| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 991,460 | A→T | 15.1% | L314Q (CTG→CAG) | ssuA ← | aliphatic sulfonate binding protein, SsuABC ABC transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 991,460 | 0 | A | T | 15.1% | 846.1 / 128.1 | 297 | L314Q (CTG→CAG) | ssuA | aliphatic sulfonate binding protein, SsuABC ABC transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (149/102); new base T (23/22); total (172/125) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.27e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
Only 100 of 302 total aligned reads displayed.
GTATAGCCAAGACGATCCGCCGCTTGCGCAATTTGTTGCAGATAACCGTGATCAACCGGGCGTGAACCTTCTTCCGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGCACCAGACGATTTTCATAAAACAGATCTGCCGTTTGCTGCTGTAAGGCGGCAACCTCGGCGTTAACCGGTTTGATGGTGGTAGGAGGGCGATGATCTAAGTAA > CP009273/991311‑991609 | tataGCCAAGACGATCCGCCGCTTGCGCAATTTGTTGCAGATAACCGTGATCAACCGGGCGTGAACCTTCTTCCGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAg > 2:2208734/1‑150 (MQ=255) ataGCCAAGACGATCCGCCGCTTGCGCAATTTGTTGCAGATAACCGTGATCAACCGGGCGTGAACCTTCTTCCGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCTGt < 1:1951823/150‑1 (MQ=255) ccAAGACGATCCGCCGCTTGCGCAATTTGTTGCAGATAACCGTGATCAACCGGGCGTGAACCTTCTTCCGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAg < 1:3479010/150‑1 (MQ=255) cAAGACGATCCGCCGCTTGCGCAATTTGTTGCAGATAACCGTGATCAACCGGGCGTGAACCTTCTTCCGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGt > 2:2247255/1‑150 (MQ=255) aaGACGATCCGCCGCTTGCGCAATTTGTTGCAGATAACCGTGATCAACCGGGCGTGAACCTTCTTCCGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCTGTTGAGTg > 2:4384352/1‑150 (MQ=255) aGACGATCCGCCGCTTGCGCAATTTGTTGCAGATAACCGTGATCAACCGGGCGTGAACCTTCTTCCGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTACTTCCAGTTGAGTgg > 1:1696709/1‑150 (MQ=255) cGATCCGCCGCTTGCGCAATTTGTTGCAGATAACCGTGATCAACCGGGCGTGAACCTTCTTCCGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCt > 2:1982118/1‑150 (MQ=255) cGATCCGCCGCTTGCGCAATTTGTTGCAGATAACCGTGATCAACCGGGCGTGAACCTTCTTCCGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCt < 2:1218128/150‑1 (MQ=255) gATCCGCCGCTTGCGCAATTTGTTGCAGATAACCGTGATCAACCGGGCGTGAACCATCTTCCGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATGATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCTg > 1:912283/1‑150 (MQ=255) ccgcTTGCGCAATTTGTTGCAGATAACCGTGATCAACCGGGCGTGAACCTTCTTCCGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCTGCCAGAt < 1:120827/150‑1 (MQ=255) tGCGCAATTTGTTGCAGATAACCGTGATCAACCGGGCGTGAACCTTCTTCCGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCt > 1:2633994/1‑150 (MQ=255) cgcAATTTGTTGCAGATAACCGTGATCAACCGGGCGTGAACCTTCTTCCGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTgg > 1:835998/1‑150 (MQ=255) cgcAATTTGTTGCAGATAACCGTGATCAACCGGGCGTGAACCTTCTTCCGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTgg > 2:424208/1‑150 (MQ=255) aaTTTGTTGCAGATAACCGTGATCAACCGGGCGTGAACCTTCTTCCGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGa > 2:3776700/1‑150 (MQ=255) tgttgCAGATAACCGTGATCAACCGGGCGTGAACCTTCTTCCGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAatat < 1:1729089/150‑1 (MQ=255) gATAACCGTGATCAACCGGGCGTGAACCTTCTTCCGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCTGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACttt < 2:3187299/150‑1 (MQ=255) gATAACCGTGATCAACCGGGCGTGAACCTTCTTCCGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCTGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACttt < 2:2106339/150‑1 (MQ=255) gATAACCGTGATCAACCGGGCGTGAACCTTCTTCCGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACttt > 1:2893921/1‑150 (MQ=255) 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cAGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGCACCAGACGATTTTCATAAAACAGATCTGCCGTTTGCTGCTGTAAGGCGGCAACCTCGGCGTTAACCGGTTTGATGGTGGTAGGAGGGCGATGATCtaagta < 2:2480732/150‑1 (MQ=255) aGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGCACCAGACGATTTTCATAAAACAGATCTGCCGTTTGCTGCTGTAAGGCGGCAACCTCGGCGTTAACCGGTTTGATGGTGGTAGGAGGGCGATGATCtaagtaa < 1:1614617/150‑1 (MQ=255) | GTATAGCCAAGACGATCCGCCGCTTGCGCAATTTGTTGCAGATAACCGTGATCAACCGGGCGTGAACCTTCTTCCGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGCACCAGACGATTTTCATAAAACAGATCTGCCGTTTGCTGCTGTAAGGCGGCAACCTCGGCGTTAACCGGTTTGATGGTGGTAGGAGGGCGATGATCTAAGTAA > CP009273/991311‑991609 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |