Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 1,450,710 | A→T | 13.0% | T8T (ACA→ACT) | paaE → | ring 1,2‑phenylacetyl‑CoA epoxidase, NAD(P)H oxidoreductase component |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 1,450,710 | 0 | A | T | 13.0% | 889.5 / 104.4 | 285 | T8T (ACA→ACT) | paaE | ring 1,2‑phenylacetyl‑CoA epoxidase, NAD(P)H oxidoreductase component |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (140/108); new base T (16/21); total (156/129) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.57e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 |
Only 100 of 286 total aligned reads displayed.
GCCCGCGCTGCGCCAGCGTCCATACCACACTTATCAGTGAATTTGGTTCCACGGCCTGCAAAGCATTGTACCGCTGCGATAGTTGCCGCGAACCTTTCGATTATTTCAAATGTATTTGAGGATGCCATGACAACGTTTCATTCCTTAACAGTGGCAAAAGTCGAGTCGGAAACCCGTGATGCGGTGACCATTACCTTTGCGGTGCCCCAGCCTTTGCAGGAGGCGTATCGCTTTCGCCCCGGTCAACATTTGACCTTAAAAGCCAGCTTTGATGGTGAAGAATTACGCCGTTGTTACT > CP009273/1450561‑1450858 | cccGCGCTGCGCCAGCGTCCATACCACACTTATCAGTGAATTTGGTTCCACGGCCTGCAAAGCATTGTACCGCTGCGATAGTTGCCGCGAACCTTTCGATTATTTCAAATGTATTTGAGGATGCCATGACAACGTTTCATTCCTTAACAg > 1:3618576/1‑150 (MQ=255) ccGCGCTGCGCCAGCGTCCATACCACACTTATCAGTGAATTTGGTTCCACGGCCTGCAAAGCATTGTACCGCTGCGATAGTTGCCGCGAACCTTTCGATTATTTCAAATGTATTTGAGGATGCCATGACAACGTTTCATTCCTTAACTGt < 1:1326753/150‑1 (MQ=255) cgcTGCGCCAGCGTCCATACCACACTTATCAGTGAATTTGGTTCCACGGCCTGCAAAGCATTGTACCGCTGCGATAGTTGCCGCGAACCTTTCGATTATTTCAAATGTATTTGAGGATGCCATGACAACGTTTCATTCCTTAACAGTGGc > 2:60126/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |