Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 1,369,694 | G→A | 19.5% | D159N (GAT→AAT) | ycjQ → | putative Zn‑dependent NAD(P)‑binding oxidoreductase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 1,369,694 | 0 | G | A | 19.5% | 729.1 / 156.9 | 292 | D159N (GAT→AAT) | ycjQ | putative Zn‑dependent NAD(P)‑binding oxidoreductase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (120/115); new base A (30/27); total (150/142) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.83e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 303 total aligned reads displayed.
GCCCGCTCTCCGAGACGGTCATCATTAACGCAGTGAATAACTACAAGCTGCGCAAAATGCCGCAAGGCAGCTCCTGGAAAAACGCCGTCTGCTACGACCCGGCGCAGTTTGCCATGAGCGGCGTGCGCGATGCCAACGTGCGCGTAGGGGATTTTGTGGTGGTGGTAGGGCTTGGCGCAATCGGTCAAATTGCCATCCAACTGGCTAAACGCGCTGGCGCTTCTGTGGTGATTGGCGTCGATCCTATCGCCCATCGCTGTGATATTGCCCGTCGCCACGGCGCGGATTTCTGCCTTAAC > CP009273/1369545‑1369843 | gCTCTCCGAGACGGTCATCATTAACGCAGTGAATAACTACAAGCTGCGCAAAATGCCGCAAGGCAGCTCCTGGAAAAACGCCGTCTGCTACGACCCGGCGCAGTTTGCCATGAGCGGCGTGCGCGATGCCAACGTGCGCGTAGGGAAttt < 1:4413436/150‑1 (MQ=255) tcCGAGACGGTCATCATTAACGCAGTGAATAACTACAAGCTGCGCAAAATGCCGCAAGGCAGCTCCTGGAAAAACGCCGTCTGCTACGACCCGGCGCAGTTTGCCATGAGCGGCGTGCGCGATGCCAACGTGCGCGTAGGGGATTTtgtg > 1:678410/1‑150 (MQ=255) cGAGACGGTCATCATTAACGCAGTGAATAACTACAAGCTGCGCAAAATGCCGCAAGGCAGCTCCTGGAAAAACGCCGTCTGCTACGACCCGGCGCAGTTTGCCATGAGCGGCGTGCGCGATGCCAACGTGCGCGTAGGGGATTTTgtggt > 1:3221052/1‑150 (MQ=255) gaCGGTCATCATTAACGCAGTGAATAACTACAAGCTGCGCAAAATGCCGCAAGGCAGCTCCTGGAAAAACGCCGTCTGCTACGACCCGGCGCAGTTTGCCATGAGCGGCGTGCGCGATGCCAACGTGCGCGTAGGGAATTTTgtggtggt > 2:3581457/1‑150 (MQ=255) gaCGGTCATCATTAACGCAGTGAATAACTACAAGCTGCGCAAAATGCCGCAAGGCAGCTCCTGGAAAAACGCCGTCTGCTACGACCCGGCGCAGTTTGCCATGAGCGGCGTGCGCGATGCCAACGTGCGCGTAGGGAATTTTgtggtggt < 2:4259056/150‑1 (MQ=255) cGGTCATCATTAACGCAGTGAATAACTACAAGCTGCGCCAAATGCCGCAAGGCAGCTCCTGGAAAAACGCCGTCTGCTACGACCCGGCGCAGTTTGCCATGAGCGGCTTGCGCGATGCCAACGTGCGCGTAGGGGATTTTGtggtggtgg < 2:4027819/150‑1 (MQ=255) ggTCATCATTAACGCAGTGAATAACTACAAGCTGCGCAAAATGCCGCAAGGCAGCTCCTGGAAAAACGCCGTCTGCTACGACCCGGCGCAGTTTGCCATGAGCGGCGTGCGCGATGCCAACGTGCGCGTAGGGGATTTTGTggtggtggt < 2:3045352/150‑1 (MQ=255) ggTCATCATTAACGCAGTGAATAACTACAAGCTGCGCAAAATGCCGCAAGGCAGCTCCTGGAAAAACGCCGTCTGCTACGACCCGGCGCAGTTTGCCATGAGCGGCGTGCGCGATGCCAACGTGCGCGTAGGGGATTTTGTggtggtggt > 1:936053/1‑150 (MQ=255) ggTCATCATTAACGCAGTGAATAACTACAAGCTGCGCAAAATGCCGCAAGGCAGCTCCTGGAAAAACGCCGTCTGCTACGACCCGGCGCAGTTTGCCATGAGCGGCGTGCGCGATGCCAACGTGCGCGTAGGGGATTTTGTggtggtggt > 1:1692015/1‑150 (MQ=255) gTCATCATTAACGCAGTGAATAACTACAAGCTGCGCAAAATGCCGCAAGGCAGCTCCTGGAAAAACGCCGTCTGCTACGACCCGGCGCAGTTTGCCATGAGCGGCGTGCGCGATGCCAACGTGCGCGTAGGGGATTTTGTGGTGGTGGTa < 1:1043825/150‑1 (MQ=255) tcatcaTTAACGCAGTGAATAACTACAAGCTGCGCAAAATGCCGCAAGGCAGCTCCTGGAAAAACGCCGTCTGCTACGACCCGGCGCAGTTTGCCATGAGCGGCGTGCGCGATGCCAACGTGCGCGTAGGGGATTTTGTGGTGGTGGTAg < 2:3014055/150‑1 (MQ=255) catcatTAACGCAGTGAATAACTACAAGCTGCGCAAAATGCCGCAAGGCAGCTCCTGGAAAAACGCCGTCTGCTACGACCCGGCGCAGTTTGCCATGAGCGGCGTGCGCGATGCCAACGTGCGCGTAGGGGATTTTGTGGTGGTGGTAgg > 2:3116011/1‑150 (MQ=255) catcatTAACGCAGTGAATAACTACAAGCTGCGCAAAATGCCGCAAGGCAGCTCCTGGAAAAACGCCGTCTGCTACGACCCGGCGCAGTTTGCCATGAGCGGCGTGCGCGATGCCAACGTGCGCGTAGGGAATTTTGTGGTGGTGGTAgg > 2:3740488/1‑150 (MQ=255) atcatTAACGCAGTGAATAACTACAAGCTGCGCAAAATGCCGCAAGGCAGCTCCTGGAAAAACGCCGTCTGCTACGACCCGGCGCAGTTTGCCATGAGCGGCGTGCGCGATGCCAACGTGCGCGTAGGGGATTTTGTGGTGGTGGTAggg > 2:2035179/1‑150 (MQ=255) catTAACGCAGTGAATAACTACAAGCTGCGCAAAATGCCGCAAGGCAGCTCCTGGAAAAACGCCGTCTGCTACGACCCGGCGCAGTTTGCCATGAGCGGCGTGCGCGATGCCAACGTGCGCGTAGGGGATTTTGTGGTGGTGGTAGGGCt < 2:781430/150‑1 (MQ=255) atTAACGCAGTGAATAACTACAAGCTGCGCAAAATGCCGCAAGGCAGCTCCTGGAAAAACGCCGTCTGCTACGACCCGGCGCAGTTTGCCATGAGCGGCGTGCGCGATGCCAACGTGCGCGTAGGGGATTTTGTGGTGGTGGTAGGGCtt < 1:2355807/150‑1 (MQ=255) atTAACGCAGTGAATAACTACAAGCTGCGCAAAATGCCGCAAGGCAGCTCCTGGAAAAACGCCGTCTGCTACGACCCGGCGCAGTTTGCCATGAGCGGCGTGCGCGATGCCAACGTGCGCGTAGGGGATTTTGTGGTGGTGGTAGGGCtt < 1:3331334/150‑1 (MQ=255) atTAACGCAGTGAATAACTACAAGCTGCGCAAAATGCCGCAAGGCAGCTCCTGGAAAAACGCCGTCTGCTACGACCCGGCGCAGTTTGCCATGAGCGGCGTGCGCGATGCCAACGTGCGCGTAGGGGATTTTGTGGTGGTGGTAGGGCtt < 2:1779096/150‑1 (MQ=255) 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aaCGTGCGCGTAGGGAATTTTGTGGTGGTGGTAGGGCTTGGCGCAATCGGTCAAATTGCCATCCAACTGGCTAAACGCGCTGGCGCTTCTGTGGTGATTGGCGTCGATCCTATCGCCCATCGCTGTGATATTGCCCGTCGCCACGGcgcg > 2:1446384/1‑150 (MQ=255) gcgTAGGGGATTTTGTGGTGGTGGTAGGGCTTGGCGCAATCGGTCAAATTGCCATCCAACTGGCTAAACGCGCTGGCGCTTCTGTGGTGATTGGCGTCGATCCTATCGCCCATCGCTGTGATATTGCCCGTCGCCACGGCGCGGATTTCt < 2:3447236/150‑1 (MQ=255) cgTAGGGAATTTTGTGGTGGTGGTAGGGCTTGGCGCAATCGGTCAAATTGCCATCCAACTGGCTAAACGCGCTGGCGCTTCTGTGGTGATTGGCGTCGATCCTATCGCCCATCGCTGTGATATTGCCCGTCGCCACGGCGCGGATTTCTg < 2:749453/150‑1 (MQ=255) gTAGGGGATTTTGTGGTGGTGGTAGGGCTTGGCGCAATCGGTCAAATTGCCATCCAACTGGCTAAACGCGCTGGCGCTTCTGTGGTGATTGGCGTCGATCCTATCGCCCATCGCTGTGATATTGCCCGTCGCCACGGCGCGGATTTCTGc > 2:427655/1‑150 (MQ=255) gTAGGGGATTTTGTGGTGGTGGTAGGGCTTGGCGCAATCGGTCAAATTGCCATCCAACTGGCTAAACGCGCTGGCGCTTCTGTGGTGATTGGCGTCGATCCTATCGCCCATCGCTGTGATATTGCCCGTCGCCACGGCGCGGATTTCTGc < 1:2279265/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |