| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 816,095 | T→A | 5.2% | intergenic (+51/‑154) | ybhL → / → ybhM | UPF0005 family inner membrane protein/UPF0005 family inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 816,095 | 0 | T | A | 5.2% | 683.7 / 2.3 | 255 | intergenic (+51/‑154) | ybhL/ybhM | UPF0005 family inner membrane protein/UPF0005 family inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (96/142); new base A (3/14); total (99/156) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.42e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 258 total aligned reads displayed.
AACCTGCGCAAATATTCCATTCTTGGCGCGTTAACCTTGTATCTGGACTTCATCAACCTGTTCCTGATGTTGTTGCGGATCTTCGGCAACCGCCGTTAATTCTTTTTCACC‑ATCACTATCCCGGCCATGTGTCGGGATTTTTTTCTTACTAAAAACGACACTTAACAAGTACCAGGTATAAAATATGCCTTATGGACGAGCGGAAGCGTTTTCTGTATCCATAAATGCAAAAGTATTTTGTATGCGTGGTTTTAAATTTATTGATGGTGAATATTAATATTTTTTCTAAGGATAACTAA > CP009273/815946‑816244 | caCCTGCGCAAATATTCCATTCTTGGCGCGTTAACCTTGTATCTGGACTTCATCAACCTGTTCCTGATGTTGTTGCGGATCTTCGGCAACCGCCGTTAATTCTTTTTCACC‑ATCACTATCCCGGCCATGTGTCGGGATTTTTTTCTTACt < 2:4255589/149‑1 (MQ=255) aCCTGCGCAAATATTCCATTCTTGGCGCGTTAACCTTGTATCTGGACTTCATCAACCTGTTCCTGATGTTGTTGCGGATCTTCGGCAACCGCCGTTAATTCTTTTTCACC‑ATCACTATCCCGGCCATGTGTCGGGATTTTTTTCTTACTa < 2:1982541/150‑1 (MQ=255) aCCTGCGCAAATATTCCATTCTTGGCGCGTTAACCTTGTATCTGGACTTCATCAACCTGTTCCTGATGTTGTTGCGGATCTTCGGCAACCGCCGTTAATTCTTTTTCACC‑ATCACTATCCCGGCCATGTGTCGGGATTTTTTTCTTACTa < 1:3086865/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |