Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 1,443,093 | C→A | 8.6% | L440I (CTC→ATC) | feaB → | phenylacetaldehyde dehydrogenase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 1,443,093 | 0 | C | A | 8.6% | 859.8 / 41.6 | 233 | L440I (CTC→ATC) | feaB | phenylacetaldehyde dehydrogenase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (100/113); new base A (9/11); total (109/124) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 |
Only 100 of 239 total aligned reads displayed.
TGGTAAATCCCGATGCTAAATTGCGCTTAACTCGTGAAGAGGTGTTTGGTCCGGTGGTAAACCTGGTGCGAGTAGCGGATGGAGAAGAGGCGTTACAACTGGCAAACGACACGGAATATGGCTTAACTGCCAGTGTCTGGACGCAAAATCTCTCCCAGGCTCTGGAATATAGCGATCGCTTACAGGCAGGGACGGTGTGGGTAAACAGCCATACCTTAATTGACGCTAACTTACCGTTTGGTGGGATGAAGCAGTCAGGAACGGGCCGTGATTTTGGCCCCGACTGGCTGGACGGTTG > CP009273/1442944‑1443241 | tggtAAATCCCGATGCTAAATTGCGCTTAACTCGTGAAGAGGTGTTTGGTCCGGTGGTAAACCTGGTGCGAGTAGCGGATGGAGAAGAGGCGTTACAACTGGCAAACGACACGGAATATGGCTTAACTGCCAGTGTCTGGACGCAAAAtc > 2:1188592/1‑150 (MQ=255) aaTCCCGATGCTAAATTGCGCTTAACTCGTGAAGAGGTGTTTGGTCCGGTGGTAAACCTGGTGCGAGTAGCGGATGGAGAAGAGGCGTTACAACTGGCAAACGACACGGAATATGGCTTAACTGCCAGTGTCTGGACGCAAAATCTCTcc > 1:426244/1‑150 (MQ=255) aTCCCGATGCTAAATTGCGCTTAACTCGTGAAGATGTGTTTGGTCCGGTGGTAAACCTGGTGCGAGTAGCGGATGGAGAAGAGGCGTTACAACTGGCAAACGACACGGAATATGGCTTAACTGCCAGTGTCTGGACGCAAAATCTCTccc < 1:3527854/150‑1 (MQ=255) tCCCGATGCTAAATTGCGCTTAACTCGTGAAGAGGTGTTTGGTCCGGTGGTAAACCTGGTGCGAGTAGCGGATGGAGAAGAGGCGTTACAACTGGCAAACGACACGGAATATGGCTTAACTGCCAGTGTCTGGACGCAAAATCTCTCCCa < 1:3572279/150‑1 (MQ=255) tCCCGATGCTAAATTGCGCTTAACTCGTGAAGAGGTGTTTGGTCCGGTGGTAAACCTGGTGCGAGTAGCGGATGGAGAAGAGGCGTTACAACTGGCAAACGACACGGAATATGGCTTAACTGCCAGTGTCTGGACGCAAAATCTCTCCCa < 1:1289989/150‑1 (MQ=255) cccGATGCTAAATTGCGCTTAACTCGTGAAGAGGTGTTTGGTCCGGTGGTAAACCTGGTGCGAGTAGCGGATGGAGAAGAGGCGTTACAACTGGCAAACGACACGGAATATGGCTTAACTGCCAGTGTCTGGACGCAAAATCTCTCCCAg < 1:893653/150‑1 (MQ=255) ccGATGCTAAATTGCGCTTAACTCGTGAAGAGGTGTTTGGTCCGGTGGTAAACCTGGTGCGAGTAGCGGATGGAGAAGAGGCGTTACAACTGGCAAACGACACGGAATATGGCTTAACTGCCAGTGTCTGGACGCAAAATCTCTCCCAgg > 1:1053829/1‑150 (MQ=255) tGCTAAATTGCGCTTAACTCGTGAAGAGGTGTTTGGTCCGGTGGTAAACCTGGTGCGAGTAGCGGATGGAGAAGAGGCGTTACAACTGGCAAACGACACGGAATATGGCTTAACTGCCAGTGTCTGGACGCAAAATCTCTCCCAGGctct > 2:3546599/1‑150 (MQ=255) cTAAATTGCGCTTAACTCGTGAAGAGGTGTTTGGTCCGGTGGTAAACCTGGTGCGAGTAGCGGATGGAGAAGAGGCGTTACAACTGGCAAACGACACGGAATATGGCTTAACTGCCAGTGTCTGGACGCAAAATCTCTCCCAGGCTCTgg > 2:325137/1‑150 (MQ=255) cTAAATTGCGCTTAACTCGTGAAGAGGTGTTTGGTCCGGTGGTAAACCTGGTGCGAGTAGCGGATGGAGAAGAGGCGTTACAACTGGCAAACGACACGGAATATGGCTTAACTGCCAGTGTCTGGACGCAAAATCTCTCCCAGGCTCTgg > 2:324797/1‑150 (MQ=255) aaaTTGCGCTTAACTCGTGAAGAGGTGTTTGGTCCGGTGGTAAACCTGGTGCGAGTAGCGGATGGAGAAGAGGCGTTACAACTGGCAAACGACACGGAATATGGCTTAACTGCCAGTGTCTGGACGCAAAATCTCTCCCAGGCTCTGGaa > 1:3478122/1‑150 (MQ=255) aaTTGCGCTTAACTCGTGAAGAGGTGTTTGGTCCGGTGGTAAACCTGGTGCGAGTAGCGGATGGAGAAGAGGCGTTACAACTGGCAAACGACACGGAATATGGCTTAACTGCCAGTGTCTGGACGCAAAATCTCTCCCAGGCTCTGGact > 1:3815941/1‑148 (MQ=255) tGCGCTTAACTCGTGAAGAGGTGTTTGGTCCGGTGGTAAACCTGGTGCGAGTAGCGGATGGAGAAGAGGCGTTACAACTGGCAAACGACACGGAATATGGCTTAACTGCCAGTGTCTGGACGCAAAATCTCTCCCAGGCTCTGGAAtata < 1:1113343/150‑1 (MQ=255) 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gagGTGTTTGGTCCGGTGGTAAACCTGGTGCGAGTAGCGGATGGAGAAGAGGCGTTACAACTGGCAAACGACACGGAATATGGCTTAACTGCCAGTGTCTGGACGCAAAATCTCTCCCAGGCTCTGGAATATAGCGATCGCTTAcaggca > 2:2341604/1‑150 (MQ=255) agGTGTTTGGTCCGGTGGTAAACCTGGTGCGAGTAGCGGATGGAGAAGAGGCGTTACAACTGGCAAACGACACGGAATATGGCTTAACTGCCAGTGTCTGGACGCAAAATATCTCCCAGGCTCTGGAATATAGCGATCGCTTAcaggcag < 1:2589374/150‑1 (MQ=255) gtTTGGTCCGGTGGTAAACCTGGTGCGAGTAGCGGATGGAGAAGAGGCGTTACAACTGGCAAACGACACGGAATATGGCTTAACTGCCAGTGTCTGGACGCAAAATATCTCCCAGGCTCTGGAATATAGCGATCGCTTACAGGCAGGGAc < 2:2984740/150‑1 (MQ=255) tGGTCCGGTGGTAAACCTGGTGCGAGTAGCGGATGGAGAAGAGGCGTTACAACTGGCAAACGACACGGAATATGGCTTAACTGCCAGTGTCTGGACGCAAAATCTCTCCCAGGCTCTGGAATATAGCGATCGCTTACAGGCAGGGACGgt > 1:3492191/1‑150 (MQ=255) ggTCCGGTGGTAACCCTGGTGCGAGTAGCGGATGGAGAAGAGGCGTTACAACTGGCAAACGACACGGAATATGGCTTAACTGCCAGTGTCTGGACGCAAAATCTCTCCCAGGCTCTGGAATATAGCGATCGCTTACAGGCAGGGACGgtg < 2:3571475/150‑1 (MQ=255) 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cGCAAAATCTCTCCCAGGCTCTGGAATATAGCGATCGCTTACAGGCAGGGACGGTGTGGGTAAACAGCCATACCTTAATTGACGCTAACTTACCGTTTGGTGGGATGAAGCAGTCAGGAACGGGCCGTGATTTTGGCCCCGActggctgg > 2:232678/1‑150 (MQ=255) aTCTCTCCCAGGCTCTGGAATATAGCGATCGCTTACAGGCAGGGACGGTGTGGGTAAACAGCCATACCTTAATTGACGCTAACTTACCGTTTGGTGGGATGAAGCAGTCAGGAACGGGCCGTGATTTTGGCCCCGACTGGCTGGACGGtt < 2:4441397/150‑1 (MQ=255) | TGGTAAATCCCGATGCTAAATTGCGCTTAACTCGTGAAGAGGTGTTTGGTCCGGTGGTAAACCTGGTGCGAGTAGCGGATGGAGAAGAGGCGTTACAACTGGCAAACGACACGGAATATGGCTTAACTGCCAGTGTCTGGACGCAAAATCTCTCCCAGGCTCTGGAATATAGCGATCGCTTACAGGCAGGGACGGTGTGGGTAAACAGCCATACCTTAATTGACGCTAACTTACCGTTTGGTGGGATGAAGCAGTCAGGAACGGGCCGTGATTTTGGCCCCGACTGGCTGGACGGTTG > CP009273/1442944‑1443241 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |