Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 1,327,148 | T→G | 15.8% | V615G (GTA→GGA) | topA → | DNA topoisomerase I, omega subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 1,327,148 | 0 | T | G | 15.8% | 642.3 / 126.8 | 259 | V615G (GTA→GGA) | topA | DNA topoisomerase I, omega subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (130/88); new base G (22/19); total (152/107) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.93e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 |
Only 100 of 261 total aligned reads displayed.
TCACTTCTTCTCGGATTTCACCCAGCAGTTAGATAAAGCTGAAAAAGATCCGGAAGAGGGTGGTATGCGCCCGAACCAGATGGTTCTGACCAGCATTGACTGCCCGACTTGTGGTCGCAAAATGGGGATTCGCACAGCGAGCACCGGGGTATTCCTTGGCTGTTCTGGCTATGCGCTGCCGCCGAAAGAGCGTTGCAAAACCACCATTAACCTGGTGCCGGAAAACGAAGTGCTGAACGTGCTGGAAGGCGAAGATGCTGAAACCAACGCGCTGCGCGCAAAACGTCGTTGCCCGAAAT > CP009273/1326999‑1327297 | cACTTCTTCTCGGATTTCACCCAGCAGTTAGATAAAGCTGAAAAAGATCCGGAAGAGGGTGGTATGCGCCCGAACCAGATGGTTCTGACCAGCATTGACTGCCCGACTTGTGGTCGCAAAATGGGGATTCGCACAGCGAGCACCGGGGTa > 2:4298431/1‑150 (MQ=255) cttcttCTCGGATTTCACCCAGCAGTTAGATAAAGCTGAAAAAGATCCGGAAGAGGGTGGTATGCGCCCGAACCAGATGGTTCTGACCAGCATTGACTGCCCGACTTGTGGTCGCAAAATGGGGATTCGCACAGCGAGCACCGGGGTAtt < 1:1795535/150‑1 (MQ=255) ttcttcTCGGATTTCACCCAGCAGTTAGATAAAGCTGAAAAAGATCCGGAAGAGGGTGGTATGCGCCCGAACCAGATGGTTCTGACCAGCATTGACTGCCCGACTTGGGGTCGCAAAATGGGGATTCGCACAGCGAGCCCCGGGGGATTc > 2:3092976/1‑150 (MQ=255) tcGGATTTCACCCAGCAGTTAGATAAAGCTGAAAAAGATCCGGAAGAGGGTGGTATGCGCCCGAACCAGATGGTTCTGACCAGCATTGACTGCCCGACTTGTGGTCGCAAAATGGGGATTCGCACAGCGAGCACCGGGGTATTCCTTGGc < 2:557211/150‑1 (MQ=255) tcGGATTTCACCCAGCAGTTAGATAAAGCTGAAAAAGATCCGGAAGAGGGTGGTATGCGCCCGAACCAGATGGTTCTGACCAGCATTGACTGCCCGACTTGTGGTCGCAAAATGGGGATTCGCACAGCGAGCACCGGGGTATTCCTTGGc < 1:1625768/150‑1 (MQ=255) cGGATTTCACCCAGCAGTTAGATAAAGCTGAAAAAGATCCGGAAGAGGGTGGTATGCGCCCGAACCAGATGGTTCTGACCAGCATTGACTGCCCGACTTGTGGTCGCAAAATGGGGATTCGCACAGCGAGCACCGGGGTATTCCTTGGCt > 2:1386963/1‑150 (MQ=255) cGGATTTCACCCAGCAGTTAGATAAAGCTGAAAAAGATCCGGAAGAGGGTGGTATGCGCCCGAACCAGATGGTTCTGACCAGCATTGACTGCCCGACTTGTGGTCGCAAAATGGGGATTCGCACAGCGAGCACCGGGGTATTCCTTGGCt > 1:2753315/1‑150 (MQ=255) ggATTTCACCCAGCAGTTAGATAAAGCTGAAAAAGATCCGGAAGAGGGTGGTATGCGCCCGAACCAGATGGTTCTGACCAGCATTGACTGCCCGACTTGTGGTCGCAAAATGGGGATTCGCACAGCGAGCACCGGGGTATTCCTTGGCTg > 1:1462283/1‑150 (MQ=255) ggATTTCACCCAGCAGTTAGATAAAGCTGAAAAAGATCCGGAAGAGGGTGGTATGCGCCCGAACCAGATGGTTCTGACCAGCATTGACTGCCCGACTTGTGGTCGCAAAATGGGGATTCGCACAGCGAGCACCGGGGGATTCCTTGGCTg > 2:1272437/1‑150 (MQ=255) gATTTCACCCAGCAGTTAGATAAAGCTGAAAAAGATCCGGAAGAGGGTGGTATGCGCCCGAACCAGATGGTTCTGACCAGCATTGACTGCCCGACTTGTGGTCGCAAAATGGGGATTCGCACAGCGAGCACCGGGGTATTCCTTGGCTGt > 1:4394168/1‑150 (MQ=255) gATTTCACCCAGCAGTTAGATAAAGCTGAAAAAGATCCGGAAGAGGGTGGTATGCGCCCGAACCAGATGGTTCTGACCAGCATTGACTGCCCGACTTGTGGTCGCAAAATGGGGATTCGCACAGCGAGCACCGGGGTATTCCTTGGCTGt > 1:2185417/1‑150 (MQ=255) ttCACCCAGCAGTTAGATAAAGCTGAAAAAGATCCGGAAGAGGGTGGTATGCGCCCGAACCAGATGGTTCTGACCAGCATTGACTGCCCGACTTGTGGTCGCAAAATGGGGATTCGCACAGCGAGCACCGGGGTATTCCTTGGCTGTTCt < 2:3977049/150‑1 (MQ=255) cACCCAGCAGTTAGATAAAGCTGAAAAAGATCCGGAAGAGGGTGGTATGCGCCCGAACCAGATGGTTCTGACCAGCATTGACTGCCCGACTTGTGGTCGCAAAATGGGGATTCGCACAGCGAGCACCGGGGTATTCCTTGGCTGTTCTgg < 1:3474946/150‑1 (MQ=255) cagcagTTAGATAAAGCTGAAAAAGATCCGGAAGAGGGTGGTATGCGCCCGAACCAGATGGTTCTGACCAGCATTGACTGCCCGACTTGTGGTCGCAAAATGGGGATTCGCACAGCGAGCACCGGGGTATTCCTTGGCTGTTCTGGCTAt > 1:969334/1‑150 (MQ=255) agcagTTAGATAAAGCTGAAAAAGATCCGGAAGAGGGTGGTATGCGCCCGAACCAGATGGTTCTGACCAGCATTGACTGCCCGACTTGTGGTCGCAAAATGGGGATTCGCACAGCGAGCACCGGGGTATTCCTTGGCTGTTCTGGCTATg > 1:1955530/1‑150 (MQ=255) cagTTAGATAAAGCTGAAAAAGATCCGGAAGAGGGTGGTATGCGCCCGAACCAGATGGTTCTGACCAGCATTGACTGCCCGACTTGTGGTCGCAAAATGGGGATTCGCACAGCGAGCACCGGGGTATTCCTTGGCTGTTCTGGCTATgcg > 1:2281758/1‑150 (MQ=255) cagTTAGATAAAGCTGAAAAAGATCCGGAAGAGGGTGGTATGCGCCCGAACCAGATGGTTCTGACCAGCATTGACTGCCCGACTTGTGGTCGCAAAATGGGGATTCGCACAGCGAGCACCGGGGTATTCCTTGGCTGTTCTGGCTATgcg < 2:2638578/150‑1 (MQ=255) agTTAGATAAAGCTGAAAAAGATCCGGAAGAGGGTGGTATGCGCCCGAACCAGATGGTTCTGACCAGCATTGACTGCCCGACTTGTGGTCGCAAAATGGGGATTCGCACAGCGAGCACCGGGGTATTCCTTGGCTGTTCTGGCTATgcgc > 2:1638583/1‑150 (MQ=255) 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tAAAGCTGAAAAAGATCCGGAAGAGGGTGGTATGCGCCCGAACCAGATGGTTCTGACCAGCATTGACTGCCCGACTTGTGGTCGCAAAATGGGGATTCGCACAGCGAGCACCGGGGTATTCCTTGGCTGTTCTGGCTATGCGCTgccgcc > 2:2718157/1‑150 (MQ=255) tAAAGCTGAAAAAGATCCGGAAGAGGGTGGTATGCGCCCGAACCAGATGGTTCTGACCAGCATTGACTGCCCGACTTGTGGTCGCAAAATGGGGATTCGCACAGCGAGCACCGGGGTATTCCTTGGCTGTTCTGGCTATGCGCTgccgcc > 1:2370993/1‑150 (MQ=255) aaaGCTGAAAAAGATCCGGAAGAGGGTGGTATGCGCCCGAACCAGATGGTTCTGACCAGCATTGACTGCCCGACTTGTGGTCGCAAAATGGGGATTCGCACAGCGAGCACCGGGGGATTCCTTGGCTGTTCTGGCTATGCGCTGccgccg > 1:2507891/1‑150 (MQ=255) aaGCTGAAAAAGATCCGGAAGAGGGTGGTATGCGCCCGAACCAGATGGTTCTGACCAGCATTGACTGCCCGACTTGTGGTCGCAAAATGGGGATTCGCACAGCGAGCACCGGGGTATTCCTTGGCTGTTCTGGCTATGCGCTGCCGCCGa > 2:2246284/1‑150 (MQ=255) aGCTGAAAAAGATCCGGAAGAGGGTGGTATGCGCCCGAACCAGATGGTTCTGACCAGCATTGACTGCCCGACTTGTGGTCGCAAAATGGGGATTCGCACAGCGAGCACCGGGGTATTCCTTGGCTGTTCTGGCTATGCGCTGCCGCCGaa > 2:4045241/1‑150 (MQ=255) tGAAAAAGATCCGGAAGAGGGTGGTATGCGCCCGAACCAGATGGTTCTGACCAGCATTGACTGCCCGACTTGTGGTCGCAAAATGGGGATTCGCACAGCGAGCACCGGGGTATTCCTTGGCTGTTCTGGCTATGCGCTGCCGCCGAAaga > 2:723840/1‑150 (MQ=255) gAAAAAGATCCGGAAGAGGGTGGTATGCGCCCGAACCAGATGGTTCTGACCAGCATTGACTGCCCGACTTGTGGTCGCAAAATGGGGATTCGCACAGCGAGCACCGGGGTATTCCTTGGCTGTTCTGGCTATGCGCTGCCGCCGAAagag < 1:4297640/150‑1 (MQ=255) aaaaaGATCCGGAAGAGGGTGGTATGCGCCCGAACCAGATGGTTCTGACCAGCATTGACTGCCCGACTTGTGGTCGCAAAATGGGGATTCGCACAGCGAGCACCGGGGTATTCCTTGGCTGTTCTGGCTATGCGCTGCCGCCGAAAGAGc < 1:259900/150‑1 (MQ=255) aaaaGATCCGGAAGAGGGTGGTATGCGCCCGAACCAGATGGTTCTGACCAGCATTGACTGCCCGACTTGTGGTCGCAAAAGGGGGATTCGCACAGCGAGCACCGGGGTATTCCTTGGCTGTTCTGGCTATGCGCTGCCGCCGAAAGAGCg > 2:4483270/1‑150 (MQ=255) aaaGATCCGGAAGAGGGTGGTATGCGCCCGAACCAGATGGTTCTGACCAGCATTGACTGCCCGACTTGTGGTCGCAAAATGGGGATTCGCACAGCGAGCACCGGGGTATTCCTTGGCTGTTCTGGCTATGCGCTGCCGCCGAAAGAGCGt > 1:4237218/1‑150 (MQ=255) 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tCCGGAAGAGGGTGGTATGCGCCCGAACCAGATGGTTCTGACCAGCATTGACTGCCCGACTTGTGGTCGCAAAATGGGGATTCGCACAGCGAGCACCGGGGTATTCCTTGGCTGTTCTGGCTATGCGCTGCCGCCGAAAGAGCGTTGCaa > 2:668893/1‑150 (MQ=255) tCCGGAAGAGGGTGGTATGCGCCCGAACCAGATGGTTCTGACCAGCATTGACTGCCCGACTTGTGGTCGCAAAATGGGGATTCGCACAGCGAGCACCGGGGGATTCCTTGGCTGTTCTGGCTATGCGCTGCCGCCGAAAGAGCGTTGCaa < 2:1726508/150‑1 (MQ=255) cGGAAGAGGGTGGTATGCGCCCGAACCAGATGGTTCTGACCAGCATTGACTGCCCGACTTGTGGTCGCAAAATGGGGATTCGCACAGCGAGCACCGGGGTATTCCTTGGCTGTTCTGGCTATGCGCTGCCGCCGAAAGAGCGTTGCaaaa < 1:1717282/150‑1 (MQ=255) cGGAAGAGGGTGGTATGCGCCCGAACCAGATGGTTCTGACCAGCATTGACTGCCCGACTTGTGGTCGCAAAATGGGGATTCGCACAGCGAGCACCGGGGTATTCCTTGGCTGTTCTGGCTATGCGCTGCCGCCGAAAGAGCGTTGCaaaa < 1:1424743/150‑1 (MQ=255) cGGAAGAGGGTGGTATGCGCCCGAACCAGATGGTTCTGACCAGCATTGACTGCCCGACTTGTGGTCGCAAAATGGGGATTCGCACAGCGAGCACCGGGGTATTCCTTGGCTGTTCTGGCTATGCGCTGCCGCCGAAAGAGCGTTGCaaaa < 1:2022417/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |