inner membrane protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 816,078 | 0 | C | G | 7.4% | 778.5 / 2.6 | 267 | intergenic (+34/‑171) | ybhL/ybhM | UPF0005 family inner membrane protein/UPF0005 family inner membrane protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (102/138); new base G (3/22); total (107/160) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.39e-03 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 273 total aligned reads displayed.
ATACCCGCGACACGTCGAACCTGCGCAAATATTCCATTCTTGGCGCGTTAACCTTGTATCTGGACTTCATCAACCTGTTCCTGATGTTGTTGCGGATCTTCGGCAACCGCCGTTAATTCTTTTTCACC‑ATCACTATCCCGGCCATGTGTCGGGATTTTTTTCTTACTAAAAACGACACTTAACAAGTACCAGGTATAAAATATGCCTTATGGACGAGCGGAAGCGTTTTCTGTATCCATAAATGCAAAAGTATTTTGTATGCGTGGTTTTAAATTTATTGATGGTGAATATTAATATTT > CP009273/815929‑816227 | aTACCCGCGACACGTCGAACCTGCGCAAATATTCCATTCTTGGCGCGTTAACCTTGTATCTGGACTTCATCAACCTGTTCCTGATGTTGTTGCGGATCTTCGGCAACCGCCGTTAATTCTTTTTCACC‑ATCACTATCCCGGCCATGTGTc > 2:4064094/1‑150 (MQ=255) aTACCCGCGACACGTCGAACCTGCGCAAATATTCCATTCTTGGCGCGTTAACCTTGTATCTGGACTTCATCAACCTGTTCCTGATGTTGTTGCGGATCTTCGGCAACCGCCGTTAATTCTTTTTCACC‑ATCACTATCCCGGCCATGTGTc < 2:4386383/150‑1 (MQ=255) cccGCGACACGTCGAACCTGCGCAAATATTCCATTCTTGGCGCGTTAACCTTGTATCTGGACTTCATCAACCTGTTCCTGATGTTGTTGCGGATCTTCGGCAACCGCCGTTAATTCTTTTTCACC‑ATCACTATCCCGGCCATGTGTCggg < 2:3343928/150‑1 (MQ=255) 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tATCCCGGCCATGTGTCGGGATTGTTTTCTTACTAAAAACGACACTTAACAAGTACCAGGTATAAAATATGCCTTATGGACGAGCGGAAGCGTTTTCTGTATCCATAAATGCACAAGTATTTGGTATGCGGGGTTTTAAATTTATTGATg > 1:651809/1‑150 (MQ=255) tATCCCGGCCAGGTGTCGGGATTTTTTTCTTACTAAAAACGACACTTAACAAGTACCAGGTATAAAATCTGCCTTATGGACGAGCGGAAGCGTTTTCTGTATCCATAAATGCAAAAGTATTTTGTATGCGTGGTTTTAAATTTATTGATg < 2:1839959/150‑1 (MQ=255) aTCCCGGCCATGTGTCGGGATTTTTTTCTTACTAAAAACGACACTTAACAAGTACCAGGTATAAAATATGCCTTATGGACGAGCGGAAGCGTTTTCTGTATCCATAAATGCAAAAGTATTTTGTATGCGTGGTTTTAAATTTATTGATgg < 2:2417164/150‑1 (MQ=255) cccGGCCATGTGTCGGGATTTTTTTCTTACTAAAAACGACACTTAACAAGTACCAGGTATAAAATATGCCTTATGGACGAGCGGAAGCGTTTTCTGTATCCATAAATGCAAAAGTATTTTGTATGCGTGGTTTTAAATTTATTGATGGTg < 2:2607973/150‑1 (MQ=255) gCCATGTGTCGGGATTTTTTTCTTACTAAAAACGACACTTAACAAGTACCAGGTATAAAATATGCCTTATGGACGAGCGGAAGCGTTTTCTGTATCCATAAATGCAAAAGTATTTTGTATGCGTGGTTTTAAATTTATTGATGGTGaata > 2:1223800/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |