Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 109,800 | A→T | 42.2% | intergenic (‑94/‑131) | coaE ← / → guaC | dephospho‑CoA kinase/GMP reductase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 109,800 | 0 | A | T | 42.2% | 126.0 / inf | 223 | intergenic (‑94/‑131) | coaE/guaC | dephospho‑CoA kinase/GMP reductase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (63/66); new base T (47/47); total (110/113) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.93e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.82e-01 |
Only 100 of 224 total aligned reads displayed.
CAACGGTACTCTTGCCACTGCCAATGCCTCCCGTTAAGGCAACTATATACCTCATAATTTATATTCCCGGGAATTCATCATGATTATCAAAACGTTAAAAATGAGTGCACGAAAGCGAAATTGATGAAACGTTCGCTCACTATTTACCAGGTAAATTTATGGGATTGTAGCGTAAAAAAAGACAATTTCGCAGTCTTGCGCCGCATTGATTAGTGCGTATGATAGCGTCACTGGAGTTGCGCTCTTACCCTTATAGCCATTAACCCCAGGAATCCGCACATGCGTATTGAAGAAGATC > CP009273/109652‑109949 | cAACGGTACTCTTGCCACTGCCAATGCCTCCCGTTAAGGCAACTATATACCTCATAATTTATATTCCCGGGAATTCATCATGATTATCAAAACGTTAAAAATGAGTGCACGAAAGCGAAATTGATGAAACGTTCGCTCACTATTTACCAg > 2:3540167/1‑150 (MQ=255) cAACGGTACTCTTGCCACTGCCAATGCCTCCCGTTAAGGCAACTATATACCTCATAATTTATATTCCCGGGAATTCATCATGATTATCAAAACGTTAAAAATGAGTGCACGAAAGCGAAATTGATGAAACGTTCGCTCACTATTTACCAg < 1:3879413/150‑1 (MQ=255) aaCGGTACTCTTGCCACTGCCAATGCCTCCCGTTAAGGCAACTATATACCTCATAATTTATATTCCCGGGAATTCATCATGATTATCAAAACGTTAAAAATGAGTGCACGAAAGCGAAATTGATGAAACGTTCGCTCACTATTTACCAgg > 1:912711/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |