| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 1,516,408 | T→G | 5.8% | E305D (GAA→GAC) | yncD ← | putative iron outer membrane transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,516,408 | 0 | T | G | 5.8% | 628.8 / 6.0 | 224 | E305D (GAA→GAC) | yncD | putative iron outer membrane transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (70/135); new base G (16/3); total (86/138) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.68e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 233 total aligned reads displayed.
CCGGTAGTGAACGTGACCGGAACGCCCAGTTCACCACGGTGTGTCCAGCGGCTGTCTATTCCCTGGTAATGGCGTTGCAGGGTAATCACGCCGCCCGCATGTGACGGGTTAAGTTGTGGTGCCATGGGTATTGACTGGTACTGGGTCGTTTCTCGCTCTCCGGCATACATCATCACACTCATATCATCCCGCGAACTCAGGCTACGCTCATAGCGCAACCCAGCCTGAGTTTGCTTGATGGTTTTTCGCGTGTCGTACTGTTCTGCACGAGGCGCTTGTTGTGGATTAGCCTTCCATTC > CP009273/1516259‑1516557 | ccGGTAGTGAACGTGACCGGAACGCCCAGTTCACCACGGTGTGTCCAGCGGCTGTCTATTCCCTGGTAATGGCGTTGCAGGGTAATCACGCCGCCCGCATGTGACGGGTTAAGTTGTGGTGCCATGGGTATTGACTGGTACTGGGTCGtt < 2:3147929/150‑1 (MQ=255) cGGTAGTGAACGTGACCGGAACGCCCAGTTCACCACGGTGTGTCCAGCGGCTGTCTATTCCCTGGTAATGGCGTTGCAGGGTAATCACGCCGCCCGCATGTGACGGGTTAAGTTGTGGTGCCATGGGTATTGACTGGTACTGGGTCGttt < 1:4348233/150‑1 (MQ=255) tAGTGAACGTGACCGGAACGCCCAGTTCACCACGGTGTGTCCAGCGGCTGTCTATTCCCTGGTAATGGCGTTGCAGGGTAATCACGCCGCCCGCATGTGACGGGTTAAGTTGTGGTGCCATGGGTATTGACTGGTACTGGGTCGTTtctc < 1:2720589/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |